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A０１班

Chen, L., Guo, H., Wang, C., Chen, B., Sassa, F., Hayashi, K. “Two-dimensional SERS sensor array for identifying and visualizing the gas spatial distributions of two distinct odor sources” MDPI Sensors 24, 790, 2024, doi: 3390/s24030790

Matsuoka, M., Lingpu, G., Sassa, F., Hayashi, K. “Spatiotemporal visualization of gases using 2D LSPR gas sensor” IEEE Sensors Letters 7, 5000704, 2023, doi: 1109/LSENS.2023.3301847

Otsuka, R., Zhang, S., Hayashi, K., Sassa, F. “Active optical sensor micro-robot equipped with multi-DoF gripper arm based on kinetic electronics” IEEE Sensors Letters 7, 5000604, 2023, doi: 1109/LSENS.2023.3303076

Jiang, T., Ye, X., Ge, L., Guo, H., Sassa, F., Hayashi, K. “Subpixel patterned LSPR gas sensor array with using inkjet printing Au/Ag nanoparticle to enhance the selectivity” IEEE Sensors Letters 7, 4502304, 2023, doi: 1109/LSENS.2023.3300820

Yang, Z., Sassa, F., Hayashi, K. “An odor trace visualization system using a two-dimensional backside scattering localized surface plasmon resonance gas sensor” MDPI Sensors 23, 9525, 2023, doi: 3390/s23239525

Chen, L., Guo, H., Matsuo, T., Sassa, F., Hayashi, K. “Visualization of the Gas Spatial Distribution of the Odor Source by SERS Gas Sensor” IEEJ Transactions on Electrical and Electronic Engineering 19, 876-881, 2024, doi: 1002/tee.23988

Yusuke Tahara, Fumihiro Sassa, Ryo Takigawa, Yuma Kurihara “Development of a microfluidic-based taste sensor using lipid polymer membrane” Japanese Journal of Applied Physics 62, SG1014, 2023, doi: 35848/1347-4065/acb4fa

Chiho Suzuki-Minakuchi, Natsumi Yamamoto, Saki Takahira, Masataka Yamaguchi, Yutaro Takeda, Kazunori Okada, Shinsuke Shigeto, Hideaki Nojiri “Transcriptional heterogeneity of catabolic genes on the plasmid pCAR1 causes host-specific carbazole degradation” Applied and Environmental Microbiology 90, e0124723, 2024, doi: 1128/aem.01247-23

Risa Sasaki, Shogo Toda, Takaiku Sakamoto, Eiji Sakuradani, Shinsuke Shigeto “Simultaneous imaging and characterization of polyunsaturated fatty acids, carotenoids, and microcrystalline guanine in single Aurantiochytrium limacinum cells with linear and nonlinear Raman microspectroscopy” The Journal of Physical Chemistry B 127, 2708-2718, 2023, doi: 1021/acs.jpcb.3c00302

Takahashi, K., Oshiki, M., Ruan, C., Morinaga, K., Toyofuku, M., Nomura, N., Johnson, D.R. “Denitrification in low oxic environments increases the accumulation of nitrogen oxide intermediates and modulates the evolutionary potential of microbial populations” Environmental Microbiology Reports 16, e13221, 2024, doi: 1111/1758-2229.13221

Tokunou, Y., Tongu, H., Kogure, Y., Okamoto, A., Toyofuku, M., Nomura, N. “Colony-based electrochemistry reveals electron conduction mechanisms mediated by cytochromes and flavins in Shewanella oneidensis” Environmental Science & Technology 58, 4670-4679, 2024, doi: 1021/acs.est.4c00007

Kawashima, K., Nagakubo, T., Nomura, N., Toyofuku, M. “Iron delivery through membrane vesicles in Corynebacterium glutamicum” Microbiology Spectrum 11, e0122223, 2023, doi: 1128/spectrum.01222-23

Nagakubo, T., Asamizu, S., Yamamoto, T., Kato, M., Nishiyama, T., Toyofuku, M., Nomura, N., Onaka, H. “Intracellular phage tail-like nanostructures affect susceptibility of Streptomyces lividans to osmotic stress” mSphere 8, e0011423, 2023, doi: 1128/msphere.00114-23

Toyofuku, M., Schild, S., Kaparakis-Liaskos, M., Eberl, L. “Composition and functions of bacterial membrane vesicles” Nature Reviews Microbiology 21, 415-430, 2023, doi: 1038/s41579-023-00875-5

Prasad, M., Obana, N., Lin, S.Z., Zhao, S., Sakai, K., Blanch-Mercader, C., Prost, J., Nomura, N., Rupprecht, J.F., Fattaccioli, J., Utada, A.S. “Alcanivorax borkumensis biofilms enhance oil degradation by interfacial tubulation” Science 381, 748-753, 2023, doi: 1126/science.adf3345

Heredia-Ponce, Z., Secchi, E., Toyofuku, M., Marinova, G., Savorana, G., Eberl, L. “Genotoxic stress stimulates eDNA release via explosive cell lysis and thereby promotes streamer formation of Burkholderia cenocepacia H111 cultured in a microfluidic device” npj Biofilms and Microbiomes 9, 96, 2023, doi: 1038/s41522-023-00464-7

Shigeru Azuma, Hitoshi Kawasuji, Ryosuke Nakai (co-first), Hiroshi Yamada, Yoshihiro Yoshida, Hiroyuki Kawahara, Mai Suzuki, Shunsuke Mori, Masayoshi Hirata, Kazushige Sugie, Hideki Niimi, Yoshitomo Morinaga, Yoshihiro Yamamoto “The fatal case of “Pigmentibacter” bacteremia following aspiration pneumonia in elderly patient“ Journal of Infection and Chemotherapy 30, 806-811, 2024, doi: 1016/j.jiac.2024.01.019

Nakai, R., Kusada, H., Sassa, F., Makino, A., Morigasaki, S., Hayashi, H., Takaya, N., Tamaki, H. “Roseiterribacter gracilis nov., sp. nov., a novel filterable alphaproteobacterium isolated from soil using a gel-filled microwell array device” PLoS One 19, e0304366, 2024, doi: 10.1371/journal.pone.0304366

Ryosuke Nakai, Shouno Munekawa, Yoshinori Murai, Yoshihito Ohmura, Kenichiro Tani “Diversity profiling of microbiomes associated with selected alpine plants and lichens from Mt. Suisho, Japan“ Microbiology Resource Announcements 13, e01270-23, 2024, doi: 1128/mra.01270-23

Samiul Islam, Kyosuke Yamamoto, Naoki Morita, Isao Yumoto, Souichiro Kato, Ryosuke Nakai, Kensuke Igarashi “Complete genome sequence of Opitutales bacterium strain ASA1, isolated from soil“ Microbiology Resource Announcements 13, e01032-23, 2024, doi: 10.1128/mra.01032-23

Tomoki Nishioka, Kana Morinaga, Hideyuki Tamaki “Complete genome sequence of Dyella strain GSA-30, a predominant endophytic bacterium of Dendrobium plants” Microbiology Resource Announcements 12, e01338-22, 2023, doi: 10.1128/mra.01338-22

Atsushi C. Suzuki, Kenta Sugiura, Megumu Tsujimoto, Ryosuke Nakai, Sandra J. McInnes, Hiroshi Kagoshima, Satoshi Imura “A new species of bisexual Milnesium (Eutardigrada: Apochela) having aberrant claws from innhovde, Dronning Maud Land, East Antarctica” Zoological Science 40, 246-261, 2023, doi: 2108/zs220085

Sho Shimada, Kotaro Aoki, Ryosuke Nakai, Shota Miura, Kohji Komori, Sakae Kudoh, Satoshi Imura, Yoshikazu Ishii, Kazuhiro Tateda “Whole-genome sequences of three psychrotolerant Mycolicibacterium strains isolated from Antarctic soil“ Microbiology Resource Announcements 12, e00123-23, 2023, doi: 10.1128/mra.00123-23

Sho Shimada, Ryosuke Nakai (co-first), Kotaro Aoki, Shota Miura, Kohji Komori, Sakae Kudoh, Satoshi Imura, Yoshikazu Ishii, Kazuhiro Tateda “Complete genome sequence of Polynucleobacter strain TUM22923, isolated from Antarctic lake sediment“ Microbiology Resource Announcements 12, e00146-23, 2023, doi: 10.1128/mra.00146-23

Yuta Michimori, Rikihisa Izaki, Yu Su, Yuto Fukuyama, Shigeru Shimamura, Karin Nishimura, Yuya Miwa, Sotaro Hamakita, Takahiro Shimosaka, Yuki Makino, Ryo Takeno, Takaaki Sato, Haruki Beppu, Isaac Cann, Tamotsu Kanai, Takuro Nunoura, Haruyuki Atomi “Removal of phosphoglycolate in hyperthermophilic archaea” Proceedings of the National Academy of Sciences USA 121, e2311390121, 2024, doi: 1073/pnas.2311390121

Yuta Michimori, Yuusuke Yokooji, Haruyuki Atomi “A energy-conserving reaction in amino acid metabolism catalyzed by arginine synthetase” Proceedings of the National Academy of Sciences USA 121, e2401313121, 2024, doi: 1073/pnas.2401313121

Yuto Fukuyama, Shigeru Shimamura, Sanae Sakai, Yuta Michimori, Tomomi Sumida, Yoshito Chikaraishi, Haruyuki Atomi, Takuro Nunoura “Development of a rapid and highly accurate method for ¹³C tracer-based metabolomics and its application on a hydrogenotrophic methanogen” ISME Communications 4, ycad006, 2024, doi: 1093/ismeco/ycad006

Akiko Kita, Yuna Ishida, Takahiro Shimosaka, Yuta Michimori, Kira Makarova, Eugene Koonin, Haruyuki Atomi, Kunio Miki “Crystal structure of GTP-dependent dephospho-coenzyme A kinase from the hyperthermophilic archaeon, Thermococcus kodakarensis” Proteins 92, 768-775, 2024, doi: 1002/prot.26666

Laura Eme, Daniel Tamarit, Eva F Caceres, Courtney W Stairs, Valerie De Anda, Max E Sch”n, Kiley W Seitz, Nina Dombrowski, William H Lewis, Felix Homa, Jimmy H Saw, Jonathan Lombard, Takuro Nunoura, Wen-Jun Li, Zheng-Shuang Hua, Lin-Xing Chen, Jillian F Banfield, Emily St John, Anna-Louise Reysenbach, Matthew B Stott, Andreas Schramm, Kasper U Kjeldsen, Andreas P Teske, Brett J Baker, Thijs J G Ettema “Inference and reconstruction of the heimdallarchaeial ancestry of eukaryotes“ Nature 618, 992-999, 2023, doi: 1038/s41586-023-06186-2

Yu Su, Yuta Michimori, Haruyuki Atomi “Biochemical and genetic examination of two aminotransferases from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis” Frontiers in Microbiology 14, 1126218, 2023, doi: 3389/fmicb.2023.1126218

Yuto Chiba, Akinori Yabuki, Yoshihiro Takaki, Takuro Nunoura, Syun-ichi Urayama, Daisuke Hagiwara “The first identification of a Narnavirus in Bigyra, a marine protist” Microbes and Environments 38, ME22077, 2023, doi: 1264/jsme2.ME22077

Kohtaro Hirao, Immacolata Speciale, Anna Notaro, Yoshiyuki Manabe, Yoshiaki Teramoto, Takaaki Sato, Haruyuki Atomi, Antonio Molinaro, Yoshihiro Ueda, Cristina De Castro, Koichi Fukase “Structural determination and chemical synthesis of the N-glycan from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis” Angewandte Chemie International Edition 62, e202218655, 2023, doi: 1002/anie.202218655

Seiji Kawai, Akito Yamada, Yohei Katsuyama, Yasuo Ohnishi “Identification of the p-coumaric acid biosynthetic gene cluster in Kutzneria albida: insights into the diazotization-dependent deamination pathway” Beilstein Journal of Organic Chemistry 20, 1-11, 2024, doi: 3762/bjoc.20.1

Rattiya Janthanom, Yuta Kikuchi, Hiroki Kanto, Tomoyasu Hirose, Arisu Tahara, Takahiro Ishii, Arinthip Thamchaipenet, Yuki Inahashi “A new analog of dihydroxybenzoic acid from Saccharopolyspora KR21-0001“ Beilstein Journal of Organic Chemistry 20, 497-503, 2024, doi: 10.3762/bjoc.20.44

Takuya Akutsu, Takeaki Tezuka, Manato Maruko, Aiko Hirata, Yasuo Ohnishi “The ssgB gene is required for the early stages of sporangium formation in Actinoplanes missouriensis” Journal of Bacteriology 206, e0042823, 2024, doi: 1128/jb.00428-23

Zhusen Tan, Takeaki Tezuka, Yasuo Ohnishi “Identification of a putative cell wall-hydrolyzing amidase involved in sporangiospore maturation in Actinoplanes missouriensis” Journal of Bacteriology 206, e0045623, 2024, doi: 1128/jb.00456-23

Seiji Kawai, Akito Yamada, Danyao Du, Yoshinori Sugai, Yohei Katsuyama, Yasuo Ohnishi “Identification and analysis of the biosynthetic gene cluster for the hydrazide-containing aryl polyene spinamycin” ACS Chemical Biology 18, 1821-1828, 2023, doi: 1021/acschembio.3c00248

Yusuke Shikai, Seiji Kawai, Yohei Katsuyama, Yasuo Ohnishi “In vitro characterization of nonribosomal peptide synthetase-dependent O-(2-hydrazineylideneacetyl)serine synthesis indicates a stepwise oxidation strategy to generate the α-diazo ester moiety of azaserine” Chemical Science 14, 8766-8776, 2023, doi: 1039/d3sc01906c

Yuta Awano, Hayama Tsutsumi, Yuta Kikuchi, Aoi Kimishima, Masato Iwatsuki, Yukihiro Asami, Yuki Inahashi “Emblestatin: a new peptide antibiotic from Embleya scabrispora K20-0267” Journal of Antibiotics 76, 592-597, 2023, doi: 1038/s41429-023-00645-8

Shixuan Hu, Yuhei O Tahara, Takeaki Tezuka, Makoto Miyata, Yasuo Ohnishi “Architecture of Actinoplanes missouriensis sporangia and zoospores visualized using quick-freeze deep-etch electron microscopy” Bioscience, Biotechnology and Biochemistry 88, 225-229, 2023, doi: 1093/bbb/zbad159

Takeaki Tezuka, Kyota Mitsuyama, Risa Date, Yasuo Ohnishi “A unique sigma/anti-sigma system in the actinomycete Actinoplanes missouriensis” Nature Communications 14, 8483, 2023, doi: 10.1038/s41467-023-44291-y

A02班

Maho Tokuda, Masaki Shintani “Microbial evolution through horizontal gene transfer by mobile genetic elements“ Microbial Biotechnology 17, e14408, 2024, doi: 1111/1751-7915.14408

Yoshiaki Maeda, Toshiki Hirakawa, Shigekatsu Suzuki, Noraiza Suhaimi, Nurul Syahirah Shamsol Anuar, Kohei Yoneda, Masaki Shintani, Kenshi Suzuki, Naoki Sunagawa, Masanobu Kawachi, Iwane Suzuki, Hirofumi Hara “Chromosome-scale genome assembly of an acidophilic microalga Tetratostichococcus P1 isolated from a tropical peatland in Malaysia“ Microbiology Resource Announcements 13, e0081623, 2024, doi: 10.1128/MRA.00816-23

Masahiro Honjo, Kenshi Suzuki, Junya Katai, Yosuke Tashiro, Tomo Aoyagi, Tomoyuki Hori, Takashi Okada, Yasuhisa Saito, Hiroyuki Futamata “Stable states of microbial community are formed by dynamic metabolic networks with members functioning as both robustness and plasticity” Microbes and Environments 39, ME23091, 2024, doi: 1264/jsme2.ME23091

Chiho Suzuki-Minakuchi, Natsumi Yamamoto, Saki Takahira, Masataka Yamaguchi, Yutaro Takeda, Kazunori Okada, Shinsuke Shigeto, Hideaki Nojiri “Transcriptional heterogeneity of catabolic genes on the plasmid pCAR1 causes host-specific carbazole degradation” Applied and Environmental Microbiology 90, e0124723, 2024, doi: 1128/aem.01247-23

Shintani M, Suzuki H, Nojiri H, Suzuki M “Reconsideration of the previously classified incompatibility groups of plasmids, IncP-1 and IncP-11” Environmental Microbiology 25, 1071-1076, 2023, doi: 1111/1462-2920.16345

Maho Tokuda, Masahiro Yuki, Moriya Ohkuma, Kazuhide Kimbara, Haruo Suzuki, Masaki Shintani “Transconjugant range of PromA plasmids in microbial communities is predicted by sequence similarity with the bacterial host chromosome” Microbial Genomics 9, mgen001043, 2023, doi: 1099/mgen.0.001043

Ifat Ara, Ryota Moriuchi, Hideo Dohra, Kazuhide Kimbara, Naoto Ogawa, Masaki Shintani “Isolation and genomic analysis of 3-chlorobenzoate-degrading bacteria from soil” Microorganisms 11, 1684, 2023, doi: 3390/microorganisms11071684

Jaka Widada, Ema Damayanti, Camelia Herdini, Nastiti Wijayanti, Akira Hosoyama, Atsushi Yamazoe, Chiho Suzuki-Minakuchi, Bambang Hariwiyanto, Sofia Mubarika, Achmad Dinoto, Mustofa, Hideaki Nojiri “Draft genome sequence of the marine-derived, anticancer compound-producing bacterium Streptomyces strain GMY01” Microbiology Resource Announcements 12, e0136620, 2023, doi: 10.1128/mra.01366-20

Masaki Shintani, Gisle Vestergaard, Milena Milaković, Susanne Kublik, Kornelia Smalla, Michael Schloter, Nikolina Udiković-Kolić “Integrons, transposons and IS elements promote diversification of multidrug resistance plasmids and adaptation of their hosts to antibiotic pollutants from pharmaceutical companies” Environmental Microbiology 25, 3035-3051, 2023, doi: 1111/1462-2920.16481

Shintani M, Suzuki H, Nojiri H, Suzuki M “Reconsideration of the previously classified incompatibility groups of plasmids, IncP-1 and IncP-11” Environmental Microbiology25, 1071-1076, 2023, doi: 1111/1462-2920.16345

Amahisa, M., Tsukagoshi, M., Kadooka, C., Masuo, S., Takeshita, N., Doi, Y., Takagi, H., Takaya, N. “The metabolic regulation of amino acid synthesis counteracts reactive nitrogen stress via Aspergillus nidulans cross-pathway control” Journal of Fungi 10, 58, 2024, doi: 3390/jof10010058

Katsuki, N., Fukushima, R., Doi, Y., Masuo, S., Arakawa, T., Yamada, C., Fushinobu, S., Takaya, N. “Protocatechuate hydroxylase is a novel group A flavoprotein monooxygenase with a unique substrate recognition mechanism” Journal of Biological Chemistry 300, 105508, 2024, doi: 1016/j.jbc.2023.105508

Susumu Morigasaki, Motomu Matsui, Iwao Ohtsu, Yuki Doi, Yusuke Kawano, Ryosuke Nakai, Wataru Iwasaki, Hisayoshi Hayashi, Naoki Takaya “Temporal and fertilizer-dependent dynamics of soil bacterial communities in buckwheat fields under long-term management” Scientific Reports 14, 9896, 2024, doi: 1038/s41598-024-60655-w

Pu Jian, Takuto Kumano, Mio Kimura, Makoto Kurisaki, Yoshiteru Hashimoto, Michihiko Kobayashi “Biodegradation of the methylenedioxyphenyl group in piperine and its derivatives: discovery of a novel methylenetransferase in an actinomycete” Applied and Environmental Microbiology 89, e0114523, 2023, doi: 1128/aem.01145-23

Itani A, Masuo S, Yamamoto R, Serizawa T, Fukasawa Y, Takaya N, Toyota M, Betsuyaku S, Takeshita N. “Local calcium signal transmission in mycelial network exhibits decentralized stress responses” PNAS nexus 2, 1-10, 2023, doi: 1093/pnasnexus/pgad012

Matsumoto, H., Matsui, M. “NeTaGFT: A similarity network-based method for trait analysis” Methods in Ecology and Evolution 15, 153-163, 2024, doi: 1111/2041-210X.14251

Tam, C., Iwasaki, W. “AlphaCutter: Efficient removal of non-globular regions from predicted protein structures” Proteomics 23, e2300176, 2023, doi: 1002/pmic.202300176

Hiruma, K., Aoki, S., Takino, J., Higa, T., Utami, Y.D., Shiina, A., Okamoto, M., Nakamura, M., Kawamura, N., Ohmori, Y. and Sugita, R., Tanoi, K., Sato, T., Oikawa, H., Minami, A., Iwasaki, W., Saijo, Y. “A fungal sesquiterpene biosynthesis gene cluster critical for mutualist-pathogen transition in Colletotrichum tofieldiae” Nature Communications 14, 5288, 2023, doi: 1038/s41467-023-40867-w

Anda, M., Yamanouchi, S., Cosentino, S., Sakamoto, M., Ohkuma, M., Takashima, M., Toyoda, A., Iwasaki, W. “Bacteria can maintain rRNA operons solely on plasmids for hundreds of millions of years” Nature Communications 14, 7232, 2023, doi: 1038/s41467-023-42681-w

Miyata, K., Iwasaki, W. “Seq2Phase: language model-based accurate prediction of client proteins in liquid-liquid phase separation” Bioinformatics Advances 4, vbad189, 2023, doi: 1093/bioadv/vbad189

Itoh, T., Miyata, M., Ohkuma, M. “Cell surface architecture of the cultivated DPANN archaeon Nanobdella aerobiophila” Journal of Bacteriology 206, e0035123, 2024, doi: 10.1128/jb.00351-23

Tazawa, J., Kobayashi, H., Tanizawa, Y., Uchino, A., Tanaka, F., Urashima, Y., Miura, S., Sakamoto, M., Ohkuma, M.,, Tohno, M. “Clostridium folliculivorans nov., isolated from soil samples of an organic paddy in Japan” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 73, 5876, 2023, doi: 10.1099/ijsem.0.005876

