現在の微生物学研究で用いられている培養機器の多くは100年以上前に開発されたものであり、改良の余地を多く残している。特に本領域における微生物種とその生理的機能の多様性の全貌を解明するためには、従来とは桁違いの数のサンプルを処理可能な微生物分離・培養・解析システムの構築が必要である。本計画班研究ではマイクロマシンニング技術を用いて、１プレートで10万－100万単位の単離培養・分析・保存を可能とする次世代の微生物学研究用ツールを構築する。これにより、従来法では分離できなかった微生物（微生物ダークマター）のスクリーニングおよび、数種類の微生物の相互作用に基づく複合微生物系の一括分析を目指す。