地球上の99％の微生物は純粋分離・培養が困難な難培養性微生物（ポストコッホ微生物）である。そして、それらのポストコッホ微生物を含め多くの微生物は様々な種類からなる複合微生物系で存在している。複合微生物系中の任意の微生物細胞を、空間配置そのままで、これまで分離・培養できなかった難培養性微生物を識別・分離・解析する技術構築を目指す。そして、複合微生物系内のポストコッホ微生物を含む微生物間の相互作用についても、細菌シグナルあるいはメンブレンベシクルなどに着目し解明を進める。