Hisatomi, A., Ohkuma, M., Sakamoto, M. “Sellimonas catena nov., isolated from human faeces” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 73, 5853, 2023, doi: 10.1099/ijsem.0.005853

Noda, S., Kitade, O., Jasso-Selles, D. E., Taerum, S. J., Takayanagi, M., Radek, R., Lo, N., Ohkuma, M., Gile, G.H. “Molecular phylogeny of Spirotrichonymphea (Parabasalia) with emphasis on Spironympha, Spirotrichonympha, and three new genera Pseudospironympha, Nanospironympha, and Brugerollina” Journal of Eukaryotic Microbiology 70, e12967, 2023, doi: 1111/jeu.12967

Mori, H., Kato, T., Ozawa, H., Sakamoto, M., Murakami, T., Taylor, T. D., Toyoda, A., Ohkuma, M., Kurokawa, K., Ohno, H. “Assessment of metagenomic workflows using a newly constructed human gut microbiome mock community” DNA Research 30, dsad010, 2023, doi: 1093/dnares/dsad010

Aoki, K., Yamamoto, K., Ohkuma, M., Sugita, T., Tanaka, N., Takashima, M. “Hyphal growth in Trichosporon asahii is accelerated by the addition of magnesium” Microbiology Spectrum 11, e0424222, 2023, doi: 1128/spectrum.04242-22

Kawasaki, S., Ozawa, K., Mori, T., Yamamoto, A., Ito, M., Ohkuma, M., Sakamoto, M., Matsutani, M. “Symbiosis of carpenter bees with uncharacterized lactic acid bacteria showing NAD auxotrophy“ Microbiology Spectrum 22, 00782-23, 2023, doi: 1128/spectrum.00782-23

Sakamoto, M., Sakurai, N., Tanno, H., Iino, T., Ohkuma, M., Endo, A. “Faecalibacterium hominis Liu et al. 2023 is a later heterotypic synonym of Faecalibacterium duncaniae Sakamoto et al. 2022” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 73, 5995, 2023, doi: 1099/ijsem.0.005995

Klykleung, N., Matsuo, H., Iwatsuki, M., Takahashi, Y., Ōmura, S., Yuki, M., Kudo, T., Ohkuma, M., Luechapudiporn, R., Tanasupawat, S., Nakashima, T. “Genomic analysis and physicochemical screening of ikarugamycin, fumaquinone, and a new compound, pudicin from Streptomyces 3MP-14” ScienceAsia 49, 661-669, 2023, doi: 10.2306/scienceasia1513-1874.2023.067

Hisatomi, A., Kastawa, N. W. E. P. G., Song, I., Ohkuma, M., Fukiya, S., Sakamoto, M. “Claveliimonas bilis gen. nov., sp. nov., deoxycholic acid-producing bacteria isolated from human faeces, and reclassification of Sellimonas monacensis Zenner et al. 2021 as Claveliimonas monacensis nov.” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 73, 6030, 2023, doi: 10.1099/ijsem.0.006030

Iino, T., Oshima, K., Hattori, M., Ohkuma, M., Amachi, S. “Iron corrosion concomitant with nitrate reduction by Iodidimonas nitroreducens nov. isolated from iodide-rich brine associated with natural gas” Frontiers in Microbiology 14, 1232866, 2023, doi: 10.3389/fmicb.2023.1232866

Hisatomi, A., Tourlousse, D. M., Hamajima, M., Ohkuma, M., Sekiguchi, Y., Sakamoto, M. “Complete genome sequences of Ruminococcus torques strains JCM 36208 and JCM 36209, isolated from the feces of a healthy Japanese male” Microbiology Resource Announcements 12, e0063223, 2023, doi: 1128/MRA.00632-23

Hashimoto, A., Shibata, S., Ohkuma, M. “Phylogenetic and morphological re‑evaluation of Antherospora on Barnardia japonica collected in Japan” Mycological Progress 22, 87, 2023, doi: 1007/s11557-023-01935-z

公募班

Eun-Young Seo, Dawoon Jung, Slava S. Epstein, Weiyan Zhang, Jeffrey S. Owen, Hiroaki Baba, Akina Yamamoto, Mifuyu Harada, Yutaka Nakashimada, Setsu Kato, Yoshiteru Aoi, Shan He “A targeted liquid cultivation method for previously uncultured non-colony forming microbes“ Frontiers in Microbiology 14, 1194466, 2023, doi: 10.3389/fmicb.2023.1194466

Rino Isshiki, Hirotsugu Fujitani, Satoshi Tsuneda “Variation in growth rates between cultures hinders the cultivation of ammonia-oxidizing bacteria” FEMS Microbiology Letters 371, fnae013, 2024, doi: 10.1093/femsle/fnae013

Ochiai, K.K., Hanawa, D., Ogawa, H.A., Tanaka, H., Uesaka, K., Edzuka, T., Shirae‐Kurabayashi, M., Toyoda, A., Itoh, T., Goshima, G. “Genome sequence and cell biological toolbox of the highly regenerative, coenocytic green feather alga Bryopsis” Plant Journal, tpj.16764, 2024, doi: 10.1111/tpj.16764

Goda, M., Shribak, M., Ikeda, Z., Okada, N., Tani, T., Goshima, G., Oldenbourg, R., Kimura, A. “Live-cell imaging under centrifugation characterized the cellular force for nuclear centration in the Caenorhabditis elegans embryo” bioRxiv , , 24, doi: 10.1101/2024.01.03.574024

Kurita, G., Goshima, G., Uesaka, K. “Draft genome sequences of two dothideomycetes strains, NU30 and NU200, derived from the marine environment around Sugashima, Japan” Microbiology Resource Announcements 12, e0121722, 2023, doi: 10.1128/mra.01217-22

Yoshida, M.W., Hakozaki, M., Goshima, G. “Armadillo repeat-containing kinesin represents the versatile plus-end-directed transporter in Physcomitrella” Nature Plants 9, 733-748, 2023, doi: 10.1038/s41477-023-01397-x

Yoshida, M.W., Oguri, N., Goshima, G. “Physcomitrium patens SUN2 mediates MTOC association to the nuclear envelope and facilitates chromosome alignment during spindle assembly” Plant and Cell Physiology 64, 1106-1117, 2023, doi: 10.1093/pcp/pcad074

Ta, K.N., Yoshida, M.W., Tezuka, T., Shimizu-Sato, S., Nosaka-Takahashi, M., Toyoda, A., Suzuki, T., Goshima, G., Sato, Y., “Control of plant cell growth and proliferation by MO25A, a conserved major component of the Mammalian Sterile20-like kinase pathway” Plant and Cell Physiology 64, 336-351, 2023, doi: 10.1093/pcp/pcad005

Tatsuki Kunoh, Tatsuya Yamamoto, Erika Ono, Shinya Sugimoto, Minoru Takeda, Nobuhiko Nomura “Identification of lthB, a gene encoding a putative glycosyltransferase family 8 protein required for Leptothrix sheath formation” Applied and Environmental Microbiology 89, e0191922, 2023, doi: 10.1128/aem.01919-22

Kakizaki, T., Abe, H., Kotouge, Y., Matsubuchi, M., Sugou, M., Honma, C., Tsukuta, K., Satoh, S., Shioya, T., Nakamura, H., Cannon, K.S, Woods, B.L., Gladfelter, A., Takeshita, N, Muraguchi, H. “Live-cell imaging of septins and cell polarity proteins in the growing dikaryotic vegetative hypha of the model mushroom Coprinopsis cinerea” Scientific Reports 13, 10132, 2023, doi: 10.1038/s41598-023-37115-y

Pruneda, J.N., Nguyen, J.V., Nagai, H., Kubori, T. “Bacterial usurpation of the OTU deubiquitinase fold” FEBS Journal 291, 3303-3316, 2024, doi: 10.1111/febs.16725

Kubori, T., Arasaki, K., Oide, H., Kitao, T., Nagai, H. “Multi-tiered actions of Legionella effectors to modulate host Rab10 dynamics” eLife 12, RP89002, 2024, doi: 10.7554/eLife.89002.3

Ni Luh Putu Citra Innosensia, I Putu Wirya Suputra , Gusti Ngurah Alit Susanta Wirya, Kazuhiko Narisawa “First Report of Tripartite Symbiosis Potential among Soybean, Bradyrhizobium japonicum, and Dark Septate Endophytes” Agronomy 13, 1788, 2023, doi: 10.3390/agronomy13071788

Yusuke Takashima , Kohei Yamamoto, Yousuke Degawa, Yong Guo, Tomoyasu Nishizawa, Hiroyuki Ohta, Kazuhiko Narisawa “Detection and isolation of a new member of Burkholderiaceae‑related endofungal bacteria from Saksenaea boninensis sp. nov., a new thermotolerant fungus in Mucorales” IMA Fungus 14, 24, 2023, doi: 10.1186/s43008-023-00129-2

Han Sun, Tomoyasu Nishizawa, Hiroyuki Ohta, Kazuhiko Narisawa “Dark septate endophytic fungi associated with pioneer grass inhabiting volcanic deposits and their functions in promoting plant growth “ Biogeosciences 20, 4737-4749, 2023, doi: 10.5194/bg-20-4737-2023

Daisuke Watanabe “Sake yeast symbiosis with lactic acid bacteria and alcoholic fermentation” Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 88, 237-241, 2024, doi: 10.1093/bbb/zbad167

Daisuke Watanabe, Maika Kumano, Yukiko Sugimoto, Hiroshi Takagi “Spontaneous attenuation of alcoholic fermentation via the dysfunction of Cyc8p in Saccharomyces cerevisiae” International Journal of Molecular Sciences 25, 304, 2023, doi: 10.3390/ijms25010304

Daisuke Watanabe, Wataru Hashimoto “Adaptation of yeast Saccharomyces cerevisiae to grape-skin environment” Scientific Reports 13, 9279, 2023, doi: 10.1038/s41598-023-35734-z

Daisuke Watanabe, Mikiya Kawashima, Naoya Yoshioka, Yukiko Sugimoto, Hiroshi Takagi “Rational design of alcoholic fermentation targeting extracellular carbon” npj Science of Food 7, 37, 2023, doi: 10.1038/s41538-023-00215-0

Xizi Long, Yoshihide Tokunou, Akihiro Okamoto “Mechano-control of extracellular electron transport rate via modification of inter-heme coupling in bacterial surface cytochrome” Environmental Science & Technology 57, 7421-7430, 2023, doi: 10.1021/acs.est.3c00601

Takahashi, K., Kuwahara, H., Horikawa, Y., Izawa, K., Kato, D., Inagaki, T., Yuki, M., Ohkuma, M., Hongoh, Y. “Emergence of putative energy parasites within Clostridia revealed by genome analysis of a novel endosymbiotic clade” ISME Journal 17, 1895-1906, 2023, doi: 10.1038/s41396-023-01502-0

Syun-ichi Urayama, Akihito Fukudome, Miho Hirai, Tomoyo Okumura, Yosuke Nishimura, Yoshihiro Takaki, Norio Kurosawa, Eugene V Koonin, Mart Krupovic, Takuro Nunoura “Double-stranded RNA sequencing reveals distinct riboviruses associated with thermoacidophilic bacteria from hot springs in Japan” Nature Microbiology 9, 514-523, 2024, doi: 10.1038/s41564-023-01579-5

Syun-ichi Urayama, Yan-jie Zhao, Misa Kuroki, Yuto Chiba, Akihiro Ninomiya, Daisuke Hagiwara “Greetings from virologists to mycologists: A review outlining viruses that live in fungi” Mycoscience 65, 1-11, 2024, doi: 10.47371/mycosci.2023.11.004

Yan-jie Zhao, Tsuyoshi Hosoya, Syunichi Urayama, Daisuke Hagiwara “Seven new mycoviruses identified from isolated ascomycetous macrofungi” Virus Research 339, 199290, 2024, doi: 10.1016/j.virusres.2023.199290

Misa Kuroki, Takashi Yaguchi, Syun-ichi Urayama, Daisuke Hagiwara “Experimental verification of strain-dependent relationship between mycovirus and its fungal host” iScience 107337, 2023, doi: 10.1016/j.isci.2023.107337

Tatsuya Hizume, Yu Sato, Hiroaki Iwaki, Kohsuke Honda, Kenji Okano “Subtractive modification of bacterial consortium using antisense peptide nucleic acids” Frontiers in Microbiology 14, 1321428, 2024, doi: 10.3389/fmicb.2023.1321428

Chiaki Tsumori, Shoma Matsuo, Yuta Murai, Kenji Kai “Quorum sensing-dependent invasion of Ralstonia solanacearum into Fusarium oxysporum chlamydospores” Microbiology Spectrum 11, e00036-23, 2023, doi: 10.1128/spectrum.00036-23

Kenji Kai “The phc quorum-sensing system in Ralstonia solanacearum species complex“ Annual Review of Microbiology 77, 213-231, 2023, doi: 10.1146/annurev-micro-032521-030537

Mayuna Suenaga, Naoka Katayama, Kokoro Kitamura, Kenji Kai “Structures and biosynthesis of caryoynencins, unstable bacterial polyynes from Pseudomonas protegens recombinant expressing the cayG gene” Journal of Organic Chemistry 88, 16280-16291, 2023, doi: 10.1021/acs.joc.3c01789

Kaisei Hara, Natsuki Iwano, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada. “DeepRaccess: High-speed RNA accessibility prediction using deep learning.” Frontiers in Bioinformatics 3, 1275787, 2023, doi: 10.3389/fbinf.2023.1275787

¹Masuda, Y., ¹Mise, K., Xu, Z., Zhang, Z., Shiratori, Y., Senoo, K., Itoh, H. (¹co-first authorship) “Global soil metagenomics reveals distribution and predominance of Deltaproteobacteria in nitrogen-fixing microbiome” Microbiome 12, 95, 2024, doi: 1186/s40168-024-01812-1

Watanabe M, Igarashi K, Kato S, Kamagata Y, Kitagawa W “Self-cloning of the catalase gene in environmental isolates improves their colony-forming abilities on agar media” Microbes and Environments 38, ME23006, 2023, doi: 10.1264/jsme2.ME23006

Nakayasu, M., Kanai, K., Takamatsu, K., Masuda, S., Yamazaki, S., Aoki, Y., Shibata, A., Suda, W., Shirasu, K., Yazaki, K., Sugiyama, A. “Tomato root-associated Sphingobium harbors genes for catabolizing toxic steroidal glycoalkaloids” mBio 14, e00599-23, 2023, doi: 10.1128/mbio.00599-23

Masuda, S., Gan, P., Kiguchi, Y., Anda, M., Sasaki, K., Shibata, A., Iwasaki, W., Suda, W., Shirasu, K. “Uncovering microbiomes of the rice phyllosphere using long-read metagenomic sequencing” Communications Biology 7, 357, 2024, doi: 10.1038/s42003-024-05998-w

Invited Talks

A01班

重藤真介 「ラマンスペクトルデータ解析による微生物細胞のイメージングと識別」 日本分光学会近赤外分光部会第17回シンポジウム 2024年 02月（大阪）

宇佐美慶典、手塚武揚、大西康夫、重藤真介 「希少放線菌の胞子嚢膜は何からできているか？　ラマン・非線形ラマン・SHGを用いたラベルフリー同時イメージング（仮）」 日本放線菌学会学術講演会 2024年 02月（東京）

菅野菜々子、加藤真悟、伊藤隆、大熊盛也、小田和佳、大谷竜哉、高橋愛香音、重藤真介 「バクテリア/アーキアドメインをラマン顕微鏡による非破壊・非染色分析法で見分けられるか？：アーキア細胞に見られるラマン分光学的特徴」 第 35 回⽇本 Archaea 研究会講演会 2023年 06月（東京）

菅野菜々子 「顕微鏡でどこまで視える？ラマン顕微鏡による原核生物の非破壊・非染色生体分子情報解析」 2023年度国立遺伝学研究所研究会 2024年 03月（静岡）

徳能吉秀 「微生物集団の中ではたらく電気」 第57回緑膿菌感染症研究会内シンポジウム「緑膿菌の生存戦略とその制御」 2023年 02月（）

中井亮佑 「精密ろ過フィルターを通り抜ける極小細菌を見る・知る・探る 」 日本防菌防黴学会第50回年次大会 2023年 08月（大阪）

中井亮佑 「とっても小さい微生物ダークマターは何者か？ 」 第75回日本生物工学会100周年記念大会 2023年 09月（名古屋）

中井亮佑 「精密ろ過膜を通り抜ける極小未知微生物を見る・知る・探る 」 大隅基礎科学創成財団 微生物機能探究コンソーシアム 定例会 2024年 02月（オンライン）

玉木秀幸 「未知の微生物を”培養”して新たな生物機能を探る-バイオものづくり革命時代の微生物遺伝子資源探索研究- 」 LS-BT 2023講演会 2023年 06月（茨城）

玉木秀幸 「未知の微生物を”培養”して新たな生物機能を探る -Cultivation Renaissance in the post metagenomic era- 」 第29回日本微生物資源学会シンポジウム 2023年 06月（茨城）

Naomichi Takemata 「Molecular mechanism of SMC-mediated domain formation in archaea」 第3回Hi-C研究会 2023年 05月（神戸）

布浦拓郎 「高濃度CO2と(超)好熱菌の中央代謝」 第75回日本生物工学会大会 2023年 09月（名古屋）

跡見晴幸 「超好熱性アーキアのC1代謝関連酵素」 第75回日本生物工学会大会 2023年 09月（名古屋）

布浦拓郎 「中央代謝経路の可逆性と生命進化」 日本遺伝学会第95回大会 2023年 09月（熊本）

跡見晴幸 「アーキアにおける特異なアミノ酸代謝機構」 第96回日本生化学会大会 2023年 10月（福岡、九州国際会議場）

Yasuo Ohnishi 「Molecular Mechanisms of Morphological Differentiation in the Rare Actinomycete Actinoplanes Missouriensis」 KMB 50th Anniversary 2023 Annual Meeting & International Symposium 2023年 06月（韓国・慶州）

Yohei Katsuyama 「Biosynthesis of Diazo Group-Containing Natural Products in Actinobacteria」 KMB 50th Anniversary 2023 Annual Meeting & International Symposium 2023年 06月（韓国・慶州）

大西 康夫 「高度な形態分化能を有する希少放線菌の生理学」 生理化学研究ユニット第13回シンポジウム「Chemistryで紐解くPhysiology」 2023年 12月（京都）

A02班

パネリスト：三浦夏子氏(大阪公立大学)，新谷政己(静岡大学)，栗田悠子氏(東京大学)，野崎翔平氏(筑波大学)，瀬戸義哉氏(明治大学)，吉永直子氏(京都大学)，梅川碧里氏(三重大学)，森脇由隆氏(東京大学)，山下陽子氏(神戸大学)，高橋裕氏(東京大学)，近澤未歩氏(名城大学) 司会：藤井壮太氏(東京大学)，山田千早氏(明治大学)，喜田聡氏(東京大学) 「これから100年の農芸化学研究を展望する」(パネルディスカッション形式) 日本農芸化学会2024年度大会 2024年 03月（東京）

野尻秀昭 「プラスミドの新しいデータベース構築に向けて」 遺伝研研究会「プラスミドの網羅的データベースの再整備に向けて」 2023年 09月（静岡）

水口千穂 「核様体タンパク質がプラスミドと宿主の相性を決める？」 遺伝研研究会「プラスミドの網羅的データベースの再整備に向けて」 2023年 09月（静岡）

鈴木 研志 「微生物生態系における協調的機能発揮と維持」 微生物生態学会2023年度大会 2023年 11月（浜松）

Chiho Suzuki-Minakuchi 「Universality and diversity of H-NS family proteins in their oligomerization manners」 第46回日本分子生物学会年会 2023年 12月（兵庫）

野尻秀昭 「分解菌スクリーニングの必要性と新たな戦略」 環境微生物・バイオテクノロジー講演会 2023年 04月（長岡）

Motomu Matsui 「Reconstructing Phylogenetic Reconstruction」 DATA SCIENCE FOR GENOME DYNAMICS 2024年 01月（オンライン）

松井求 「バイオインフォマティクスが駆動する微生物科学」 微生物科学イノベーション特論II 2023年 12月（東京）

松井求 「分子系統学の進化可能性を考える」 Intelligence and Cultural Evolution Theoryワークショップ 2023年 12月（東京）

松井求 「Tree of Lifeは完成できるか?」 IIBMP2023シンポジウム 2023年 09月（千葉県柏市）

松井求 「環境微生物研究におけるバイオインフォマティクス活用法」 東京大学アグリバイオ 2023年 07月（東京）

加藤真悟 「好気条件下で生育するナノアーキアNanobdella aerobiophila MJ1Tの特徴と命名」 新たな時代を拓く微生物分類学：現状と展望（公益財団法人発酵研究所 学会・研究部会助成 駒形和男先生追悼公開シンポジウム） 2023年 03月（東京）

橋本陽 「３つの未知：未発見・未培養の未利用真菌を環境中から引き摺り出す！」 未培養微生物（微生物ダークマター）資源の新展開 2023年 03月（東京）

加藤真悟 「好気条件下で生育する新規DPANNアーキアの培養」 Japan Geoscience Union Meeting 2023 2023年 05月（幕張）

遠藤力也 「酵母の機能形質と環境条件との関係」 日本菌学会第67回大会自由集会 2023年 06月（熊本（ハイブリッド））

橋本陽 「真菌類、特に子のう菌門の分離培養とその課題」 日本微生物資源学会第29回大会(公開シンポジウム 「微⽣物の分離・培養を考える」) 2023年 06月（つくば）

遠藤力也 「森林に潜む酵母」 第75回日本生物工学会大会 2023年 09月（名古屋）

大熊盛也 「微生物間共生とバイオリソースの整備」 第96回日本生化学会大会（シンポジウム「微生物共生の科学への招待」） 2023年 10月（博多）

酒井博之；面川博美；中村光一；高見清正；中川聡；布浦拓郎；大熊盛也；黒沢則夫 「酸性温泉からの新規DPANNアーキア培養株の確立」 日本微生物生態学会第36回浜松大会 2023年 11月（浜松）

