遺伝子工学は微生物機能の理解と機能応用において必須の技術である。単一の微生物細胞内で遺伝子の切り貼りや発現制御をするが如く、微生物菌叢内で微生物の除去や追加、機能制御ができれば、菌叢機能の理解と応用が加速するに違いない。このような人工菌叢の作出技術の一つとして、アンチペプチド核酸（PNA）を用いた減算的な菌叢改変技術を提案する。標的微生物の必須遺伝子mRNAに結合し増殖抑制を引き起こすPNAに細胞膜透過ペプチド（CPP）を融合する。このCPP-PNAを菌叢に添加することで、CPP-PNAが菌叢微生物へ非特異的に侵入し、PNAの配列特性をもって標的微生物の増殖抑制を引き起こす。この際、標的微生物の増殖抑制に連動して増殖を変化させる微生物が生じる。このような微生物間の増殖連関を網羅的に解析し、菌叢微生物間の増殖連関を可視化することを目指す。また、所望の微生物が欠損した菌叢を作出することで、種々の菌叢機能に対する当該微生物の役割を明らかにしたい。