加藤真悟 「DPANNアーキアの共生機構に迫る」 日本微生物生態学会第36回浜松大会 2023年 11月（浜松）

伊藤隆 「原核生物命名規約（ICNP）はどのように未培養微生物を扱ってきたか」 日本微生物生態学会第36回浜松大会 2023年 11月（浜松）

加藤真悟 「ナノアーキアの初の学名承認に至るまでの障壁と予想外の結末」 日本微生物生態学会第36回浜松大会 2023年 11月（浜松）

公募班

永井宏樹 「レジオネラの多様なエフェクター」 第69回トキシンシンポジウム 2023年 09月（京都）

五島剛太 「海に生息する黒色酵母が示す表現型可塑性」 生物工学会年会 2023年 09月（名古屋）

杉本真也 「バイオフィルムの透明化イメージングのすゝめ」 第37回日本バイオフィルム学会学術集会 2023年 08月（松戸）

杉本真也 「分子生物学と透視技術でバイオフィルムの形成原理と機能に迫る」 第55回 ビブリオシンポジウム 2023年 10月（つくば）

杉本真也 「バイオフィルムを瞬時に透明にするiCBiofilm法の開発と応用」 第72回 日本放線菌学会 学術講演会 2023年 11月（五反田）

竹下典男 「視える化で解き明かす微生物学の謎」 日本細菌学会 2023年 03月（姫路）

竹下典男 「麹菌の酵素生産能に関わる細胞形質」 発酵と代謝研究会 2023年 12月（東京）

渡辺大輔 「アルコール発酵の残された謎を解く」 第10回SBJシンポジウム 2023年 05月（大阪）

渡辺大輔 「発酵環境における酵母たちの相互作用」 第75回日本生物工学会大会 2023年 09月（名古屋）

渡辺大輔 「清酒酵母は何を感知してアルコール発酵を調節しているのか？」 日本遺伝学会 第95回大会 2023年 09月（熊本）

渡辺大輔 「清酒酵母の共生とアルコール発酵」 日本農芸化学会関西支部 第8回産学官連携シンポジウム 2023年 10月（神戸）

渡辺大輔 「発酵食品の「都」～伝統と革新～」 第11回奈良まほろば産官学連携懇話会 2023年 09月（奈良）

渡辺大輔 「アルコール発酵の残された謎を解く」 第21回 HiHA ワークショップ 2023年 12月（東広島）

渡辺大輔 「清酒酵母に学ぶアルコール発酵デザイン技術」 関西バイオものづくりフォーラム2024 2024年 03月（大阪）

浦山俊一 「全球RNA ウイルス探索の最前線 ―どこにあるんだ新規RNA ウイルス探索のゴール？ ―」 日本ウイルス学会北海道支部　第56 回 夏季シンポジウム/ 2023年 07月（北海道大学）

岡野憲司 「オンデマンド菌叢作出に向けた菌叢改変技術の開発」 第73回日本放線菌学会学術講演会 2024年 02月（東京）

甲斐建次 「植物と真菌の両方に寄生する青枯病菌の感染戦略」 第22回農薬バイオサイエンス研究会 2022年 11月（京都大学）

甲斐建次 「糸状菌にも寄生する植物病原細菌  」 第21回糸状菌分子生物学コンファレンス 2022年 11月（オンライン）

甲斐建次 「クオラムセンシングの制御による植物病害防除を目指して  」 日本学術会議公開シンポジウム「持続的な食料保障に向けた植物保護の新技術」 2022年 12月（オンライン）

甲斐建次 「同種・異種微生物間における化学コミュニケーション」 静岡大学グリーン科学技術研究所・キノコ科学研究所・生物化学研究室セミナー 2023年 04月（静岡大学）

甲斐建次 「ポリインチューニングによる植物病害の防除を目指して  」 微生物でみる農学研究の可能性 ～フードテック・機能性食品・グリーンプロダクツ(生物農薬)で成長産業に挑む～ 2023年 12月（グランフロント大阪）

甲斐建次 「真菌への寄生を確立する青枯病菌の化学コミュニケーション  」 日本農芸化学会2024年度大会シンポジウム 2024年 03月（東京農業大学）

西村祐貴 「ハイブリッドメタゲノム解析によるCPR/DPANNの宿主推定」 第35回日本Archaea研究会講演会 2023年 06月（東京都八王子市）

福永津嵩 「フィコビリソームの系統プロファイル解析により明らかになった新規ステート遷移制御遺伝子」 2023年度ラン藻ゲノム交流会 2023年 07月（東京）

木賀大介 「「バイオDX: 遺伝子を人工的に組み合わせたシステムの設計と構築」」 第31回静岡フォーラム／第56回研究交流セミナー 2024年 01月（浜松）

 

International meetings

A01班

L Chen, C Wang, H Guo, F Sassa, K Hayashi “2D SERS Gas Sensor for Visualization and Localization of the Odor Source” 2023 IEEE SENSORS (IEEE) 20231023, オーストリア、ウィーン

Shinsuke Shigeto “Novel Raman-Based Approaches to Nondestructive Microbial Analysis Using a Microwell Array Device and Machine Learning” 8th Taiwan International Symposium on Raman Spectroscopy () 20230630, Hsinchu, Taiwan

Takuya Miyagawa, Nanako Kanno, Shinsuke Shigeto “Multi-wavelength excitation Raman microspectroscopy for detecting different pigments in photosynthetic bacteria” 8th Taiwan International Symposium on Raman Spectroscopy () 20230629, Hsinchu, Taiwan

Rin Miyasaka, Shinsuke Shigeto “Direct temperature determination in fission yeast spores using anti-Stokes to Stokes Raman scattering intensity ratios” 8th Taiwan International Symposium on Raman Spectroscopy () 20230629, Hsinchu, Taiwan

Amu Sofue, Norio Takeshita, Yasunori Ichihashi, Shinsuke Shigeto “Label-free molecular imaging of an arbuscular mycorrhizal fungus using multiplex CARS microspectroscopy” 8th Taiwan International Symposium on Raman Spectroscopy () 20230629, Hsinchu, Taiwan

Moka Ogawa, Fumihiro Sassa, Shinsuke Shigeto “Raman Microspectroscopic Observation of Microorganisms Cultured with a Glass Gel-Filled Micro Well Array Device” 8th Taiwan International Symposium on Raman Spectroscopy () 20230629, Hsinchu, Taiwan

Shinsuke Shigeto “Raman microspectroscopy and imaging of oil-producing and degrading microorganisms” 8th Asian Spectroscopy Conference () 20230905, 新潟

Megu Takemoto, Felipe Vejarano, Yuanhao Zhu, Chiho Suzuki-Minakuchi, Hideaki Nojiri, Shinsuke Shigeto “Single-cell analysis of a pyrene-degrading bacterial consortium using Raman microspectroscopy with deuterium labeling” 8th Asian Spectroscopy Conference () 20230905, 新潟

Keisuke Usami, Takeaki Tezuka, Yasuo Ohnishi, Shinsuke Shigeto “Label-free imaging of rare actinomycete sporangium using linear/nonlinear Raman microspectroscopy and multivariate curve resolution” 8th Asian Spectroscopy Conference () 20230905, 新潟

Tamami　Ito “Membrane vesicle formation in Streptococcus mutans is stimulated by quorum-sensing.” ASM microbe 2023 (ASM) 20230617,

Jun Harada “Prophage-triggered cell wall-deficient cells in response to stress” ASM microbe 2023 (ASM) 20230617,

Jun Harada “Prophage-triggered cell wall-deficient cells in response to stress” ASM microbe 2023 (ASM) 20230617,

Kohei Takahashi “Accumulation of intermediates during aerobic denitrification inhibits cell growth in low pH conditions” ASM microbe 2023 (ASM) 20230617,

Ayaka Uehara “Mobile insertion sequence switches cell to cell communication in Pseudomonas aeruginosa” ASM microbe 2023 (ASM) 20230617,

Yotaro Isamu “The potential of membrane vesicles as immunostimulant modulating Clostridioides difficile colonization “ BACELL2023 (グラム陽性菌ゲノム機能会議・BACIP) 20231121,

Keisuke Nomura “Analysis of Intestinal Bacterial Colonization and Biofilm Formation with Intestinal Mucus Layer Mimetic System” 36th JSME & 13th ASME ( JSME・ASME) 20231128,

湊春香 “酸素濃度が制御可能なマイクロ流路における細菌挙動の解析” 36th JSME & 13th ASME ( JSME・ASME) 20231128,

サヴィジ　トーマス晃洋 “Elaectrochemical observation on Membrane vesicles of Shewanella oneidensis MR-1” 36th JSME & 13th ASME ( JSME・ASME) 20231128,

上原礼佳 “細菌間コミュニケーションによって誘導される緑膿菌プロファージ” 36th JSME & 13th ASME ( JSME・ASME) 20231128,

Yoshihide Tokunou “Three-dimensional imaging of NADH/NAD+ ratio in bacterial colonies” BIT’s 8th Annual Conference of Analytix-2023 (BIT’s 8th Annual Conference of Analytix) 20230518,

Yoshihide Tokunou “Energy conservation strategies of Shewanella oneidensis biofilms” The 20th Young Scientist Seminar YSS2023 ( Young Scientist Seminar) 45248,

Yoshihide Tokunou “Energy conservation mechanisms in multicellular assemblages of Shewanella oneidensis” 16th IEEE International Conference on Nano/Molecular Medicine & Engineering (IEEE-NANOMED 2023) ( IEEE International Conference on Nano/Molecular Medicine & Engineering) 20231206,

鈴木悠世 “Paracoccus denitrificans における膜小胞形成に関与する遺伝子の同定” 36th JSME & 13th ASME ( JSME・ASME) 20231128,

伊藤碧美 “Quorum sensing trigger membrane vesicle formation in Streptococcus mutans.” 36th JSME & 13th ASME ( JSME・ASME) 20231128,

片岡柾人 “Ecological Functions of a Volatile Molecule Produced by an Isopod-Intestinal Bacteria.” 36th JSME & 13th ASME ( JSME・ASME) 20231128,

頓宮弘将 “Electron Transfer Controls Spatial Metabolic Dynamics in Biofilms” 36th JSME & 13th ASME ( JSME・ASME) 20231128,

武田理久 “Shewanella oneidensis MR-1由来のメンブレンベシクルによるPseudomonas aeruginosa PAO1の呼吸促進” 36th JSME & 13th ASME ( JSME・ASME) 20231128,

鵜木海緒 “Analysis and elucidation of SOS response induction in Pseudomonas aeruginosa biofilms” 36th JSME & 13th ASME ( JSME・ASME) 20231128,

Miku Matsushita “Isolation and characterization of bacterial-derived extracellular membrane vesicles in aged mice gut” BACELL 2023 (グラム陽性菌ゲノム機能会議・BACIP) 20231122,

Ryosuke Fukuda “Temperature-dependent gene regulation for environmental adaptation in Clostridium perfringens” BACELL 2023 (グラム陽性菌ゲノム機能会議・BACIP) 20231122,

Hideyuki Tamaki “Cultivation renaissance for gut microbiome research in the post-metagenomic era “ 第27回日本腸内細菌学会学術集会 国際シンポジウム (日本腸内細菌学会) 20230628, 東京

Haruyuki Atomi “Unique Carbon Metabolism in Archaea” 50th Annual Meeting & International Symposium” The Korean Society for Microbiology and Biotechnology (The Korean Society for Microbiology and Biotechnology) 20230622, Gyeongju, Korea

Naomichi Takemata “Molecular mechanism of SMC-mediated domain formation in archaea” Gordon Research Conference: Chromosome Biology From Cellular, Molecular and Physical Perspectives (Gordon Research Conference) 20230628, Lucca, Italy

Kodai Yamaura, Naomichi Takemata, Haruyuki Atomi “Regulation of genome structures in hyperthermophiles by reverse gyrase” Gordon Research Conference: Chromosome Biology From Cellular, Molecular and Physical Perspectives (ゴードン会議) 20230628, イタリア

Yuto Fukuyama, Shigeru Shimamura, Sanae Sakai, Yuta Michimori, Tomomi Sumida, Yoshito Chikaraishi, Haruyuki Atomi, Takuro Nunoura “ A novel CE-MS based tracer metabolomics: a promising tool to verify real amino acid biosynthetic pathways and central carbon metabolic pathways in any kinds of microbial isolates.” Gordon Research Conference: Archaea: Ecology, Metabolism and Molecular Biology. (GRC Frontiers of Science Fund) 20230725, West Dover, NH, USA

Yuta Michimori, Yuusuke Yokooji, Haruyuki Atomi “C5 amino acid metabolism in Thermococcus kodakarensis” Thermophiles 2023 16th International Congress (International Organising Committee of Thermophiles) 20230830, Bangor, Wales, UK

Haruyuki Atomi “Unique amino acid metabolism in hyperthermophilic archaea” 3rd Japan-Switzerland-Germany Workshop on Biocatalysis and Bioprocess Development (Biotechnology Societies of Germany, Switzerland, Japan) 20230912, Inuyama, Japan

Haruyuki Atomi “Unique enzymes involved in amino acid metabolism in hyperthermophilic archaea” 16th Asian Congress on Biotechnology (Asian Federation on Biotechnology) 20231017, Ho Chi Minh

Haruyuki Atomi “Amino acid metabolism in Thermococcus kodakarensis” Neotechnologies for ThermusQ initiative (Thermus Q society) 20231028, Atagawa

Takuro Nunoura “A novel CE-MS-based tracer metabolomics: a promising tool to verify amino acid biosynthetic pathways.” The 5th Meeting of Bergey’s International Society for Microbial Systematics (BISMiS) (Bergey’s International Society for Microbial Systematics (BISMiS)) 20231108, 中国・広州

Jianqiang Jin, Takaaki Sato, Haruyuki Atomi “Modified lipoic acid biosynthesis pathway in archaea” The Second International Conference on Bioengineering Technology Innovation (Zhejiang University of Technology) 20231125, Hangzhou, China

Hiromu Kato, Tomohiro Kimura, Hiroyuki Tanemura, Takeaki Tezuka, 〇Yasuo Ohnishi “Molecular mechanism of flagellar rotation arrest in the zoospore of Actinoplanes missouriensis” 2023 Bacterial Cell Biology and Development – Gordon Research Conference (Gordon Research Conferences) 20230604, Manchester, New Hampshire, United States

〇宇佐美慶典、手塚武揚、大西康夫、重藤真介 “線形・非線形顕微ラマン分光と多変量波形分解を用いた希少放線菌胞子嚢のラベルフリーイメージング” 8th Asian Spectroscopy Conference 2023（アジア分光学会議） (8回アジア分光学国際会議組織委員会) 20230903, 新潟

Yasuo Ohnishi “Molecular mechanisms of morphological development in the rare actinomycete Actinoplanes missouriensis” University of Minnesota – UTokyo Joint Symposium on Innovative Microbiology and Biotechnology (東京大学) 20231115, 東京

A02班

Masaki Shintani, Haruo Suzuki, Hideaki Nojiri, Masato Suzuki “Behaviors of plasmids  in different natural environments” Power of Microbes in Industry and Environment 2023 (クロアチア，チェコおよびスロバキア，ハンガリー，スロベニア，トルコ各国の微生物学会) 20230518, ポルチェ，クロアチア

Masaki Shintani, Haruo Suzuki, Hideaki Nojiri, Masato Suzuki “Pseudomonas plasmids revisited: new insights and comprehensive analysis of their features for horizontal gene transfer “ Bageco2023 (BAGECO) 2023/6/26-2023/6/30, コペンハーゲン，デンマーク

Maho Tokuda, Honoka Umeki, Haruhi Kamijo, Shunta Tsuruga, Haruo Suzuki, Masahiro Yuki, Moriya Ohkuma, Kazuhide Kimbara, Masaki Shintani “The features of IncP/P-1 plasmid would be predicted by k-mer compositions” Bageco2023 (BAGECO) 2023/6/26-2023/6/30, コペンハーゲン，デンマーク

Suzuka Kawakita, Yukie Yamamoto, Yuri Ota, Tetsushi Suyama, Naohiro Noda, Kazuhide Kimbara, Masaki Shintani “Single-cell analysis revealed that PromA plasmids were originally possessed by diverse bacteria in natural environments” Bageco2023 (BAGECO) 2023/6/26-2023/6/30, コペンハーゲン，デンマーク

Maho Tokuda, Shunta Tsuruga, So Maeda, Rin Yamazaki, Chiho Suzuki-Minakuchi, Hideaki Nojiri, Kazuhide Kimbara, Masaki Shintani “Prediction the transconjugants of plasmids from nucleotide sequences (仮）” 9th International Symposium toward the Future of Advanced Researches in Shizuoka University (ISFAR-SU2024) (静岡大学) 20240306, オンライン

1. Suzuki, Y. Uehara, F. Kurisu, H. Futamata, H. Nojiri “Metabolite cross-feeding contributes to stabilizing multispecies coexistence in a substrate-limiting synthetic bacterial community” ASM Microbe 2023 (American Society for Microbiology) 2023/6/15-2023/6/19, ヒューストン，アメリカ
2. Honjo, K. Suzuki, F. A. A. Aziz, Y. Saito, K. Takeda, A. R. J. b. Mold Din, H. Ishizawa, M. Kimura, Y. Tashiro, H. Futamata “Fluctuation of microbial interspecies interactions enables bacterial coexistences with dynamic equilibriums” ASM Microbe 2023 (American Society for Microbiology) 2023/6/15-2023/6/19, ヒューストン，アメリカ
3. Hidaka, C. Suzuki-Minakuchi, K. Suzuki, K. Okada, N. Okahashi, H. Nojiri “Impact of plasmid carriage on the metabolism of Pseudomonas” ASM Microbe 2023 (American Society for Microbiology) 2023/6/15-2023/6/19, ヒューストン，アメリカ

Hideaki Nojiri “Key enzyme in aerobic degradation of xenobiotic aromatic compounds” Thailand-Japan Collaboration Symposium: Microbial Biotechnology: Role in Environmental Sustainability (チュラロンコン大学) 20230727, バンコク, タイ

Chiho Suzuki-Minakuchi “Xenogeneic silencing: its potential to control the function of mobile genetic elements” Thailand-Japan Collaboration Symposium: Microbial Biotechnology: Role in Environmental Sustainability (チュラロンコン大学) 20230727, バンコク, タイ

Kenshi Suzuki “The phenotypic heterogeneity of Comamonas thiooxydans R2 contributes to the functional stability under phenol-degrading conditions” Thailand-Japan Collaboration Symposium: Microbial Biotechnology: Role in Environmental Sustainability (チュラロンコン大学) 20230727, バンコク, タイ

Felipe Vejarano “Microcrystal fluorescence quantification to detect PAH-degrading bacteria from the environment while avoiding enrichment culture bias” Thailand-Japan Collaboration Symposium: Microbial Biotechnology: Role in Environmental Sustainability (チュラロンコン大学) 20230727, バンコク, タイ

Satoko Suzuki “Searching for bacteria which modulate Mycolicibacterium sp. PO1’s pyrene degradative ability using fluorescence-activated cell sorting” Thailand-Japan Collaboration Symposium: Microbial Biotechnology: Role in Environmental Sustainability (チュラロンコン大学) 20230727, バンコク, タイ

Kallayanee Naloka, Felipe Vejarano, Satoko Suzuki, Prinpida Sonthipahnd, Nuttapon Pombubpa, Kenshi Suzuki, Chiho Suzuki-Minakuchi, Masaki Shintani, Hideaki Nojiri, Onruthai Pinyakong “Robust Consortium Screening using Fluorescence-Activated Cell Sorting for Enhanced Pyrene Degradation under Climate Change Scenarios” The 35th Annual Meeting of the Thai Society for Biotechnology and International Conference (TSB 2023) (Thai Society for Biotechnology) 2023/11/26-2023/11/29, ナコーンラーチャシーマー, タイ

Chiho Suzuki-Minakuchi “Plasmid-chromosome cross-talks to maximize the plasmid-borne catabolic capacity for degradation of aromatic hydrocarbons” EcotoxicoMicYR 2023 (EcotoxicoMic: The international network on Microbial Ecotoxicology) 20231113, オンライン

Takuto Kumano, Michihiko Kobayashi “C-glycoside enzymatic reactions in soil and intestinal microorganisms” 3rd Japan-Switzerland-Germany Workshop on Biocatalysis and Bioprocess Development (酵素工学研究会) 20230910, 愛知県犬山市

Nishihara, Arisa; Ohkuma, Moriya; Nobu, Masaru Konishi. “Estimating the age of divergence date by constructing a large-scale genome phylogenetic tree” 15th International Conference on Culture Collections (World Federation for Culture Collections) 20230612, Portugal, Braga

Iino, Takao; Oshima, Kenshiro; Hattori, Masahira; Ohkuma, Moriya; Amachi, Seigo “Iodidimonas denitrificans sp. nov., an aerobic nitrate-reducing bacterium isolated from iodide-rich brine and inducing iron corrosion concomitant with nitrate reduction” 15th International Conference on Culture Collections (World Federation for Culture Collections) 20230612, Portugal, Braga

Hashimoto, Akira; Ohkuma, Moriya “Phylogenetic and morphological re-evaluation of Camptophora” 15th International Conference on Culture Collections (World Federation for Culture Collections) 20230612, Portugal, Braga

Nishihara, Arisa ; Tsukatani, Yusuke ; Azai, Chihiro ; Ohkuma, Moriya; Nobu, Masaru Konishi. “Reconstruction of nitrogenase-oxidoreductase family tree reveals the evolutionary history of nitrogen fixation and its evolutionary timing” 15th European Nitrogen Fixation Conference () 20230831, Italy, Naples

Endoh, Rikiya “Ecology and potential as bioresource of ‘sap yeasts’ on Quercus trees” Tsukuba Conference 2023 () 20230926, つくば

Hashimoto, Akira “Exploration of uncultivated fungi” Tsukuba Conference 2023 () 20230926, つくば

Nishihara, Arisa “Nitrogen-fixing microorganisms in primitive ecosystems” Tsukuba Conference 2023 () 20230926, つくば

Ohkuma, Moriya “Recent activity of JCM” ANRRC 2023 (The Asian Network of Research Resource Centers) (The Asian Network of Research Resource Centers) 20231010, China, Beijing

Hashimoto, Akira “Systematics of Ascomycota: Past, present, and future challenges” Asian Mycological Congress 2023 () 20231010, Korea, Busan

Itoh, Takashi; Ohkuma, Moriya “Current activities of Japan Collection of Microorganisms” World Data Center for Microorganism 2023 Annual Meeting () 20231102, China, Shenzhen

Takahashi, Kazuki; Kuwahara, Hirokazu; Horikawa, Yutaro; Izawa, Kazuki; Inagaki, Tatsuya; Yuki, Masahiro; Ohkuma, Moriya; Hongoh, Yuichi  “Discovery and evolution of obligately-intracellular parasites belonging to the class Clostridia” The 36th meeting of Japan Society of Microbial Ecology & The 13th meeting of Asian Symposium of Microbial Ecology (日本微生物生態学会, Asian Symposium of Microbial Ecology) 20231127, 浜松

Kei, Kong Suet.; Igai, Katsura; Takahashi, Kazuki; Murooka, Satoshi; Kuwahara, Hirokazu; Sato, Tomoyuki; Ohkuma, Moriya; Hongoh, Yuichi  “Ecology and physiology of endonuclear alphaproteobacterial symbionts (order Holosporales) infecting termite gut protists” The 36th meeting of Japan Society of Microbial Ecology & The 13th meeting of Asian Symposium of Microbial Ecology (日本微生物生態学会, Asian Symposium of Microbial Ecology) 20231127, 浜松

公募班

Gohta Goshima “Diversity and plasticity of cell growth and division”  (台北大学・Chun-Liang Pan教授) 20230825, 台北（台湾）

Norio Takeshita “The cellular mechanics of symbiosis” EMBO | EMBL Symposium (EMBO/EMBL) 20230301, Heidelberg, Germany

Norio Takeshita “Local calcium signal transmission in mycelial network exhibits decentralized stress responses” 16th European Conference of Fungal Genetics () 20230301, Innsbruck, Austria

Kenji Okano, Tatsuya Hizume, Yu Sato, Hiroaki Iwaki, Kohsuke Honda “Subtractive modification of bacterial consortium using antisense peptide nucleic acids” The 28th Symposium of Young Asian Biological Engineers’ Community (Young Asian Biological Engineers’ Community) 20230713, Tainan, Taiwan

Tomoki Tanaka, Hiroaki Iwaki, Kenji Okano “Subtractive modification of bacterial consortium using antisense peptide nucleic acids” The 28th Symposium of Young Asian Biological Engineers’ Community (Young Asian Biological Engineers’ Community) 20230713, Tainan, Taiwan

Kenji Kai “The phc quorum sensing system in RSSC: specificity in signal production and response, regulation of secondary metabolism, and chemical control  “ 7th International Bacterial Wilt Symposium (International Bacterial Wilt Symposium) 20230321, Montevideo, Uruguay

Daisuke Kiga “Bio-Design Automation of Genetic Network using AI Inference Engine” Asian Synthetic Biology Association Conference 2023 (Asian Synthetic Biology Association) 231213, 淡路夢舞台

福田良亮　（A01-3)「ウェルシュ菌の温度に依存した遺伝子発現制御による環境適応戦略の解明」若手優秀発表賞銅賞（授与機関：第37回日本バイオフィルム学会学術集会）202308

伊藤碧美 （A01-3)「異なる機構により産生された膜小胞のバイオフィルム誘導能の解析」若手優秀発表賞銅賞（授与機関：第37回日本バイオフィルム学会学術集会）202308

伊藤碧美 （A01-3)「異なる機構により産生された膜小胞のバイオフィルム誘導能の解析」第4回日本バイオフィルム学会トラベルアワード（授与機関：日本バイオフィルム学会）202308

上原礼佳 （A01-3)「細菌間コミュニケーションを介した緑膿菌のプロファージ誘導」最優秀発表賞（授与機関：ファージ研究会）202308

原田潤 （A01-3)「緑膿菌バイオフィルムにおけるプロファージ駆動型細胞壁欠損細胞 (R-cells)の出現」若手優秀発表賞金賞（授与機関：第37回日本バイオフィルム学会学術集会）202308

原田潤 （A01-3)「Prophage-triggered cell wall-deficient cells in response to stress」ASM Future Leaders Mentoring Fellowship（授与機関：ASM Microbe）202306

サヴィジ　トーマス晃洋 （A01-3)「Elaectrochemical observation on Membrane vesicles of Shewanella oneidensis MR-1」Excellent Poster Award（授与機関：36th JSME & 13th ASME）202311

勇陽太朗 （A01-3)「The potential of membrane vesicles as immunostimulant modulating Clostridioides difficile colonization 」BEST POSTER AWARD（授与機関：BACELL2023）202311

野村佳祐 （A01-3)「Analysis of Intestinal Bacterial Colonization and Biofilm Formation with Intestinal Mucus Layer Mimetic System」Excellent Poster Award（授与機関：36th JSME & 13th ASME）202311

Yuta Michimori「C5 amino acid metabolism in Thermococcus kodakarensis」Oral Presentation Award 1st place（授与機関：Thermophiles 2023）202309

道盛裕太「超好熱性アーキアにおける新規アルギニン代謝酵素の同定」酵素工学研究会ポスター賞（授与機関：酵素工学研究会）202311

道盛裕太「超好熱性アーキアThermococcus kodakarensisにおける新規アミノ酸代謝経路の解明」有機合成化学研究所スカラー（授与機関：一般財団法人　有機合成化学研究所）202311

手塚 武揚「希少放線菌Actinoplanes missouriensisの形態分化に関する分子遺伝学的研究」研究奨励賞（授与機関：日本ゲノム微生物学会）202403

大野一騎，佐藤雄介，德田真穂，新谷政己，大熊盛也，二又裕之，田代陽介「高曲率性膜認識プローブを利用した膜小胞産生細菌の迅速検出法開発」優秀ポスター賞（授与機関：NPO法人環境バイオテクノロジー学会）202306

鈴木 仁子、Vejarano Felipe、水口 千穂、岡田 憲典、Pinyakong Onruthai、野尻 秀昭「セルソーターを利用したピレン分解菌の分解能を変化させる細菌の取得」優秀発表賞（若手ポスター発表部門）（授与機関：日本農芸化学会関東支部）202308

塩田 大地 、土肥 裕希、高谷 直樹「Rhodococcus sp. LC-2 株のルミクロム分解機構の解明」優秀ポスター賞（授与機関：微生物生態学会）202311

丸岡直弥;工藤凛平;猪飼 桂;雪 真弘;大熊盛也;本郷裕一「シロアリ・キゴキブリ腸内原生生物に共生する新規 Deferribacterota 門細菌の発見と 1 細胞ゲノ ム解析」優秀発表賞（授与機関：日本微生物資源学会第29回大会）202306

猪飼　桂;高橋雄大;守川貴裕;大熊盛也;山田明徳;井上徹志;本郷裕一「ゴキブリ目昆虫腸内原生生物の相利共生体への進化」Best Presentation Award（授与機関：日本共生生物学会 第7回大会）202311

Takahashi, Kazuki ;Kuwahara, Hirokazu ;Horikawa, Yutaro ; Izawa, Kazuki; Inagaki, Tatsuya;Yuki, Masahiro ;Ohkuma, Moriya ;Hongoh, Yuichi 「Discovery and evolution of obligately-intracellular parasites belonging to the class Clostridia」Rising to the Challenge Award（授与機関：第36回日本微生物生態学会 (JSME) & 第13回アジア微生物生態学会 (ASME)）202311

Itsuki Oono, Yusuke Sato, Maho Tokuda, Masaki Shintani, Moriya Ohkuma, Hiroyuki Futamata, Yosuke Tashiro「Detection of membrane vesicle-producing bacteria in microbial populations using probes sensing highly curved membranes」Excellent poster award（授与機関：第36回日本微生物生態学会 (JSME) & 第13回アジア微生物生態学会 (ASME)）202311

大野一騎、佐藤雄介、德田真穂、新谷政己、大熊盛也、二又裕之、田代陽介「高曲率性膜認識プローブを利用した膜小胞産生細菌の迅速検出法開発」優秀ポスター賞（授与機関：環境バイオテクノロジー学会2023年度岡山大会）202306

奈良萌子、大瀧琴音、藤田かのん、重盛林太郎、杉本真也、金城雄樹「細胞外アミロイド線維Curliの産生における分子シャペロンDnaKのヌクレオチド交換因子GrpEの必須性の解析」優秀発表賞（授与機関：日本細菌学会関東支部）202310

Rikuta Suzuki「Is “HELPER” necessary for growing uncultivable microorganisms? Revealing by microdroplet based microbial cultivation methods」Excellent Poster Award（授与機関：2023 JSME Anunual Meeting  Organizing Committee）202311

甲斐建次「同種・異種微生物間における化学コミュニケーションの解明とその制御・利用」野本賞（授与機関：日本微生物学連盟 ）202209

跡見晴幸、横大路裕介 「第 5 章 第3節アーキアが示す特異な代謝」微生物資源の整備と利活用の戦略（分担執筆）株式会社エヌ・ティー・エス, 202309

佐藤喬章、跡見晴幸 「3章 育種法　メタン生成菌・水素細菌・藍藻などで利用されている遺伝子操作の方法論」独立栄養微生物によるCO2資源化技術（分担執筆）シーエムシー出版, 202312

跡見 晴幸 「第 1 編 第 3 章第 1 節　超好熱菌の高温適応戦略」極限環境微生物の先端科学と社会実装最前線（分担執筆）株式会社エヌ・ティー・エス, 202312

島村繁・福山宥斗・布浦拓郎 「第6節　Orbitrap Fusion Mass Spectrometryによる安定同位体を用いたメタボロミクス」キャピラリー電気泳動法・イオンクロマトグラフィーの分析テクニック～サンプルの種類や目的に応じた最適な条件設定のコツ～（共著）(株）日本情報協会, 202312

Kato, S., Itoh, T., and Ohkuma, M. 「Nanobdella」Nanobdella, Bergey’s Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (Whitman, W., ed.)（分担執筆）John Wiley & Sons, Hoboken, 202310

Kato, S., Itoh, T., and Ohkuma, M. 「Nanobdellaceae」Nanobdellaceae, Bergey’s Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (Whitman, W., ed.)（分担執筆）John Wiley & Sons, Hoboken, 202310

Kato, S., Itoh, T., and Ohkuma, M. 「Nanobdellales」Nanobdellales, Bergey’s Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (Whitman, W., ed.)（分担執筆）John Wiley & Sons, Hoboken, 202310

Kato, S., Itoh, T., and Ohkuma, M. 「Nanobdellia」Nanobdellia, Bergey’s Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (Whitman, W., ed.)（分担執筆）John Wiley & Sons, Hoboken, 202310

Kato, S., Itoh, T., and Ohkuma, M. 「Nanobdellota phyl. nov.」Nanobdellota phyl. nov., Bergey’s Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (Whitman, W., ed.)（分担執筆）John Wiley & Sons, Hoboken, 202310

大熊盛也 「」微生物資源の整備と利活用の戦略（監修）（株）エヌ・テイー・エス, 202309

大熊盛也 「微生物資源の整備と利活用の戦略　第１章第１節　」微生物資源の確保・整備戦略（分担執筆）（株）エヌ・テイー・エス, 202309

大熊盛也 「微生物資源の整備と利活用の戦略　第２章第１節　」環境と健康の研究に資する一般微生物の整備（分担執筆）（株）エヌ・テイー・エス, 202309

伊藤　隆 「微生物資源の整備と利活用の戦略　第４章第１節　」細菌・アーキアにおける命名規約とその動向（分担執筆）（株）エヌ・テイー・エス, 202309

伊藤　隆、大熊盛也 「微生物資源の整備と利活用の戦略　第４章第11節　」国際およびアジア地域における微生物保存機関の連携（WFCC, WDCM, ACM, ANRRC）（分担執筆）（株）エヌ・テイー・エス, 202309

加藤真悟 「微生物資源の整備と利活用の戦略　第５章第２節　」アーキア・極限環境細菌のリソースの整備（分担執筆）（株）エヌ・テイー・エス, 202309

飯野隆夫 「微生物資源の整備と利活用の戦略　第５章第４節　」多様な好気性細菌リソースの寄託と整備（分担執筆）（株）エヌ・テイー・エス, 202309

坂本光央 「微生物資源の整備と利活用の戦略　第５章第８節　」腸内細菌リソースの整備（分担執筆）（株）エヌ・テイー・エス, 202309

橋本　陽 「微生物資源の整備と利活用の戦略　第５章第14節　」環境中の真菌の多様性と微生物資源の開拓（分担執筆）（株）エヌ・テイー・エス, 202309

伊藤 隆、加藤 真悟、大熊 盛也 「極限環境微生物の先端科学と社会実装最前線　第１編第１章」理研BRC-JCMにおける極限環境微生物コレクション事業への取組み（分担執筆）（株）エヌ・テイー・エス, 202312

久富 敦、大熊 盛也、坂本光央 「未培養微生物研究の最新動向　第３章」ヒトの口腔・腸内細菌叢における共培養を必要とする菌株の分離・培養技術（分担執筆）シーエムシー出版, 202304

杉本真也 「バイオフィルムの透明化イメージング技術」バイオフィルム革新的制御技術（分担執筆）株式会社エヌ・ティー・エス, 202306

成澤才彦 「菌根菌ではないけれど植物と切っても切れない関係のDSE　」「もっと菌根の世界」―知られざる根圏のパートナーシップー　（共著）築地書館, 202309

青井議輝 「第2章 難培養微生物を対象とした分離培養技術の革新」未培養微生物研究の最新動向（監修 青柳秀紀）（分担執筆）シーエムシー出版, 202304

徳納吉秀、サヴィジトーマス、豊福雅典、野村暢彦「電気化学活性構造体、電気化学エネルギー変換方法、及び電気化学活性を有する膜小胞の製造方法」（特願2023-78790）

竹下典男「糸状菌のスクリーニング方法及び糸状菌用培養条件のスクリーニング方法」（特願2023-191194）

中瀬由起子, 両角佑一, 渡辺大輔, 杉本幸子「アルコール発酵方法およびアルコール発酵促進剤」（特願2023-132508）

野尻 秀昭「環境から有用な微生物を捕る・解析する」東京都立戸山高等学校（講義）東京, 20230707

野尻 秀昭「環境汚染物質分解菌の科学　～興味深い細菌の力～」富山県立富山高等学校（講義）東京, 20230801

Hideaki Nojiri「Isolation and Characterization of Biodegradative Bacteria」チェンマイ大学理学部（公開講演）チェンマイ（タイ王国）, 20230918

野尻 秀昭「薬剤耐性菌出現の鍵であるプラスミド　～制御のためのデータベース構築の必要性～」日本経済新聞・フィナンシャルタイムズ（シンポジウム・ワークショップ ）東京, 20231018

青井議輝「探すバイオ/眠れる微生物資源を起こす」広島大学（公開講演）広島市, 20231118

五島剛太「海洋生物学最前線」愛知県立岡崎高等学校（セミナー・講義）愛知県岡崎市, 20231227

杉本真也、高谷直樹「バイオフィルムを透視する新技術で微生物のリアルな姿に迫る」⽇本科学振興協会(JAAS) （ポスター発表）秋葉原, 20231008

渡辺大輔「身近な発酵食品から学ぶバイオサイエンス～清酒酵母の謎に迫る～」公益財団法人関西文化学術研究都市推進機構（公開講演）京都府相楽郡精華町, 20230915

渡辺大輔「伝統×革新 発酵食品の未来」けいはんなR＆Dフェア実行委員会（公開講演）奈良, 20231101

渡辺大輔「フードテックパネルディスカッション」公益財団法人関西文化学術研究都市推進機構（セミナー・パネルディスカッション）京都府相楽郡精華町, 20231214

Kenji Okano「Development of the microbiota modification techniques for creating synthetic microbiota」東京大学大学生産技術研究所（セミナー）東京, 20240229

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Awards 　Books　Patents 　Outreach activities

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A０１班

Yusuke Tahara, Fumihiro Sassa, Ryo Takigawa, Yuma Kurihara “Development of a microfluidic-based taste sensor using lipid polymer membrane” Japanese Journal of Applied Physics 62, SG1014, 202302, doi: 10.35848/1347-4065/acb4fa

Clelia Duran, Shiyi Zhang, Chongyang Yang, Maria Lorena Falco, Cristiana Cravo-Laureau, Chiho Suzuki-Minakuchi, Hideaki Nojiri, Robert Duran, Fumihiro Sassa “Low-cost gel-filled microwell array device for screening marine microbial consortium” Frontiers in Microbiology 13, 1031439, 202212, doi: 10.3389/fmicb.2022.1031439

Lingpu Ge, Xiao Ye, Zeping Yu, Bin Chen, Chuanjun Liu, Hao Guo, Shiyi Zhang, Fumihiro Sassa, Kenshi Hayashi “A fully inkjet-printed disposable gas sensor matrix with molecularly imprinted gas-selective materials” npj Flexible Electronics 6, 40, 202206, doi: 10.1038/s41528-022-00168-6

Shinsuke Shigeto, Norio Takeshita “Raman Microspectroscopy and Imaging of Filamentous Fungi” Microbes and Environments 37, ME22006, 202204, doi: 10.1264/jsme2.ME22006

Nanako Kanno, Shingo Kato, Takashi Itoh, Moriya Ohkuma, Shinsuke Shigeto “Resonance Raman analysis of intracellular vitamin B12 analogs in methanogenic archaea” Analytical Science Advances 3, 165-173, 202206, doi: 10.1002/ansa.202100042

Nanako Kanno, Shingo Kato, Moriya Ohkuma, Motomu Matsui, Wataru Iwasaki, Shinsuke Shigeto “Nondestructive microbial discrimination using single-cell Raman spectra and random forest machine learning algorithm” STAR Protocols 3, 101812, 202211, doi: 10.1016/j.xpro.2022.101812

Risa Sasaki, Shogo Toda, Takaiku Sakamoto, Eiji Sakuradani, Shinsuke Shigeto “Simultaneous Imaging and Characterization of Polyunsaturated Fatty Acids, Carotenoids, and Microcrystalline Guanine in Single Aurantiochytrium limacinum Cells with Linear and Nonlinear Raman Microspectroscopy” The Journal of Physical Chemistry B 127, 2708-2718, 202303, doi: 10.1021/acs.jpcb.3c00302

Tokunou Y, Toyofuku M, Nomura N “Physiological Benefits of Oxygen-Terminating Extracellular Electron Transfer” mBio 13, e01957-22, 202212, doi: 10.1128/mbio.01957-22

Katayama Y, Toyofuku M, Kishimura A “Nanostructure Control of an Antibiotic-Based Polyion Complex Using a Series of Polycations with Different Side-Chain Modification Rates” Macromolecular Rapid Communications 43, 2200316, 202210, doi: 10.1002/marc.202200316

Chen YC, Ratchara Kalawong R, Toyofuku M, Eberl L “The role of peptidoglycan hydrolases in the formation and toxicity of Pseudomonas aeruginosa membrane vesicles” microLife 3, 1-9, 202206, doi: 10.1093/femsml/uqac009

Kikuchi Y, Toyofuku M, Ichinaka Y, Kiyokawa T, Obana N, Nomura N, Taoka A “Physical Properties and Shifting of the Extracellular Membrane Vesicles Attached to Living Bacterial Cell Surfaces” Microbiology Spectrum 21, e02165-22, 202212, doi: 10.1128/spectrum.02165-22

Toyofuku M, Kikuchi Y, Taoka A “A Single Shot of Vesicles” Microbes and Environments 37, ME22083, 202212, doi: 10.1264/jsme2.ME22083

Toyofuku M, Schild S, Kaparakis-Liaskos M, Eberl L “Composition and functions of bacterial membrane vesicles” Nature Reviews Microbiology 21, 415-430, 202303, doi: 10.1038/s41579-023-00875-5

Kunoh T, Yamamoto T, Prasad M, Ono E, Li X, Sugimoto S, Iida E, Obana N, Takeda M, Nomura N, Utada AS “Porous Pellicle Formation of a Filamentous Bacterium, Leptothrix” Applied and Environmental Microbiology 88, e0134122, 202212, doi: 10.1128/aem.01341-22

Shunsuke Tomita*, Hiroyuki Kusada* (*Co-first), Naoshi Kojima, Sayaka Ishihara, Koyomi Miyazaki, Hideyuki Tamaki, and Ryoji Kurita. “Polymer-based chemical nose systems for optical pattern recognition of gut microbiota” Chemical Science 13, 5830-5837, 202204, doi: 10.1039/D2SC00510G

Kana Morinaga*, Hiroyuki Kusada* (*Co-first), and Hideyuki Tamaki “Bile Salt Hydrolases with Extended Substrate Specificity Confer a High Level of Resistance to Bile Toxicity on Atopobiaceae Bacteria“ International Journal of Molecular Sciences 23, 10980, 202209, doi: 10.3390/ijms231810980

Tomoki Nishioka, Kana Morinaga, and Hideyuki Tamaki “Complete Genome Sequence of Flavobacterium sp. Strain GSB-24, Isolated from inside Dendrobium Roots“ Microbiology Resource Announcements 12, e01343-22, 202302, doi: 10.1128/mra.01343-22

Tomoki Nishioka and Hideyuki Tamaki “Improved Cultivation and Isolation of Diverse Endophytic Bacteria Inhabiting Dendrobium Roots by Using Simply Modified Agar Media” Microbiology Spectrum 10, e0223822, 202210, doi: 10.1128/spectrum.02238-22

Hiroyuki Kusada, Masanori Arita, Masanori Tohno, and Hideyuki Tamaki “Bile Salt Hydrolase Degrades β-Lactam Antibiotics and Confers Antibiotic Resistance on Lactobacillus paragasseri” Frontiers in Microbiology 6, 858263, 202206, doi: 10.3389/fmicb.2022.858263

Hidehiro Ishizawa, Yukiko Kaji, Yuki Shimizu, Masashi Kuroda, Daisuke Inoue, Ayaka Makino, Ryosuke Nakai, Hideyuki Tamaki, Masaaki Morikawa, and Michihiko Ike “Spontaneous Cell Lysis by Pelomonas saccharophila MRB3 Provides Plant-Available Macronutrients in Hydroponic Growth Media and Accelerates Biomass Production of Duckweed” Journal of Water and Environment Technology 21, 49-58, 202302, doi: 10.2965/jwet.22-054

Atsushi C. Suzuki, Kenta Sugiura, Megumu Tsujimoto, Ryosuke Nakai, Sandra J. McInnes, Hiroshi Kagoshima, and Satoshi Imura “A New Species of Bisexual Milnesium (Eutardigrada: Apochela) Having Aberrant Claws from Innhovde, Dronning Maud Land, East Antarctica” Zoological Science　40, 1-16, 202302, doi: 10.2108/zs220085

Ayaka Makino*, Ryosuke Nakai* (*Co-first), Yasuko Yoneda, Tadashi Toyama, Yasuhiro Tanaka, Xian-Ying Meng, Kazuhiro Mori, Michihiko Ike, Masaaki Morikawa, Yoichi Kamagata, and Hideyuki Tamaki “Isolation of Aquatic Plant Growth-Promoting Bacteria for the Floating Plant Duckweed (Lemna minor)” Microorganisms 10, 1564, 202208, doi: 10.3390/microorganisms10081564

Zichen He, Takeshi Naganuma, Ryosuke Nakai, Satoshi Imura, Megumu Tsujimoto, and Peter Convey “Microbiomic Analysis of Bacteria Associated with Rock Tripe Lichens in Continental and Maritime Antarctic Regions” Journal of Fungi 8, 817, 202208, doi: 10.3390/jof8080817

Qi Liu, Zichen He, Takeshi Naganuma, Ryosuke Nakai, Luz María Rodríguez, Rafael Carreño, and Franco Urbani “Phylotypic Diversity of Bacteria Associated with Speleothems of a Silicate Cave in a Guiana Shield Tepui” Microorganisms 10, 1395, 202207, doi: 10.3390/microorganisms10071395

Tomoki Nishioka, Kana Morinaga, and Hideyuki Tamaki “Complete Genome Sequence of Dyella sp. Strain GSA-30, a Predominant Endophytic Bacterium of Dendrobium Plants” Microbiology Resource Announcements 12, e01338-22, 202303, doi: 10.1128/mra.01338-22

Jian-qiang Jin, Takaaki Sato, Shin-ichi Hachisuka, Haruyuki Atomi “A lipoate-protein ligase Is required for de novo lipoyl-protein biosynthesis in the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis” Applied and Environmental Microbiology 88, e0064422, 202207, doi: 10.1128/aem.00644-22

Mamoru Oshiki, Yoshihiro Takaki, Miho Hirai, Takuro Nunoura, Atsushi Kamigaito, Satoshi Okabe “Metagenomic analysis of five phylogenetically distant Anammox bacterial enrichment cultures” Microbes and Environments 37, ME22017, 202207, doi: 10.1264/jsme2.ME22017

Sofia Medvedeva, Jiarui Sun, Natalya Yutin, Eugene V Koonin, Takuro Nunoura, Christian Rinke, Mart Krupovic “Three families of Asgard archaeal viruses identified in metagenome-assembled genomes “ Nature Microbiology 7, 962-973, 202207, doi: 10.1038/s41564-022-01144-6

Yukari Yoshida-Takashima, Yoshihiro Takaki, Mitsuhiro Yoshida, Yi Zhang, Takuro Nunoura, Ken Takai  “Genomic insights into phage-host interaction in the deep-sea chemolithoautotrophic Campylobacterota, Nitratiruptor” ISME Communications 2, 108, 202211, doi: 10.1038/s43705-022-00194-5

Takaaki Sato, Sanae Hodo Utashima, Yuta Yoshii, Kosuke Hirata, Shuichiro Kanda, Yushi Onoda, Jian-Qiang Jin, Suyi Xiao, Ryoko Minami, Hikaru Fukushima, Ayako Noguchi, Yoshiyuki Manabe, Koichi Fukase, Haruyuki Atomi “A non-carboxylating pentose bisphosphate pathway in halophilic archaea “ Communications Biology 5, 1290, 202211, doi: 10.1038/s42003-022-04247-2

Ángela Ares, Sanae Sakai, Toshio Sasaki, Shigeru Shimamura, Satoshi Mitarai, Takuro Nunoura “Sequestration and efflux largely account for cadmium and copper resistance in the deep-sea Nitratiruptor sp. SB155-2 (phylum Campylobacterota)” Environmental Microbiology 24, 6144-6163, 202212, doi: 10.1111/1462-2920.16255

Yu Su, Yuta Michimori, Haruyuki Atomi “Biochemical and genetic examination of two aminotransferases from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis” Frontiers in Microbiology 14, 1126218, 202302, doi: 10.3389/fmicb.2023.1126218

Yuto Chiba, Akinori Yabuki, Yoshihiro Takaki, Takuro Nunoura, Syun-ichi Urayama, Daisuke Hagiwara “The first identification of a Narnavirus in Bigyra, a marine protist” Microbes and Environments 38, ME22077, 202303, doi: 10.1264/jsme2.ME22077

Kohtaro Hirao, Immacolata Speciale, Anna Notaro, Yoshiyuki Manabe, Yoshiaki Teramoto, Takaaki Sato, Haruyuki Atomi, Antonio Molinaro, Yoshihiro Ueda, Cristina De Castro, Koichi Fukase “Structural determination and chemical synthesis of the N-glycan from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis” Angewandte Chemie International Edition 62, e202218655, 202303, doi: 10.1002/anie.202218655

Takeaki Tezuka, Shumpei Nitta, Yasuo Ohnishi “Involvement of BldC in the Formation of Physiologically Mature Sporangium in Actinoplanes missouriensis” Journal of Bacteriology 204,  e00189-22, 202208, doi: 10.1128/jb.00189-22

Seiji Kawai, Ryota Hagihara, Kazuo Shin-ya, Yohei Katsuyama, Yasuo Ohnishi “Bacterial Avenalumic Acid Biosynthesis Includes Substitution of an Aromatic Amino Group for Hydride by Nitrous Acid Dependent Diazotization” Angewandte Chemie International Edition 61,  e202211728, 202209, doi: 10.1002/anie.202211728

Chananan Ngamcharungchit, Hiroki Kanto, Akira Také , Bungonsiri Intra, Atsuko Matsumoto, Watanalai Panbangred , Yuki Inahashi “Amycolatopsis iheyensis sp. nov., a new species of the genus Amycolatopsis isolated from soil on Iheya island, Japan” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 73, , 202303, doi: 10.1099/ijsem.0.005757

Yuki Yamada​, Yuki Inahashi, Yuki Goda​, Akira Také, Atsuko Matsumoto “Rhizohabitans arisaemae gen. nov., sp. nov., a novel actinomycete of the family Streptosporangiaceae” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 73, , 202303, doi: 10.1099/ijsem.0.005803

 

A02班

Hayakawa M, Tokuda M, Kaneko K, Nakamichi K, Yamamoto Y, Kamijo T, Umeki H, Chiba R, Yamada R, Mori M, Yanagiya K, Moriuchi R, Yuki M, Dohra H, Futamata H, Ohkuma M, Kimbara K, Shintani M “Hitherto-unnoticed self-transmissible plasmids widely distributed among different environments in Japan” Applied and Environmental Microbiology 80, e011422, 202209, doi: 10.1128/aem.01114-22

Obi N, Moriuchi R, Dohra H, Kimbara K, Shintani M, Yoshida N “Complete genome sequence of Rhodococcus qingshengii N9T-4” Microbiology Resource Announcements 11, e0089122, 202212, doi: 10.1128/mra.00891-22

Shintani M, Suzuki H, Nojiri H, Suzuki M “Reconsideration of the previously classified incompatibility groups of plasmids, IncP-1 and IncP-11” Environmental Microbiology 25, 1071-1076, 202302, doi: 10.1111/1462-2920.16345

Yang C, Han N, Inoue C, Yang YL, Nojiri H, Ho YN, Chien MF “Rhizospheric plant-microbe synergistic interactions achieve efficient arsenic phytoextraction by Pteris vittata” Journal of Hazardous Materials 434, 128870, 202207, doi: 10.1016/j.jhazmat.2022.128870

Naloka K, Jaroonrunganan J, Woratecha N, Khondee N, Nojiri H, Pinyakong O. “Physiological changes in Rhodococcus ruber S103 immobilized on biobooms using low-cost media enhance stress tolerance and crude oil-degrading activity” Scientific Reports 12, 10474, 202206, doi: 10.1038/s41598-022-14488-0

Itani A, Masuo S, Yamamoto R, Serizawa T, Fukasawa Y, Takaya N, Toyota M, Betsuyaku S, Takeshita N. “Local calcium signal transmission in mycelial network exhibits decentralized stress responses” PNAS nexus 2, 1-10, 202303, doi: 10.1093/pnasnexus/pgad012

Gupta A, Badum R, Takamori N, Minakawa H, Masuo S, Takaya N, Matsumi N. “Microbial pyrazine diamine is a novel electrolyte additive that shields high-voltage LiNi1/3Co1/3Mn1/3O2 cathodes” Scientific Reports 12, 19888, 202211, doi: 10.1038/s41598-022-22018-1

Minakawa H, Masuo S, Takada K, Kumakura T, Katsuki N, Kaneko T, Takaya N. “Fermentative production of 2-(4-aminophenyl)ethylamine to synthesize a novel heat-resistant biopolyurea” Bioscience, Biotechnology and Biochemistry 86, 1114-1121, 202208, doi: 10.1093/bbb/zbac077

You Y, Doi Y, Maeda N, Masuo S, Takeshita N, Takaya N. “Carboxypeptidase G and pterin deaminase metabolic pathways degrade folic acid in Variovorax sp. F1” BMC Microbiology 22, 225, 202209, doi: 10.1186/s12866-022-02643-6

Takao K Suzuki, Motomu Matsui, Sira Sriswasdi, and Wataru Iwasaki “Lifestyle Evolution Analysis by Binary-State Speciation and Extinction (BiSSE) Model” Methods in Molecular Biology 2569, 327-342, 202209, doi: 10.1007/978-1-0716-2691-7_16

Sakamoto, M., Ikeyama, N., Iino, T., and Ohkuma, M “Growth of succinate consumer Dialister hominis is supported by Bacteroides thetaiotaomicron” Anaerobe 77, 102642, 202210, doi: 10.1016/j.anaerobe.2022.102642

Muramatsu, S., Hirose, S., Iino, T., Ohkuma, M., Hanada, S., and Haruta, S “Neotabrizicola shimadae gen. nov., sp. nov., an aerobic anoxygenic phototrophic bacterium harbouring photosynthetic genes in the family Rhodobacteraceae, isolated from a terrestrial hot spring” Antonie van Leeuwenhoek 115, 731-740, 202206, doi: 10.1007/s10482-022-01728-6

Kato, S., Masuda, S., Shibata, A., Shirasu, K., and Ohkuma, M “Insights into ecological roles of uncultivated bacteria in Katase hot spring sediment from long-read metagenomics” Frontiers in Microbiology 13, 1045931, 202211, doi: 10.3389/fmicb.2022.1045931

Kato, S., Itoh, T., Iino, T., and Ohkuma, M “Sideroxyarcus emersonii gen. nov. sp. nov., a neutrophilic, microaerobic iron- and thiosulfate-oxidizing bacterium isolated from iron-rich wetland sediment” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 72, 5347, 202204, doi: 10.1099/ijsem.0.005347

Sakamoto, M., Sakurai, N., Tanno, H., Iino, T., Ohkuma, M., and Endo, A “Genome-based, phenotypic and chemotaxonomic classification of Faecalibacterium strains: proposal of three novel species Faecalibacterium duncaniae sp. nov., Faecalibacterium hattorii sp. nov. and Faecalibacterium gallinarum sp. nov.” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 72, 5379, 202204, doi: 10.1099/ijsem.0.005379

Kato, S., Ogasawara, A., Itoh, T., Sakai, H., Shimizu, M., Yuki, M., Kaneko, M., Takashina, T., and Ohkuma, M. “Nanobdella aerobiophila gen. nov., sp. nov., a thermoacidophilic, obligate ectosymbiotic archaeon, and proposal of Nanobdellaceae fam. nov., Nanobdellales ord. nov. and Nanobdellia class. nov” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 72, 5489, 202208, doi: 10.1099/ijsem.0.005489

Tohno, M., Tanizawa, Y., Sawada, H., Sakamoto, M., Ohkuma, M., and Kobayashi, H. “A novel species of lactic acid bacteria, Ligilactobacillus pabuli sp. nov., isolated from alfalfa silage” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 72, 5587, 202210, doi: 10.1099/ijsem.0.005587

Hamana, K., Hayashi, H., Furuchi, T., Niitsu, M., Sakamoto, M., Itoh, T., and Ohkuma, M. “Additional cellular polyamine data in the twenty bacterial phyla, Acidobacteria, Armatimonadetes, Atribacterota, Balneolaeota, Chlorobi, Chloroflexi, Chrysiogenetes, Deferribacteres, Elusimicrobia, Fusobacteria, Gemmatimonadetes, Ignavibacteriae, Kiritimatiellaeota, Lentisphaerae, Nitrospirae, Planctomycetes, Rhodothermaeota, Spirochaetes, Synergistetes, and Verrucomicrobia” Microbial Resources and Systematics 38, 17-30, 202206, doi:

Kinjo, Y., Bourguignon, T., Hongoh, Y., Lo, N., Tokuda, G., and Ohkuma, M.  “Coevolution of metabolic pathways in blattodea and their Blattabacterium endosymbionts, and comparisons with other insect-bacteria symbioses” Microbiology Spectrum 10, 02779-22, 202210, doi: 10.1128/spectrum.02779-22

Aoki, H., Yuki, M., Shimizu, M., Hongoh, Y., Ohkuma, M., and Yamagata, Y. “Agarose gel microcapsules enable easy-to-prepare, picolitre-scale, single-cell genomics, yielding high-coverage genome sequences” Scientific Reports 12, 17014-17026, 202210, doi: 10.1038/s41598-022-20923-z

Namwonga, S., Pandeya, S., Yuki, M., Kudo, T., Ohkuma, M., and Tanasupawatc, S. “Characterization, genome annotation, and antibacterial properties of Actinopolyspora saharensis BKK2” ScienceAsia 48, 635-641, 202207, doi: 10.2306/scienceasia1513-1874.2022.087

Yamada M, Endoh R, Masumoto H, Yoshihashi Y, Ohkuma M, Degawa Y “Taxonomic study of polymorphic basidiomycetous fungi Sirobasidium and Sirotrema: Sirobasidium apiculatum sp. nov., Phaeotremella translucens comb. nov. and rediscovery of Sirobasidium japonicum in Japan” Antonie van Leeuwenhoek 115, 1421-1436, 202212, doi: 10.1007/s10482-022-01787-9

Hamana K, Hayashi H, Furuchi T, Niitsu M, Itoh T, Sakamoto M, Ohkuma M. “Additional polyamine analysis of newly validated archaeal halophiles, methanogens, thermophiles, acidothermophiles, and mesophilic ammonia-oxidizers for a chemotaxonomy in the phyla Euryarchaeota, Crenarchaeota, and Thaumarchaeota. -Polyamine catalogues of bacterial and archaeal extremophiles- (XI)” Journal of Japanese Society for Extremophiles 21, 24-38, 202209, doi:

Hamana K, Hayashi H, Furuchi T, Uemura T, Niitsu M, Itoh T, Sakamoto M, Ohkuma M. “Polyamine analysis of acidophiles, alkaliphiles, halophiles and thermophiles belonging to the bacterial phyla Actinobacteria, Aquificae, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Desulfobacterota, Firmicutes, Tenericutes, and Thermotogae. -Polyamine catalogues of bacterial and archaeal extremophiles- (Ⅻ)” Journal of Japanese Society for Extremophiles 21, , 202209, doi:

Kato S, Itoh T, Wu L, Ma J, Ohkuma M. “Complete Genome Sequence of Vulcanisaeta souniana Strain IC-059, a Hyperthermophilic Archaeon Isolated from Hot Spring Water in Japan” Microbiology Resource Announcements 12, e01080-22, 202301, doi: 10.1128/mra.01080-22

 

公募班

Dawoon Jung, Koshi Machida, Yoichi Nakao, Jeffrey S. Owen, Shan He, Tomonori Kindaichi, Akiyoshi Ohashi, Yoshiteru Aoi “Cultivation of previously uncultured sponge-associated bacteria using advanced cultivation techniques: A perspective on possible key mechanisms” Frontiers in Marine Science 9, 1-13, 202008, doi: 10.3389/fmars.2022.963277

Kozgunova E, Yoshida MW, Reski R, Goshima G. “Spindle motility skews division site determination during asymmetric cell division in Physcomitrella” Nature communications 13, 2488-2488, 202205, doi: 10.1038/s41467-022-30239-1

Ta KN, Yoshida MW, Tezuka T, Shimizu-Sato S, Nosaka-Takahashi M, Toyoda A, Suzuki T, Goshima G, Sato Y. “Control of plant cell growth and proliferation by MO25A, a conserved major component of the Mammalian Sterile20-like kinase pathway” Plant and Cell Physiology 64, 336-351, 202303, doi: 10.1093/pcp/pcad005

Kurita G, Goshima G, Uesaka K. “Draft Genome Sequences of Two Dothideomycetes strains, NU30 and NU200, Derived from the Marine Environment around Sugashima, Japan” Microbiology Resource Announcements 12, e01217-22, 202305, doi: 10.1128/mra.01217-22

Yoshida MW, Hakozaki M, Goshima G. “Armadillo repeat-containing kinesin represents the versatile plus-end-directed transporter in Physcomitrella” Nature Plants 9, 733-748, 202305, doi: 10.1038/s41477-023-01397-x

Yi P, Goshima G. “Division site determination during asymmetric cell division in plants” Plant Cell 34, 2120-2139, 202206, doi: 10.1093/plcell/koac069

Shinya Sugimoto, Yuki Kinjo “Instantaneous Clearing of Biofilm (iCBiofilm): an optical approach to revisit bacterial and fungal biofilm imaging” Communications Biology 6, 38, 202301, doi: 10.1038/s42003-022-04396-4

Tatsuki Kunoh, Tatsuya Yamamoto, Erika Ono, Shinya Sugimoto, Minoru Takeda, Nobuhiko Nomura “Identification of lthB, a gene encoding a putative glycosyltransferase family 8 protein required for Leptothrix sheath formation” Applied and Environmental Microbiology 89, e0191922, 202303, doi: 10.1128/aem.01919-22

Takahashi K, Li X, Kunoh T, Nagasawa R, Takeshita N, Utada AS. “Novel Insights into Microbial Behavior Gleaned Using Microfluidics” Microbes and Environments 37, ME22089, , doi: 10.1264/jsme2.ME22089

Kubori T, Lee J, Kim H, Yamazaki K, Nishikawa M, Kitao T, Oh BH, Nagai H. “Reversible modification of mitochondrial ADP/ATP translocases by paired Legionella effector proteins” Proc Natl Acad Sci U S A. 119, e2122872119, 202206, doi: 10.1073/pnas.2122872119

Mitsunaka S, Yamazaki K, Pramono AK, Ikeuchi M, Kitao T, Ohara N, Kubori T, Nagai H, Ando H. “Synthetic engineering and biological containment of bacteriophages” Proc Natl Acad Sci U S A. 119, e2206739119, 202211, doi: 10.1073/pnas.2206739119

Warren GD, Kitao T, Franklin TG, Nguyen JV, Geurink PP, Kubori T, Nagai H, Pruneda JN “Mechanism of Lys6 poly-ubiquitin specificity by the L. pneumophila deubiquitinase LotA” Molecular Cell 83, P105-120.E5, 202301, doi: 10.1016/j.molcel.2022.11.022

Pruneda JN, Nguyen JV, Nagai H, Kubori T “Bacterial usurpation of the OTU deubiquitinase fold” FEBS Journal , , 202301, doi: 10.1111/febs.16725

Yusuke Takashima, Mai Suyama, Kohei Yamamoto, Tomohiko Ri, Kazuhiko Narisawa, Yousuke Degawa. “Revisiting the isolation source after the first discovery: Myconymphaea yatsukahoi on excrements of Lithobiomorpha (Chilopoda)” Mycoscience 63, 176-180, 202207, doi: 10.47371/mycosci.2022.04.003

Takashi Hirasawa and Tomoya Maeda “Adaptive Laboratory Evolution of Microorganisms: Methodology and Application for Bioproduction“ Microorganisms 11, 92, 202212, doi: 10.3390/microorganisms11010092

Junichiro Iwasawa, Tomoya Maeda, Atsushi Shibai, Hazuki Kotani, Masako Kawada, Chikara Furusawa “Analysis of the evolution of resistance to multiple antibiotics enables prediction of the Escherichia coli phenotype-based fitness landscape“ PLoS Biology 20, 1-19, 202212, doi: 10.1371/journal.pbio.3001920

Angela Kranz, Tino Polen, Christian Kotulla, Annette Arndt, Graziella Bosco, Michael Bussmann, Ava Chattopadhyay, Annette Cramer, Cedric-Farhad Davoudi, Ursula Degner, Ramon Diesveld, Raphael Freiherr von Boeselager, Kim Gärtner, Cornelia Gätgens, Tobias Georgi, Christian Geraths, Sabine Haas, Antonia Heyer, Max Hünnefeld, Takeru Ishige, Armin Kabus, Nicolai Kallscheuer, Larissa Kever, Simon Klaffl, Britta Kleine, Martina Kočan, Abigail Koch-Koerfges, Kim J Kraxner, Andreas Krug, Aileen Krüger, Andreas Küberl, Mohamed Labib, Christian Lange, Christina Mack, Tomoya Maeda, Regina Mahr, Stephan Majda, Andrea Michel, Xenia Morosov, Olga Müller, Arun M Nanda, Jens Nickel, Jennifer Pahlke, Eugen Pfeifer, Laura Platzen, Paul Ramp, Doris Rittmann, Steffen Schaffer, Sandra Scheele, Stephanie Spelberg, Julia Schulte, Jens-Eric Schweitzer, Georg Sindelar, Ulrike Sorger-Herrmann, Markus Spelberg, Corinna Stansen, Apilaasha Tharmasothirajan, Jan van Ooyen, Philana van Summeren-Wesenhagen, Michael Vogt, Sabrina Witthoff, Lingfeng Zhu, Bernhard J Eikmanns, Marco Oldiges, Georg Schaumann, Meike Baumgart, Melanie Brocker, Lothar Eggeling, Roland Freudl, Julia Frunzke, Jan Marienhagen, Volker F Wendisch, Michael Bott “A manually curated compendium of expression profiles for the microbial cell factory Corynebacterium glutamicum“ Scientific Data 9, 594, 202210, doi: 10.1038/s41597-022-01706-7

Urayama, Syun-Ichi; Takaki, Yoshihiro; Chiba, Yuto; Zhao, Yanjie; Kuroki, Misa; Hagiwara, Daisuke; Nunoura, Takuro “Eukaryotic Microbial RNA Viruses-Acute or Persistent? Insights into Their Function in the Aquatic Ecosystem” Microbes and Environments 37, ME22034, 202204, doi: 10.1264/jsme2.ME22034

Nao Matsukawa, Chiaki Tsumori, Kouhei Ohnishi, Kenji Kai “Discovery of Cyclic Lipopeptides Ralstopeptins A and B from Ralstonia solanacearum Species Complex and Analysis of Biosynthetic Gene Evolution” ACS Chemical Biology 18, 572-582, 202303, doi: 10.1021/acschembio.2c00907

Tsukasa Fukunaga, Wataru Iwasaki “Mirage 2.0: fast and memory-efficient reconstruction of gene-content evolution considering heterogeneous evolutionary patterns among gene families” Bioinformatics 38, 4039-4041, 202208, doi: 10.1093/bioinformatics/btac433

Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada “LinAliFold and CentroidLinAliFold: fast RNA consensus secondary structure prediction for aligned sequences using beam search methods” Bioinformatics Advances 2, vbac078, 202210, doi: 10.1093/bioadv/vbac078

Euki Yazaki, Akinori Yabuki, Yuki Nishimura, Takashi Shiratori, Tetsuo Hashimoto, Yuji Inagaki “Microheliella maris possesses the most gene-rich mitochondrial genome in Diaphoretickes” Frontiers in Ecology and Evolution 10, , 202211, doi: 10.3389/fevo.2022.1030570

Kazumori Mise, Wataru Iwasaki “Unexpected absence of ribosomal protein genes from metagenome-assembled genomes” ISME Communications 2, 118, 202211, doi: 10.1038/s43705-022-00204-6

Yoko Masuda*, Kazumori Mise*, Zhenxing Xu, Zhengcheng Zhang, Yutaka Shiratori, Keishi Senoo, and Hideomi Itoh (*: co-first authorship) “Global soil metagenomics reveals ubiquitous yet previously-hidden predominance of Deltaproteobacteria in nitrogen-fixing microbiome” bioRxiv , , 202212, doi: 10.1101/2022.12.09.519847

Invited Talks

A01班

Shinsuke Shigeto, Machine learning-assisted Raman microspectroscopy for microbial discrimination, 2022年度日本分光学会年次講演会「日台国際シンポジウム」 （日本分光学会) 20221012, 東京

中井亮佑、仁木宏典, マリモの大型化に関与する微生物群集, マリモ研究会 （国立遺伝学研究所) 20230222, 三島

中井亮佑, 南極バクテリアの生態学, 南極生態学 特別講義 （慶應義塾大学) 20220701, オンライン

玉木秀幸, Cultivation Renaissance: 未知の微生物を培養して新たな生命機能を探る, 「化学・素材・燃料分科会」第13回会合講演会 （先端バイオ工学推進機構) 20220410, オンライン

玉木秀幸, 未知の微生物を培養して新たな生物機能を探る -未利用微生物遺伝子資源開拓と利活用に向けて-, 第74回日本生物工学会大会 （日本生物工学会) 20221020, オンライン

玉木秀幸, 未知の微生物を培養して新たな生物機能を探る-未利用微生物遺伝子資源のバイオ産業への利活用-, 環境・エネルギー産業ビジネスセミナー ～バイオの力で世界を変える！微生物活用で始める新規事業～ （九州経済産業局) 20230117, 博多

跡見晴幸, 超好熱性アーキアの特異な代謝 , 日本化学会近畿支部 北陸地区講演会 （日本化学会近畿支部) 20221111, 富山大学

手塚 武揚, 希少放線菌の形態分化に関する分子遺伝学的研究, 日本農芸化学会2023年度 （日本農芸化学会) , オンライン、広島

A02班

松井求, 未培養微生物研究におけるバイオインフォマティクスの役割, 日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会第五回講演会 （日本生物工学会) 20220307, オンライン

松井求、岩崎渉, 機能インフォマティクスが解き明かすポストコッホ生態系, 新学術領域「ポストコッホ生態」第4回領域会議 （新学術領域「ポストコッホ生態」) 20220525, 東京大学弥生キャンパス

松井求, 系統樹推定の常識を問い直す, 国立遺伝学研究所研究集会 （国立遺伝学研究所) 20220803, 国立遺伝学研究所

松井求, ポストコッホ機能生態学が目指すもの, ポストコッホ生態研究集会 （長崎大学) 20220828, 長崎大学

大熊盛也, JCMにおける一般微生物のリソース整備, 第96回日本細菌学会総会 （日本細菌学会) 20230317, 姫路

大熊盛也, 微生物資源と系統分類学のこれから, 新たな時代を拓く微生物分類学：現状と展望（駒形和男先生追悼公開シンポジウム） （日本微生物資源学会) 20230306, 東京

公募班

青井議輝, 受賞講演：分離培養手法の革新・難培養性微生物の可培養化・多くの微生物が培養できない理由の解明を目指して, 日本微生物生態学会第35回大会 （日本微生物生態学会) 20221103, 札幌

青井議輝, 難培養性微生物とは何か？分離培養手法の革新とその可能性, 第68回トキシンシンポジウム （毒素シンポジウム) 20220905, 広島（オンライン）

五島剛太, 細胞分裂の宝探し, 細胞分裂研究会 （国立遺伝学研究所) 20220728, 三島

Gohta Goshima, Convention and novelty – studying typical cellular processes in atypical cell models, 第45回日本分子生物学会年会　シンポジウム「Cell Biology across Boundaries」 （日本分子生物学会) 20221130, 千葉

杉本真也、金城雄樹, バイオフィルムの透明化ライブセルイメージングを可能にするiCBiofilm法の開発と応用, 第96回日本細菌学会総会 （日本細菌学会) 20230317, 姫路

佐藤主税、佐藤真理、納谷昌実、佐藤啓子、杉本真也, 腸内細菌と細菌培養系の親水環境での観察：クライオ電顕と水中観察電顕., 第96回日本細菌学会総会 （日本細菌学会) 20230317, 姫路

竹下典男, 真菌と細菌の空間的・代謝的相互作用, 第96回日本細菌学会総会 （日本細菌学会) 20230317, 姫路

前田智也, 大腸菌におけるエネルギーおよび酸化還元レベルと表現型の関係, 日本遺伝学会第94回大会 （日本遺伝学会) 20220914, 札幌

前田智也、古澤　力, Laboratory evolution of bacterial multispecies community for antibiotic resistance, 第45回日本分子生物学会年会 （日本分子生物学会) 20221130, 幕張

渡辺大輔, 微生物間相互作用の観点から再考するアルコール発酵の意義, 日本農芸化学会 2023年度大会 （日本農芸化学会) 20230315, オンライン

岡野憲司, オンデマンド菌叢作出に向けた菌叢改変技術の開発, 大隅基礎科学創成財団 微生物機能コンソーシアム 定例会 （大隅基礎科学創成財団) 20220613, オンライン

岡野憲司, オンデマンド菌叢作出に向けた菌叢改変技術の開発, 第6回SPIRITS生物-無機-有機融合化学セミナー （京都大学・佐藤喬章) 20230202, 名古屋

甲斐建次, 植物と真菌の両方に寄生する青枯病菌の感染戦略  , 第22回農薬バイオサイエンス研究会 （日本農薬学会) 20221122, 京都大学農学部

甲斐建次, 糸状菌にも寄生する植物病原細菌  , 第21回糸状菌分子生物学コンファレンス （糸状菌分子生物学研究会) 20221124, Zoomオンライン

木賀大介, 遺伝子組換え技術、合成生物学的手法、ゲノム合成のリスク・ベネフィット感と 社会受容, 第96回日本細菌学会総会 （日本細菌学会) 20230317, 兵庫

西村祐貴, ファージ防衛機構を欠く細菌の代替戦略を対偶遺伝学で探る, 2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2022） （日本バイオインフォマティクス学会) 20220913, 大阪

西村祐貴, 網羅的な遺伝⼦⽔平伝播の検出によるCPR/DPANN宿主予測の試み, 日本微生物生態学会第35回大会 （日本微生物生態学会) , 北海道

 

International meetings

A01班

Shiyi Zhang, Kenshi Hayashi, Joseph Wang, Fumihiro Sassa, Fabrication of Biosensing Film Robot Based on Kinetic Electronics, 7th Advances in Functional Materials Conference (American Association for Advances in Functional Materials LLC,BK21 Four HRD Physics Division, Sungkyunkwan University, Korea) 20230110-12, Fukuoka,Japan

Takumi Takesue, Fumihiro Sassa, Kenshi Hayashi, Self-healing chemiresistor gas sensor component with healing agent supply mechanism, 7th Advances in Functional Materials Conference (American Association for Advances in Functional Materials LLC,BK21 Four HRD Physics Division, Sungkyunkwan University, Korea) 20230110-12, Fukuoka,Japan

lin chen, Takuya Matsuo, Fumihiro Sassa, Kenshi Hayashi, Gas visualization by SERS substrate fabricated by a simple sputtering method, 7th Advances in Functional Materials Conference (American Association for Advances in Functional Materials LLC,BK21 Four HRD Physics Division, Sungkyunkwan University, Korea) 20230110-12, Fukuoka,Japan

Hao Guo, Fumihiro Sassa, Kenshi Hayashi, Plasmonic Library Based on Substrate-Supported Au@Ag Core-shell Nanoparticles, 7th Advances in Functional Materials Conference (American Association for Advances in Functional Materials LLC,BK21 Four HRD Physics Division, Sungkyunkwan University, Korea) 20230110-12, Fukuoka,Japan

Fukuda R, Obana N, Nomura N, Temperature dependent regulation of myo-inositol operon in Clostridium perfringens biofilms, 2022 ASM Conference on Biofilms () 20221100,

伊藤碧美、山本千佳、永沢亮、尾花望、野村暢彦、豊福雅典, Membrane vesicle formation is triggered by cell death via quorum sensing in Streptococcus mutans., 18th International Symposium on Microbial Ecology () 20220800,

Hidehiro Ishizawa, Yukiko Kaji, Yuki Shimizu, Masashi Kuroda, Daisuke Inoue, Ayaka Makino, Ryosuke Nakai, Hideyuki Tamaki, Masaaki Morikawa, and Michihiko Ike,  Spontaneous Cell Lysis by Pelomonas saccharophila MRB3 Provides Plant-Available Macronutrients in Hydroponic Growth Media and Accelerates Biomass Production of Duckweed, The Water and Environment Technology Conference Online 2022 (WET2022) (水環境学会) 20220709, オンライン

Zichen He, Takeshi Naganuma, Ryosuke Nakai, Satoshi Imura, Megumu Tsujimoto, and Peter Convey, Bacterial microbiota associated with Umbilicaria spp. lichens in continental and maritime Antarctic, Arctic and Alpine regions, The 13th Symposium on Polar Science (国立極地研究所) 20221116, オンライン

Haruyuki Atomi, What the archaeal genomes tell us, ESAB Webinar on Biocatalytic Total Synthesis  (European Society of Applied Biocatalysis) 20220527, Online

Haruyuki Atomi, Metabolism related to archaeal Rubiscos, EMBO workshop: Molecular Biology of Archaea 7 (EMBO, University of Frankfurt) 20220801, Frankfurt, Germany

Haruyuki Atomi, Metabolic roles of Rubiscos in Thermococcales, The 7th DSM 2022 International Workshop on Deep-Sea Microbiology (Community for Deep-sea Microbiology) 20220915, Brest, France/Hybrid

Haruyuki Atomi, Yuta Michimori, Takaaki Sato, The pentose bisphosphate pathway and related enzymes and pathways in archaea, 13th International congress on Extremophiles (The International Society for Extremophiles) 20220918, Loutraki, Greece

Rengwei Liu, Yasuyuki Yamamoto, Tsuyoshi Kaneseki, Tamotsu Kanai, Haruyuki Atomi, Transcriptional regulation of aromatic amino acid biosynthesis operons in the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis, 13th International congress on Extremophiles (The International Society for Extremophiles) 20220919, Loutraki, Greece

Yu Watanabe, Hiroki Miyamoto, Tamotsu Kanai, Haruyuki Atomi, Identification of a potential second chitin assimilation pathway in the hyperthermophilic archaeon, Pyrococcus chitonophagus, 13th International congress on Extremophiles (The International Society for Extremophiles) 20220919, Loutraki, Greece

Jian-qiang Jin, Takaaki Sato, Shin-ichi Hachisuka, Tsuyoshi Fujiwara, Haruyuki Atomi, Identification of enzymes involved in lipoyl-protein biosynthesis in the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis, 13th International congress on Extremophiles (The International Society for Extremophiles) 20220921, Loutraki, Greece

Takaaki Sato, Sanae (Hodo) Utashima, Yuta Yoshii, Kosuke Hirata, Shuichiro Kanda, Yushi Onoda, Jian-qiang Jin, Suyi Xiao, Ryoko Minami, Hikaru Fukushima, Ayako Noguchi, Yoshiyuki Manabe, Koichi Fukase, Haruyuki Atomi, Identification of a previously unrecognized nucleoside degradation pathway in haloarchaea , 13th International congress on Extremophiles (The International Society for Extremophiles) 20220921, Loutraki, Greece

Yuta Michimori, Rikihisa Izaki, Yuya Miwa, Sotaro Hamakita, Takahiro Shimosaka, Yuki Makino, Ryo Takeno, Takaaki Sato, Haruki Beppu, Isaac Cann, Tamotsu Kanai, Haruyuki Atomi, An archaeal phosphoglycolate salvage pathway, 13th International congress on Extremophiles (The International Society for Extremophiles) 20220921, Loutraki, Greece

Yu Su, Yuta Michimori, Haruyuki Atomi, Analysis of two aminotransferases from Thermococcus kodakarensis KOD1, 13th International congress on Extremophiles (The International Society for Extremophiles) 20220921, Loutraki, Greece

Jian-qiang Jin, Shin-ichi Hachisuka, Tsuyoshi Fujiwara, Takaaki Sato, Haruyuki Atomi, Lipoyl-protein biosynthesis in the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis , Active Enzyme Molecule 2022 (日本酵素工学研究会) 20221001, 富山

Haruyuki Atomi, Identification of new enzymes and pathways in hyperthermophilic archaea, 4th Sino-Japan Symposium on Biocatalysis and Biotransformation (Zheijiang University) 20221126, オンライン

Haruyuki Atomi, The unique metabolism of hyperthermophilic Archaea〜strategies for new enzyme discovery , 1st International Conference on Bioengineering Technology Innovation (Zheijiang University of Technology) 20221127, オンライン

Yohei Katsuyama, Biosynthesis of diazo group-containing secondary metabolites from actinobacteria, 19th International symposium on the Biology of Actinomycetes () 20220620, Toronto, Canada

Takeaki Tezuka, Kyota Mitsuyama, Risa Yasuda, Ying Liu, Yasuo Ohnishi, Activation of dormant sporangiospores is controlled by a sigma/anti-sigma factor pair via a novel regulatory mechanism of protein-protein interactions in Actinoplanes missouriensis, 19th International symposium on the Biology of Actinomycetes () 20220621, Toronto, Canada

Seiji Kawai, Kazuo Shin-ya, Yohei Katsuyama, Yasuo Ohnishi, Nitrous acid-dependent deamination via diazotization in the biosynthesis of avenalumic acid in Streptomyces sp. RI-77, 19th International symposium on the Biology of Actinomycetes () 20220621, Toronto, Canada

Yasuo Ohnishi, Molecular mechanisms underlying morphological development in the rare actinomycete Actinoplanes missouriensis, 19th International symposium on the Biology of Actinomycetes () 20220622, Toronto, Canada

Yuta Awano, Hiroki Kantō, Ryoya Ishii, Akira Také, Yuta Kikuchi, Aoi Kimishima, Hayama Tsutsumi, Masato Iwatsuki, Yukihiro Asami, Yuki Inahashi, Selective isolation of rare actinomycetes using agar medium containing lysozyme and search for novel bioactive compounds, 4th International Conference on Natural Product Discovery and Development in the Genomic Era (Society for Industrial Microbiology and Biotechnology) 20230109, San Diego

A02班

Masaki Shintani, Hitherto-unnoticed self-transmissible plasmids widely distributed among different environments, 18th International Symposium on Microbial Ecology (International Society of Microbial Ecology) 20220814, Lausanne, Switzerland

Honoka Umeki, Maho Tokuda, Masahiro Yuki, Moriya Ohkuma, Kazuhide Kimbara, and Masaki Shintani, The features of the novel IncP-1-related plasmids are different from those of the well-studied IncP-1 plasmids, International Symposium on Plasmid Biology 2022 (International Society for Plasmid Biology) 20220918-23, Toulouse, France

Kosuke Kuno, Isana Nogami, Kazuhide Kimbara, Hiroyuki Futamata, Masaki Shintani, Oxygen increases the occurrence frequency of transconjugants of IncP-1 plasmid, International Symposium on Plasmid Biology 2022 (International Society for Plasmid Biology) 20220918-23, Toulouse, France

Maho Tokuda, Haruo Suzuki, Masahiro Yuki, Moriya Ohkuma, Kazuhide Kimbara, Masaki Shintani, Host ranges of plasmid could be predicted using genomic signature, International Symposium on Plasmid Biology 2022 (International Society for Plasmid Biology) 20220918-23, Toulouse, France

Masaki Shintani, Incompatibility groups of Pseudomonas plasmids revisited: comprehensive analysis of R factors belonging to IncP-1 to P-13, International Symposium on Plasmid Biology 2022 (International Society for Plasmid Biology) 20220918-23, Toulouse, France

Ifat Ara, Ryota Moriuchi, Hideo Dohra, Kazuhide Kimbara, Naoto Ogawa, Masaki Shintani., Molecular characterization of 3-chlorobenzoic acid (3-CBA) degradation by different bacteria isolated from soils, 9th International Symposium toward the Future of Advanced Researches in Shizuoka University (ISFAR-SU2023) (静岡大学) 20230301, オンライン

Hideaki Nojiri, New technologies to find and analyze the microbial interactions among the environmental bacteria, Thailand-Japan Collaboration Symposium: Environmental Microbial Technology for Sustainable Development (Chulalongkorn University) 20220726, Bangkok, Thailand

Chiho Suzuki-Minakuchi, Heterogeneity of plasmid-borne catabolic ability in bacterial populations, Thailand-Japan Collaboration Symposium: Environmental Microbial Technology for Sustainable Development (Chulalongkorn University) 20220726, Bangkok, Thailand

Felipe Vejarano, Finding bacteria capable of altering Mycolicibacterium sp. PO1 pyrene degradation rate by microcrystal fluorescence screening, Thailand-Japan Collaboration Symposium: Environmental Microbial Technology for Sustainable Development (Chulalongkorn University) 20220726, Bangkok, Thailand

Masaki Shintani, Hitherto-unnoticed self-transmissible plasmids widely distributed among different environments, Thailand-Japan Collaboration Symposium: Environmental Microbial Technology for Sustainable Development (Chulalongkorn University) 20220726, Bangkok, Thailand

Kenshi Suzuki, Bacterial coexistence under substrate limiting conditions: How do we understand a microbial ecosystem?, Thailand-Japan Collaboration Symposium: Environmental Microbial Technology for Sustainable Development (Chulalongkorn University) 20220726, Bangkok, Thailand

Hideaki Nojiri, How do bacteria avoid the burden of various plasmids?, International Symposium on Plasmid Biology 2022 (International Society for Plasmid Biology) 20220918-23, Toulouse, France

Chiho Suzuki-Minakuchi, Natsumi Yamamoto, Saki Takahira, Masataka Yamaguchi, Yutaro Takeda, Kazunori Okada, Shinsuke Shigeto, Hideaki Nojiri, Transcriptional heterogeneity of the catabolic genes on pCAR1 causes host-specific carbazole-degrading manner, International Symposium on Plasmid Biology 2022 (International Society for Plasmid Biology) 20220918-23, Toulouse, France

Masaaki Hidaka, Chiho Suzuki-Minakuchi, Kenshi Suzuki, Kazunori Okada, Nobuyuki Okahashi, Hideaki Nojiri, Metabolome analysis on plasmid-free and -harboring Pseudomonas, International Symposium on Plasmid Biology 2022 (International Society for Plasmid Biology) 20220918-23, Toulouse, France

Kyoka Sugiyama, Ayako Sakuda, Chiho Suzuki-Minakuchi, Kazunori Okada, Hideaki Nojiri, The Tip Protein of Conjugative Pilus of IncP-9 Plasmid NAH7 Contributes to the Selection of Recipients, International Symposium on Plasmid Biology 2022 (International Society for Plasmid Biology) 20220918-23, Toulouse, France

Liangning Lu, Chiho Suzuki-Minakuchi, Kazunori Okada, Hideaki Nojiri, Function of the pCAR1-encoded MvaT homolog on the fitness of pCAR1-harboring pseudomonads, International Symposium on Plasmid Biology 2022 (International Society for Plasmid Biology) 20220918-23, Toulouse, France

Kallayanee Naloka, Natthariga Laothamteep, Felipe Vejarano, Nuttapon Pombubpa, Prinpida Sonthipahnd, Chawalit Charoenpong, Kenshi Suzuki, Chiho Suzuki-Minakuchi, Masaki Shintani, Hideaki Nojiri, Onruthai Pinyakong, Evaluation of defined consortium in biodegradation of hydrocarbons applicable for bioremediation under climate change scenarios, The 34th Annual Meeting of the Thai Society for Biotechnology and International Conference Sustainable Bioeconomy: Challenge and Opportunities (Thai Society for Biotechnology) 20221124-25, Bangkok, Thailand

Hideaki Nojiri, New technologies to find and analyze the microbial interactions among the environmental bacteria, IPREM Seminar (Université de Pau et des Pays de l’Adour) 20221215, Pau, France

Chiho Suzuki-Minakuchi, Transcriptional heterogeneity of plasmid pCAR1 determines the plasmid-borne catabolic ability of the host bacteria, IPREM Seminar (Université de Pau et des Pays de l’Adour) 20221215, Pau, France

Kallayanee Naloka, Duangporn Polrit, Chanokporn Muangchinda, Honglada Toetkiattikul, Hideaki Nojiri, Onruthai Pinyakong, A syntrophic metabolism of the desired bacterial consortium enhances petroleum oil removal from the simulated freshwater environment, International Congress on Science, Technology, and Technology-Based Innovation (Thai Fundation on Science and Technology for Advancing Towards SDGs) 2022121, Walailak University

Abeysinghe G, Wu M, Masuo S, Takaya N, Takeshita N., Exploring the Divergence of Interactions between Fungi and Bacteria., 12th Asian Symposium on Microbial Ecology () 20220417-19,

Maeda N, Doi Y, Takaya N., Lumazine utilization pathway in Cupriavidus sp. strain LA-1, International Union of Microbiological Societies 2022 () 20220720-22,

Doi Y, Maeda N, Takaya N., Symbiotic folate degradation by Variovorax and other bacteria, International Union of Microbiological Societies 2022 () 20220720-22,

Hashimoto, Akira; Ohkuma, Moriya, Attempts to explore of new microbial resources: Cultivation of yet-tobe cultured fungi, The 13th ANRRC International Meeting (The Asian Network of Research Resource Centers) 20221108, オンライン

Kato, Shingo; Suzu, Kouji; Ohkuma, Moriya, Release of online lists of JCM strains with various information, The 13th ANRRC International Meeting (The Asian Network of Research Resource Centers) 20221108, オンライン

Takashima, Masako; Aoki, Keita ; Manabe, Ri-ichiro;Yuki, Masahiro ; Ohkuma, Moriya;Sugita, Takashi ; Tanaka, Naoto, Investigation of the orthologs that characterize Ascomycota and Basidiomycota, 36th International Specialised Symposium on Yeasts (ISSY36) () 20220722, Vancouver, Canada

Aoki, Keita; Manabe, Ri-ichiro; Ohkuma, Moriya; Sugita, Takashi; Tanaka, Naoto; Takashima, Masako , Hyphal growth is accelerated by the addition of magnesium in Trichosporon asahii, 36th International Specialised Symposium on Yeasts (ISSY36) () 20220722, Vancouver, Canada

公募班

Rikuta Suzuki, Eun-Young SEO, Tomonori Kindaichi, Akiyoshi Ohashi, Setsu Kato, Yutaka Nakashimada, Yoshiteru Aoi, Unraveling the function of microbial interactions in nature: a key for cultivating uncultivated, 18th International Symposium on Microbial Ecology (ISME 18) (Inernational Society for Microbial Ecology) 20220818, ローザンヌ・スイス

Yumi Shimomura, Rikuta Suzuki, Setsu Kato, Yutaka Nakashimada, Yoshiteru Aoi, Microbial interactions controlling growth of diverse organisms in nature, 18th International Symposium on Microbial Ecology (ISME 18) (Inernational Society for Microbial Ecology) 20220818, ローザンヌ・スイス

Shinya Sugimoto, Development of a new optical clearing method to visualize biofilms, The 10th International Conference on Legionella 2022. Legionella, Biofilm and Functional Water Joint Symposium.  (国際レジオネラ会議 日本バイオフィルム学会) 20220924, 横浜

Norio Takeshita, Advances of Fungal Cell Biology, Korean Soceity of Mycology 50th conference (Korean Soceity of Mycology) 20221015, Chonan, Korea

Norio Takeshita, Local calcium signal transmission in mycelial network exhibits decentralized stress responses, 16th European Conference on Fungal Genetics  () 20230305, Innsbruck, Austria

Norio Takeshita, Mutual bacterial-fungal relationship; fungal highways let bacteria travel in exchange for thiamine, EMBO | EMBL Symposium The cellular mechanics of symbiosis (EMBO | EMBL) 20230308, Heidelberg, Germany

Daisuke Watanabe, Rational design of alcoholic fermentation by harnessing Saccharomyces cerevisiae, Recent Developments in Fermentation Science (奈良先端大) 20221026, 奈良先端大（奈良県生駒市）

Daisuke Watanabe, Rational design of alcoholic fermentation by harnessing Saccharomyces cerevisiae, The Tri-lateral NAIST-TLL-CU Joint Symposium (奈良先端大) 20230318, 奈良先端大（奈良県生駒市）

Urayama, Shunichi; Chiba, Yuto;Zhao, Yanjie;Hagiwara, Daisuke, Dynamics of mycoviruses in the lab and field conditions, V International Mycovirus Symposium () 20220530, イタリア

岡野憲司、日詰達也、佐藤悠、岩木宏明、本田孝祐, Subtractive modification of artificial microbiota using antisense peptide nucleic acid, The 27th Symposium of Young Asian Biological Engineers’ Community (Young Asian Biological Engineers’ Community) 202212109, オンライン

Kana Fuchigami, Soh Sugihara, Hidetoshi Miyazaki, Mayuko Seki, Muniandi Jegadeesan, Pandian Kannan, Kozue Sawada, Makoto Shibata, Koki Toyota, Haruo Tanaka, Takashi Kosaki, Land use affects microbial community composition but not carbon use efficiency in the dry tropical alkaline soil of South India, Soil Organic Matter 2022 () 20220626-30, Souel, Korea

Kaho Sakai, Soh Sugihara, Mayuko Seki, Hidetoshi Miyazaki, Muniandi Jegadeesan, Pandian Kannan, Haruo Tanaka, Takashi Kosaki, Effect of farmyard manure application on microbial carbon use efficiency in the tropical alkaline soil of South India, Soil Organic Matter 2022 () 20220626-30, Souel, Korea

A01班

Hiroyuki Kusada, Kana Morinaga, and Hideyuki Tamaki “Identification of Bile Salt Hydrolase and Bile Salt Resistance in a Probiotic Bacterium Lactobacillus gasseri JCM1131T” Top Downloaded Papers of Microorganisms in 2021, 202301, Microorganisms Editorial Office/MDPI（Multidisciplinary Digital Publishing Institute）, Switzerland

Tomoki Iwashita, Yasuhiro Tanaka, Hideyuki Tamaki, Ryosuke Nakai, Yasuko Yoneda, Ayaka Makino, Tadashi Toyama, Yoichi Kamagata, Masaaki Morikawa, Kazuhiro Mori “Isolation and Characterization of Novel Plant Growth-Promoting Bacteria from the Fronds of Duckweed” 日本水処理生物学会 第24回論文賞, 202211, 日本水処理生物学会, 日本

手塚武揚 「希少放線菌の形態分化に関する分子遺伝学的研究」　研究奨励賞, 202303, 日本農芸化学会, 日本

A02班 

德田真穂，上條達哉，梅木穂乃花，金原和秀，新谷政己 「接合実験と計算によるプラスミドの宿主域の同定と比較」, 優秀ポスター賞, 202211, 環境バイオテクノロジー学会, 日本

Hayakawa M, Tokuda M, Kaneko K, Nakamichi K, Yamamoto Y, Kamijo T, Umeki H, Chiba R, Yamada R, Mori M, Yanagiya K, Moriuchi R, Yuki M, Dohra H, Futamata H, Ohkuma M, Kimbara K, Shintani M* “Hitherto-unnoticed self-transmissible plasmids widely distributed among different environments in Japan” Spotlight, 202109, American Society for Microbiology, USA

Yuanhao Zhu, Felipe Vejarano, Allan Devanadera, Chiho Suzuki-Minakuchi, Yuki Kasai, Yoh Takahata, Kazunori Okada, Hideaki Nojiri “Benzene oxidation in the anaerobic degradation pathway of Azoarcus sp. DN11”, 優秀発表賞（若手ポスター発表部門）, 202208, 日本農芸化学会関東支部, 日本

本荘雅宏、鈴木研志、齋藤保久、武田和宏、木村元彦、石澤秀紘、田代陽介、二又裕之 「複合系の好適制御のために：Dry & Wet解析から見えてきた三菌株の安定的共存系の仕組み」 中部支部長賞, 202209, 日本生物工学会中部支部, 日本

竹本芽紅, Felipe Vejarano, Yuanhao Zhu, 水口千穂, 野尻秀昭, 重藤真介 「重水素標識顕微ラマン分光法を用いたピレン分解細菌コンソーシアムの1細胞レベル解析」 若手講演賞, 202210, 日本分光学会, 日本

鈴木仁子、Vejarano Felipe、水口千穂、岡田憲典、Pinyakong Onruthai、野尻秀昭 「Mycolicibacterium sp. PO1 株と相互作用してピレン分解速度を変化させる環境由来細菌の探索」 優秀ポスター賞, 202211, 環境バイオテクノロジー学会, 日本

日高聖覚、水口千穂、鈴木研志、岡田憲典、岡橋伸幸、野尻秀昭 「プラスミドの保持がPseudomonas属細菌の代謝経路に及ぼす変化」 優秀ポスター賞, 202211, 環境バイオテクノロジー学会, 日本

前田 典歩、土肥 裕希、高谷 直樹 「Cupriavidus sp. LA-1株によるルマジン分解機構の解明」, 優秀発表賞, 202208, 日本農芸化学会 関東支部, 日本

Hashimoto, Akira “Attempts to explore of new microbial resources: Cultivation of yet-tobe cultured fungi” Best Poster Award, 202211, The Asian Network of Research Resource Centers, （online 開催）

Kato, Shingo “Release of online lists of JCM strains with various information” Best Poster Award, 202211, The Asian Network of Research Resource Centers, （online 開催）

橋本陽 菌学会奨励賞, 202208, 日本菌学会, 日本

Nao Ikeyama, Takumi Murakami, Atsushi Toyoda, Hiroshi Mori, Takao Iino, Moriya Ohkuma, Mitsuo Sakamoto “Microbial interaction between the succinate-utilizing bacterium Phascolarctobacterium faecium and the gut commensal Bacteroides thetaiotaomicron” Top Cited Article 2020-2021, 202204, MicrobiologyOpen,

Nao Ikeyama, Takumi Murakami, Atsushi Toyoda, Hiroshi Mori, Takao Iino, Moriya Ohkuma, Mitsuo Sakamoto “Microbial interaction between the succinate-utilizing bacterium Phascolarctobacterium faecium and the gut commensal Bacteroides thetaiotaomicron” Top Downloaded Article　2020-2021, 20220, MicrobiologyOpen,

 

公募班 

青井議輝 「難培養性微生物の可培養化、特に新規分離培養手法の開発、未培養微生物の分離培養、難培養性をつかさどるメカニズム解明」 第８回日本微生物生態学会奨励賞, 202211, 日本微生物生態学会, 日本

甲斐建次 「同種・異種微生物間における化学コミュニケーションの解明とその制御・利用」 野本賞, 202209, 日本微生物学連盟, 日本

美世一守, 増田曜子, Zhenxing Xu, Zhengcheng Zhang, 白鳥豊, 妹尾啓史, 伊藤英臣 「土壌窒素固定マイクロバイオームの全球的解明：方法論から大規模解析へ」 若手口頭発表優秀賞, 202209, 日本土壌肥料学会, 日本

A02班

新谷政己 「アグリバイオ「植物体圏」におけるプラスミドの伝播現象の実態解明を目指して」 月刊アグリバイオ, pp39-42, 北隆館, 202206, 共著, 日本語

Masuo S, Saga C, Usui K, Sasakura Y, Kawasaki Y, Takaya N. (Shi S, Wang J, Ling H, eds.) 「104 Glucose-derived raspberry ketone produced via engineered Escherichia coli metabolism」  Frontiers eBook pp104-113, 202208, 分担, 英語

公募班

杉本真也 「バイオフィルムの透明化イメージング技術」バイオフィルムハンドブック, 株式会社エヌ・ティー・エス, 202300分担, 日本語

渡辺大輔 「4-3. 生物工学における醸造研究のこれから」 日本生物工学会100年史, 63-64, 日本生物工学会, 202210, 分担, 日本語

木賀大介 「第１章　つくることで生命を知る – 合成生物学とその産業応用、第５章　総合討論」合成生物学は社会に何をもたらすか（島薗進 (著, 編集), 四ノ宮成祥 (著, 編集), 木賀大介 (著), 須田桃子 (著), 原山優子 (著)　）, pp39-74, pp157-167, 専修大学出版局, 202205, 分担, 日本語

西村祐貴、綿野桂人、岩崎渉 「第13章 発展編（2）：機械学習によるマイクロバイオームと機能未知遺伝子の解析 〜メタゲノム・対偶遺伝学・近傍遺伝子解析」Pythonで実践　生命科学データの機械学習〜あなたのPCで最先端論文の解析レシピを体得できる！ (実験医学別冊), pp387-421, 羊土社, 202303, 分担, 日本語

A02班

高谷 直樹、貫井 憲之、勝木 希、桝尾 俊介 「微生物菌株、タンパク質、微生物菌株又はタンパク質を用いた没食子酸を製造する方法」 出願番号: 2022-159637出願日： 2022/10/3出願人: 国立大学法人 筑波大学

A01班

佐々文洋, 「微細加工技術であそぼう！」 公開講座　九州大学 大学院システム情報科学研究院　中学生の科学実験教室 （主催：九州大学 大学院システム情報科学研究院） 202208, 九州大学伊都キャンパス （日本語）

重藤真介, 「「科学」を支える「化学」の面白さ～物理化学を中心に～」 開智高等学校（和歌山県） 20220709, 出前授業 （日本語）

菅野菜々子, 「顕微鏡でどこまで”視”える？ラマン顕微鏡による微生物の非破壊分子生体情報解析」 IDEC Institute Seminar Series No. 14, PHIS Seminar No. 6,  20230123, 広島大学IDEC国際連携機構主催 （日本語）

菅野菜々子, 「ラマン顕微鏡で視る微生物の世界」 慶應アストロバイオロジーキャンプ2023（高校生～大学院生を対象とした合宿型イベント）,  20230320, 慶應義塾大学先端生命科学研究所主催 （日本語）

 

A02班

Masaki Shintani, 「Behaviors of conjugative plasmids in different environmental conditions」 Talk for IITH students 20221200, オンライン （英語）

Masaki Shintani, 「New insights and knowledge gaps of IncP/P-1 and PromA plasmids」 Seminar in Institute of Hydrobiology at TU Dresden 20221200, ドレスデン（ドイツ） （英語）

Masaki Shintani, 「New insights and knowledge gaps of Pseudomonas plasmids」 Wissenshaftliches Kolloquium 20220800, ブラウンシュバイク（ドイツ） （英語）

野尻秀昭, 「分解菌研究からのスピンオフ課題に挑む」 大隅基礎科学創成財団 第6期 第6回創発セミナー 20230308, オンライン （日本語）

野尻秀昭, 「環境汚染物質分解菌の科学　～興味深い細菌の力～」 （株）日本農薬講演会 20230322, 大坂 （日本語）

野尻秀昭, 「環境から有用な微生物を捕る・解析する」 富山県立富山高校講演会 20220808, 富山 （日本語）

野尻秀昭, 「New technologies to find and analyze the microbial interactions among environmental bacteria」 宮崎大学 20220913, 宮崎 （日本語）

野尻秀昭, 「環境から有用な微生物を捕る・解析する」 都立戸山高校講演会 20220706, 東京 （日本語）

野尻秀昭, 「環境から有用な微生物を捕る・解析する」 埼玉県立熊谷女子高校講演会 20220716, 東京 （日本語）

林久喜, 「緑の食料システム戦略に貢献する畑作施肥長期連用試験～ポストコッホ機能生態学に繋ぐ～」第５０回関東甲信越大学附属農場協議会技術研修会 20220727, 東京 （日本語）

高谷直樹, 「未知の微生物とその機能・生態の解明を目指して」 第 96 回　日本細菌学会総会 20220318, 姫路 （日本語）

 

公募班

Gohta Goshima, 「Evolutionary replacement of genes required for cell division and intracellular transport」 20230203, チューリヒ（スイス） （英語）

Gohta Goshima, 「Microtubule and motors in plants」 20230206, リヨン（フランス） （英語）

成澤才彦, 「共に生きるとこんなことができる！ 微生物と植物を例に」 やさしい生態学講座 （主催：国立科学博物館附属自然教育園） 20230219, 東京 （日本語）

前田智也, 「異種間相互作用による薬剤耐性進化ダイナミクスへの影響」 AgTechセミナー （主催：東京大学大学院農学生命科学研究科附属アグロバイオテクノロジー研究センター） 20220826, 東京大学 （日本語）

渡辺大輔, 「次世代発酵食品」 けいはんなアイデアソン2022 （主催：情報通信研究機構 ユニバーサルコミュニケーション研究所） 20221111, 奈良高校（奈良）出前授業 （日本語）

渡辺大輔, 「発酵食品と酵母」 京都五月村クラブ東山サロン （主催：京都五月村クラブ） 20221124, 蘇谷（京都）出前授業 （日本語）

渡辺大輔, 「身近な発酵食品から学ぶバイオサイエンス」 奈良先端科学技術大学院大学 公開講座2022, 20221015, 奈良先端科学技術大学院大学（生駒） （日本語）

渡辺大輔, 「清酒醸造における酵母と乳酸菌の新たな相互作用」 広島杜氏組合夏期酒造講習会 （主催：広島杜氏組合） 20220728, 安芸津生涯学習センター（広島） （日本語）

浦山俊一, 「生物を変身させる秘密道具としてのウイルス」 大隅財団 微生物コンソーシアム定例会 （主催：大隅財団 微生物コンソーシアム） 20230215, （日本語）

浦山俊一, 「真菌を操るウイルスのポテンシャルを俯瞰する」 日本マイコトキシン学会第88回学術講演会 20230106, （日本語）

 

～その他～

菅野菜々子、重藤真介 「顕微ラマン分光法による微生物細胞の非破壊生体分子分析」 環境バイオテクノロジー学会誌22巻，p. 81-90, 202206 （日本語）

菅野菜々子、重藤真介 「微生物の非破壊1細胞解析法としての顕微ラマン分光法」 光アライアンス2023年2月号, 202302 （日本語）

重藤真介 「ラマン分光とデータサイエンスで挑むポストコッホ微生物学」 月刊「細胞」 2022年12月号, 202211 （日本語）

草田裕之、玉木秀幸 「耐熱性プロバイオティクス乳酸菌由来の新規な耐熱性胆汁酸塩加水分解酵素の発見」 月刊バイオインダストリー誌、第39巻、第6号、p27-34, 202206 （日本語）

中井亮佑、若菜勇、仁木宏典 「マイクロバイオーム解析で明らかとなった巨大マリモの内部の微生物たち」 化学と生物、第60巻、第10号、p492-495, 202210 （日本語）

中井亮佑、草田裕之、玉木秀幸 「培養技術の革新で迫る未知微生物の実態」 環境バイオテクノロジー学会誌、第22巻、第1号、p75-80, 202206 （日本語）

中井亮佑 「培養技術向上で資源化 – 極小細菌 機能を詳細分析」日刊工業新聞, 202210 （日本語）

佐藤喬章 「カメレオン酵素セリンキナーゼ 」 生物工学会誌 バイオミディア、第100巻 第10号、564-564, 202203 （日本語）

松井求 「バイオインフォマティクスでポストコッホ生態系を解き明かす」 日本微生物生態学会誌, 202203 （日本語）

杉本真也 「バイオフィルム感染症の制圧に挑む. 医工連携の実践者」 医薬経済, 202206 （日本語）

杉本真也 「バイオフィルム透明化試薬iCBiofilmの開発」 バイオフィルム学会ニュースレター, 202205 （日本語）

杉本真也、金城雄樹 「慈恵医大、バイオフィルムを数秒で透明化する技術「iCBiofilm」を開発」 日本経済新聞, 202301 （日本語）

杉本真也、金城雄樹 「細菌の塊を瞬時に透明に　慈恵医大、感染症の研究後押し」 日経産業新聞, 202302 （日本語）

杉本真也、金城雄樹 「バイオフィルム透明化する技術－慈恵医大が開発」 日本歯科新聞, 202302 （日本語）

杉本真也、金城雄樹 「バイオフィルムを〝透視〟 慈恵医大が新技術開発」 信濃毎日新聞デジタル、愛媛新聞オンライン、中国新聞デジタル, 202303 （日本語）

 

Research articles/Reviews 　International meetings/Invited talks 

Awards 　Books　Patents 　Outreach activities

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A０１班

Shiyi Zhang, Joseph Wang, Kenshi Hayashi, Fumihiro Sassa “Monolithic processing of a layered flexible robotic actuator film for kinetic electronics”  Scientific Reports, 11, 20015, 202110, doi: 10.1038/s41598-021-99500-9

Nanako Kanno, Shingo Kato, Moriya Ohkuma, Motomu Matsui, Wataru Iwasaki, Shinsuke Shigeto “Machine learning-assisted single-cell Raman fingerprinting for in situ and nondestructive classification of prokaryotes” iScience, 24(9), 102975, 202109, doi: 10.1016/j.isci.2021.102975

Nanako Kanno, Shingo Kato, Takashi Itoh, Moriya Ohkuma, Shinsuke Shigeto “Resonance Raman analysis of intracellular vitamin B12 analogs in methanogenic archaea” Analytical Science Advances, 2022, 1-9, 202201, doi: 10.1002/ansa.202100042

Toyofuku, M, Nomura, N, Eberl, L “Membrane vesicles and quantized bacterial signaling” Physical Biology, () -, , doi: TBA

Naradasu D, Miran W, Sharma S, Takenawa S, Soma T, Nomura N, Toyofuku M, Okamoto A “Biogenesis of Outer Membrane Vesicles Concentrates the Unsaturated Fatty Acid of Phosphatidylinositol in Capnocytophaga ochracea” Frontiers in Microbiology, 12, 682685, 2021.05, doi: 10.3389/fmicb.2021.682685

Zhang IH, Mullen S, Ciccarese D, Dumit D, Martocello DE 3rd, Toyofuku M, Nomura N, Smriga S, Babbin AR “Ratio of Electron Donor to Acceptor Influences Metabolic Specialization and Denitrification Dynamics in Pseudomonas aeruginosa in a Mixed Carbon Medium” Frontiers in Microbiology, 12, 711073, 2021.09,  doi: 10.3389/fmicb.2021.711073

Kunoh, T, Yamamoto, T, Sugimoto, S, Ono, E, Nomura, N, Utada, AS “Leptothrix cholodnii Response to Nutrient Limitation” Frontiers in Microbiology, 12, 691563, 2021.07, doi: 10.3389/fmicb.2021.691563

Abe, K, Toyofuku, M, Nomura, N, Obana, N “Autolysis-mediated membrane vesicle formation in Bacillus subtilis” Environmental Microbiology, 23(5), 2632-2647, 2021.05, doi: 10.1111/1462-2920.15502

Okano C, Takabe K, Hirayama T, Nomura N, Yawata Y “Three-dimensional morphology of bacterial community developed on the index-matched materials” Scientific Reports, 11, 19508, 2021.09, doi: 10.1038/s41598-021-98943-4

Nagakubo T, Yamamoto T, Asamizu S, Toyofuku M, Nomura N, Onaka H “Phage tail‐like nanostructures affect microbial interactions between Streptomyces and fungi” Scientific Reports, 11, 20116, 2021.10, doi: 10.1038/s41598-021-99490-8

Goto H, Komaba K, Eguchi N, Toyofuku M, Nomura N “A Possibility of Polaron Vortex Magnet of Polypyrrole Prepared in Virus Liquid Crystal” Journal of Polymer Science, 60, 90-96, 2021.10, doi: 10.1002/pol.20210585

Kobayashi N, Abe K, Akagi S, Kitamura M, Shiraishi Y, Yamaguchi A, Yutani M, Amatsu S, Matsumura T, Nomura N, Ozaki N, Obana N, Fujinaga Y. “Membrane vesicles derived from Clostridiumbotulinum and related clostridial species induce innate immune responses via MyD88/TRIF signaling in vitro” Frontiers in Microbiology, 13, 720308, 2022.02, doi: 10.3389/fmicb.2022.720308

Koh S, Sato M, Yamashina K, Usukura Y, Toyofuku M, Nomura N, Taguchi S “Controllable secretion of multilayer vesicles driven by microbial polymer accumulation” Scientific Reports, 12, 3393, 2022.03 ,doi: 10.1038/s41598-022-07218-z

Abe K, Kato H, Hasegawa Y, Yamamoto T, Nomura N, Obana N. “Visualization and characterization of spore morphogenesis in Paenibacillus polymyxa ATCC39564″ Journal of General and Applied Microbiology, (In press), doi: 10.2323/jgam.2021.10.006

Yasuda M, Yamamoto T, Nagakubo T, Morinaga K, Obana N, Nomura N, Toyofuku M “Phage Genes Induce Quorum Sensing Signal Release through Membrane Vesicle Formation” Microbes and Environments, 37, ME21067, 2022.01, doi: 10.1264/jsme2.ME21067

Hiroyuki Kusada, Kana Morinaga, Hideyuki Tamaki “Identification of Bile Salt Hydrolase and Bile Salt Resistance in a Probiotic Bacterium Lactobacillus gasseri JCM1131T” Microorganisms 9, 1011, 2021.05, doi: 10.3390/microorganisms9051011

Hiroyuki Kusada, Masanori Arita, Masanori Tohno, Hideyuki Tamaki “Isolation of a highly thermostable bile salt hydrolase with broad substrate specificity from Lactobacillus paragasseri” Frontiers in Microbiology 13, 810872, 2022.02, doi: 10.3389/fmicb.’2022.810872

Ryosuke Nakai*, Hiroyuki Kusada*, Fumihiro Sassa, Susumu Morigasaki, Hisayoshi Hayashi, Naoki Takaya, Hideyuki Tamaki (*equal contribution) ” “Draft genome sequence of novel filterable Rhodospirillales bacterium strain TMPK1, isolated from soil” Microbiology Resource Announcements”  10, e00393-21, 2021.07, doi: 10.1128/MRA.00393-21

Ryosuke Nakai, Takeshi Naganuma, Nozomi Tazato, Tadao Kunihiro, Sho Morohoshi, Tomomi Koide, Hiroyuki Kusada, Hideyuki Tamaki, Takashi Narihiro “Characterization of Terrihabitans soli gen. nov., sp. nov., a novel 0.2 μm-filterable soil bacterium belonging to a widely distributed lineage of Hyphomicrobiales (Rhizobiales)” Diversity, 13, 422, 2021.09, doi: 10.3390/d13090422

Sho Shimada*, Ryosuke Nakai*, Kotaro Aoki, Sakae Kudoh, Satoshi Imura, Norifumi Shimoeda, Giichiro Ohno, Kentaro Watanabe, Yasunari Miyazaki, Yoshikazu Ishii, Kazuhiro Tateda (*equal contribution) “Characterization of the first cultured psychrotolerant representative of Legionella from Antarctica reveals its unique genome structure” Microbiology Spectrum 9, e00424-21, 2021.10, doi: 10.1128/Spectrum.00424-21

Yasuko Yoneda, Kyosuke Yamamoto, Ayaka Makino, Yasuhiro Tanaka, Xian-Ying Meng, Junko Hashimoto, Kazuo Shin-Ya, Noriyuki Satoh, Manabu Fujie, Tadashi Toyama, Kazuhiro Mori, Michihiko Ike, Masaaki Morikawa, Yoichi Kamagata, Hideyuki Tamaki “Novel Plant-Associated Acidobacteria Promotes Growth of Common Floating Aquatic Plants, Duckweeds” Microorganisms 9, 1133, 2021.05, doi: 10.3390/microorganisms9061133

Kyosuke Yamamoto, Yasuko Yoneda, Ayaka Makino, Yasuhiro Tanaka, Xian-Ying Meng, Junko Hashimoto, Kazuo Shin-ya, Noriyuki Satoh, Manabu Fujie, Tadashi Toyama, Kazuhiro Mori, Michihiko Ike, Masaaki Morikawa, Yoichi Kamagata, Hideyuki Tamaki “Draft Genome Sequence of Bryobacteraceae Strain F-183” Microbiology Resource Announcements 11, e00453-21, 2022.01, doi: 10.1128/mra.00453-21

Kyosuke Yamamoto, Yasuko Yoneda, Ayaka Makino, Yasuhiro Tanaka, Xian-Ying Meng, Junko Hashimoto, Kazuo Shin-ya, Noriyuki Satoh, Manabu Fujie, Tadashi Toyama, Kazuhiro Mori, Michihiko Ike, Masaaki Morikawa, Yoichi Kamagata, Hideyuki Tamaki “Complete Genome Sequence of Luteitalea sp. Strain TBR-22” Microbiology Resource Announcements 11, e00455-21, 2022.02 ,doi: 10.1128/mra.00455-21

中井亮佑（2021） 極地に生きる未知微生物は何者か？、極限環境生物学会誌、19号、p 25-31.（in Japanese with English abstract and figures）

Ryo Tashiro, Takaaki Sato, Haruyuki Atomi, Kunio Miki, Masahiro Fujihashi “Altering the phosphorylation position of pyrophosphate-dependent myo-inositol-1-kinase based on its crystal structure” ACS Chemical Biology 16, 794-799, 2021.05, doi: 10.1021/acschembio.0c00733

Yasunobu Mori, Hiroki Kawamura, Takaaki Sato, Takayuki Fujita, Ryuhei Nagata, Masahiro Fujihashi, Kunio Miki, Haruyuki Atomi “Identification and enzymatic analysis of an archaeal ATP-dependent serine kinase from the hyperthermophilic archaeon Staphylothermus marinus” Journal of Bacteriology 203, e00025-21 2021.07, doi: 10.1128/JB.00025-21

Hiraoka S, Sumida T, Hirai M, Toyoda A, Kawagucci S, Yokokawa T, and Nunoura T “Diverse DNA modification in marine prokaryotic and viral communities” Nucleic Acids Research 50, 1531-1550, 2022.01, doi: 10.1093/nar/gkab1292

Mori, Y., Kawamura, H., Sato, T., Fujita, T., Nagata, R., Fujihashi, M., Miki, K., Atomi, H. “Identification and enzymatic analysis of an archaeal ATP-dependent serine kinase from the hyperthermophilic archaeon Staphylothermus marinus“ Journal of Bacteriology, 203(16) e0002521, 2021.07, doi: 10.1128/JB.00025-21 

Melina Kerou, Rafael I Ponce-Toledo, Rui Zhao, Sophie S Abby, Miho Hirai, Hidetaka Nomaki, Yoshihiro Takaki, Takuro Nunoura, Steffen L Jørgensen, Christa Schleper “Genomes of Thaumarchaeota from deep sea sediments reveal specific adaptations of three independently evolved lineages” ISME Journal, 15(-) 2792-2808, 2021.04, doi: 10.1038/s41396-021-00962-6

跡見晴幸「超好熱菌の高温適応戦略」熱測定, 48(2) 78, 2021.04, abstract

Seiji Kawai, Yuko Sugaya, Ryota Hagihara, Hiroya Tomita, Yohei Katsuyama, and Yasuo Ohnishi “Complete biosynthetic pathway of alazopeptin, a tripeptide consisting of two molecules of 6-diazo-5-oxo-L-norleucine and one molecule of alanine” Angewandte Chemie-International Edition 60, 10319-10325, 2021.04, doi: 10.1002/anie.202100462

Seiji Kawai, Yohei Katsuyama, Yasuo Ohnishi “The α/β hydrolase AzpM catalyzes dipeptide synthesis in alazopeptin biosynthesis using two Molecules of carrier protein-tethered amino acid” Chembiochem 23, e202100700, 2022.02, doi: 10.1002/cbic.202100700

Tezuka Takeaki, Yasuo Ohnishi “Surface structure and nanomechanical properties of Actinoplanes missouriensis sporangia analyzed via atomic force microscopy” Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 86, 552-556, 2022.02, doi: 10.1093/bbb/zbac002

Hayama Tsutsumi, Yohei Katsuyama, Takeaki Tezuka, Rei Miyano, Yuki Inahashi, Yoko Takahashi, Takuji Nakashima, Yasuo Ohnishi “Identification and analysis of the biosynthetic gene cluster for the indolizidine alkaloid iminimycin in Streptomyces griseus” Chembiochem 23, e202100517, 2021.10, doi: 10.1002/cbic.202100517

Hayama Tsutsumi, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Kentaro Shimizu, Kazuo Shin-Ya, Yohei Katsuyama, Yasuo Ohnishi “Structural and molecular basis of the catalytic mechanism of geranyl pyrophosphate C6-methyltransferase: creation of an unprecedented farnesyl pyrophosphate C6-methyltransferase” Angewandte Chemie-International Edition 61, e202111217, 2021.10, doi: 10.1002/anie.202111217

 

A０2班

Chakraborty J, Suzuki-Minakuchi C, Tomita T, Okada K, Nojiri H “A novel gene cluster is involved in the degradation of lignin-derived monoaromatics in Thermus oshimai JL-2″ Applied and Environmental Microbiology 87, e01589-20, 202105, doi: 10.1128/AEM.01589-20

Mpofu E, Alias A, Tomita K, Suzuki-Minakuchi C, Tomita K, Chakraborty J, Malon M, Ogura Y, Takikawa H, Okada K, Kimura T, Nojiri H “Azoxystrobin amine: A novel azoxystrobin degradation product from Bacillus licheniformis strain TAB7″ Chemosphere 273, 129663, 2021.06, doi: 10.1016/j.chemosphere.2021.129663

Laothamteep N, Kawano H, </>Vejarano F, Suzuki-Minakuchi C, Shintani M, Nojiri H, Pinyakong O “Effects of environmental factors and coexisting substrates on PAH degradation and transcriptomic responses of the defined bacterial consortium OPK” Environmental Pollution 277, 116769, 2021.05, doi: 10.1016/j.envpol.2021.116769

Masaki Shintani, Haruo Suzuki, Hideaki Nojiri, Masato Suzuki “Precise classification of antimicrobial resistance-associated IncP-2 megaplasmids for molecular epidemiological studies on Pseudomonas species” Journal of Antimicrobial Chemotherapy 77, 1202-1204, 202204, doi: 10.1093/jac/dkac006

Aktar S, Okamoto Y, Ueno S, Tahara YO, Imaizumi M, Shintani M, Miyata M, Futamata H, Nojiri H, Tashiro Y. “Incorporation of plasmid DNA in to bacterial membrane vesicles by peptidoglycan defects in Escherichia coli” Frontiers in Microbiology 12, 747606, 202111, doi: 10.3389/fmicb.2021.747606

Maejima Y, Iino T, Moriuchi R, Kushimoto K, Muraguchi Y, Fukuda K, Nojiri H, Ohkuma M, Dohra H, Kimbara K, Shintani M. “Fluviispira sanaruensis sp., nov., isolated from a brackish lake in Hamamatsu, Japan” Current Microbiology 78, 3268-3276, 202108, doi: 10.1007/s00284-021-02561-2

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Abdul Aziz FA, Suzuki K, Honjo M, Amano K, Mohd Din ARJB, Tashiro Y, Futamata H. “Coexisting mechanisms of bacterial community are changeable even under similar stable conditions in a chemostat culture” Journal of Bioscience and Bioengineering 131, 77-83, 202101, doi: 10.1016/j.jbiosc.2020.09.009

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Jiang Wu, Bo Jiang, Zhe Kong, Chongyang Yang, Lu Li, Bo Feng, Zibin Luo, Kai-Qin Xu, Takuro Kobayashi, Yu-You Li “Improved stability of up-flow anaerobic sludge blanket reactor treating starch wastewater by pre-acidification: Impact on microbial community and metabolic dynamics” Bioresource Technology 326, 124781, 202101, doi: 10.1016/j.biortech.2021.124781

簡梅芳, 楊重陽, 魏書君, John Jewish, A. Dominguez, 何攖寧, 井上千弘 “微生物・植物による環境汚染浄化機構の解明とその応用–ヒ素のファイトエキストラクションおよび多環芳香族炭化水素のリゾデグラデーションを例として–” Journal of Environmental Biotechnology (環境バイオテクノロジー学会誌) 21, 45-51, 202105, doi: 0.50963/jenvbio.21.1_45

Ashikawa Y, Fujimoto Z, Inoue K, Yamane H, Nojiri H. “Crystal structure of the ferredoxin reductase component of carbazole 1,9a-dioxygenase from Janthinobacterium sp. J3″ Acta Crystallography D Structural Biology 77, 921-932, 202107, doi: 10.1107/S2059798321005040

Tomita K, Yashiroda Y, Matsuo Y, Piotrowski J, Li S, Okamoto R, Yoshimura M, Kimura H, Kawamura Y, Kawamukai M, Boone C, Yoshida M, Nojiri H, Okada K. “Genome-wide screening of genes associated with momilactone B sensitivity in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe” G3 11, jkab156, 202108, doi: 10.1093/g3journal/jkab156

Nanami Sakata, Takako Ishiga, Shunsuke Masuo, Yoshiteru Hashimoto, Yasuhiro Ishiga “Coronatine contributes to Pseudomonas cannabina pv. alisalensis virulence by overcoming both stomatal and apoplastic defenses in dicot and monocot plants” Molecular Plant-Microbe Interactions 34, 746-757, 202108, doi: 10.1094/MPMI-09-20-0261-R

Takuto Kumano, Sanae Hori, Satomi Watanabe, Yuzu Terashita, Hong Yang Yu, Yoshiteru Hashimoto, Toshiya Senda, Miki Senda, Michihiko Kobayashi “FAD-dependent C-glycoside–metabolizing enzymes in microorganisms: Screening, characterization, and crystal structure analysis” Proceedings of the National Academy of Sciences USA 118 e2106580118, 202110, doi: 10.1073/pnas.2106580118

Shunsuke Masuo, Chisa Saga, Kurumi Usui, Yuma Sasakura, Yukie Kawasaki, Naoki Takaya “Glucose-Derived Raspberry Ketone Produced via Engineered Escherichia coli Metabolism” Frontiers in Bioengineering and Biotechnology 10, 843843-843843, 202202, doi: 10.3389/fbioe.2022.843843

Takahiro Mori, Takuto Kumano, Haibing He, Satomi Watanabe, Miki Senda, Toshio Moriya, Naruhiko Adachi, Sanae Hori, Yuzu Terashita, Masato Kawasaki, Yoshiteru Hashimoto, Takayoshi Awakawa, Toshiya Senda, Ikuro Abe, Michihiko Kobayashi “C-Glycoside metabolism in the gut and in nature: Identification, characterization, structural analyses and distribution of C-C bond-cleaving enzymes” Nature Communications 12, 6294, 202111, doi: 10.1038/s41467-021-26585-1

Ryo Kurosawa, Ryota Sugimoto, Hiroe Imai, Kohe Atsuji, Koji Yamada, Yusuke Kawano, Iwao Ohtsu, Kengo Suzuki “Impact of spaceflight and artificial gravity on sulfur metabolism in mouse liver: sulfur metabolomic and transcriptomic analysis” Scientific Reports 11, 1-12, 202111, doi: 10.1038/s41598-021-01129-1

Yusuke Kawano, Kengo Suzuki, Iwao Ohtsu. “Development of quantitative analytical method for volatile thiol compound with LC-ESI-MS as nonvolatile derivative by integrating a thiol-specific derivatization” Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 85, 1932-1936, 202107, doi: 10.1093/bbb/zbab129

大津厳生 “エルゴチオネイン生産能の高い 藻類の探索” アグリバイオ, 5, 823-827, 202109, doi:

Tsukasa Fukunaga and Wataru Iwasaki “Inverse Potts model improves accuracy of phylogenetic profiling” Bioinformatics 38, 1794–1800, 202204, doi: 10.1093/bioinformatics/btac034

Tsukasa Fukunaga and Wataru Iwasaki “Mirage: Estimation of ancestral gene-copy numbers by considering different evolutionary patterns among gene families” Bioinformatics Advances 1, vbab014, 202107, doi: 10.1093/bioadv/vbab014

Takao K Suzuki, Motomu Matsui, Sira Sriswasdi, and Wataru Iwasaki “Lifestyle Evolution Analysis by Binary-State Speciation and Extinction (BiSSE) Model” Methods in Molecular Biology , (to be updated)

Motomu Matsui “Frontier of Inferring Phylogenies（分子系統解析の最前線）” JSBi Bioinformatics Review 2, 30-57, 202110, doi: 10.11234/jsbibr.2021.7

Shinkai T, Ikeyama N, Kumagai M, Ohmori H, Sakamoto M, Ohkuma M, Mitsumori M. “Prevotella lacticifex sp. nov., isolated from the rumen of cows” International Journal of Systematic and Evolutional MIcrobiology 72, 00518, 202203, doi: 10.1099/ijsem.0.005278

Delgado G, Miller AN, Hashimoto A, Iida T, Ohkuma M, Okada G. “A phylogenetic assessment of Endocalyx (Cainiaceae, Xylariales) with E.grossus comb. et stat. nov” Mycological Progress 21, 221-242, 202201, doi: 10.1007/s11557-021-01759-9

Igai K, Kitade O, Fu J, Omata K, Yonezawa T, Ohkuma M, Hongoh Y. “Fine-scale genetic diversity and putative ecotypes of oxymonad protists coinhabiting the hindgut of Reticulitermes speratus” Molecular Ecology 31, 1317-1331, 202202, doi: 10.1111/mec.16309

Kuncharoen N, Yuki M, Kudo T, Ohkuma M, Booncharoen A, Mhuantong W, Tanasupawat S. “Comparative genomics and proposal of Streptomyces radicis sp. nov., an endophytic actinomycete from roots of plants in Thailand” Microbiological Research 254, 126889, 202201, doi: 10.1016/j.micres.2021.126889

Sakai H, Nur N, Kato S, Yuki M, Shimizu M, Itoh T, Ohkuma M, Kurosawa N, Suwanto A. “Insight into the symbiotic lifestyle of DPANN archaea revealed by cultivation and genome analyses” Proceedings of the National Academy of Sciences USA 119, e2115449119, 202201, doi: 10.1073/pnas.2115449119

Ogata Y, Sakamoto M, Kumar N, Ohkuma M, Hattori M, Suda W. “Complete Genome Sequence of Megamonas funiformis Strain 1CBH44, Isolated from Human Feces” Microbiology Resource Announcements 10, e0078521, 202112, doi: 10.1128/MRA.00785-21

Omokawa H, Kurosawa N, Kato S, Itoh T, Ohkuma M, Sakai HD. “Genome Sequence of a Novel Sulfolobales Archaeon Strain, HS-7, Isolated from the Unzen Hot Spring in Japan” Microbiology Resource Announcements 10, e0058221, 202109, doi: 10.1128/MRA.00582-21

Tohno M, Tanizawa Y, Kojima Y, Sakamoto M, Ohkuma M, Kobayashi H. “Lentilactobacillus fungorum sp. nov., isolated from spent mushroom substrates” International Journal of Systematic and Evolutional MIcrobiology 71, 005184, 202112, doi: 10.1099/ijsem.0.005184

Kanchanasin P, Phongsopitanun W, Yuki M, Kudo T, Ohkuma M, Nakashima T, Tanasupawat S. “Actinomadura violacea sp. nov., a madurastatin A1-producing strain from lichen in Thailand” International Journal of Systematic and Evolutional MIcrobiology 71, 005126, 202112, doi: 10.1099/ijsem.0.005126

Sakamoto M, Ikeyama N, Yuki M, Murakami T, Mori H, Iino T, Ohkuma M. “Adlercreutzia hattorii sp. nov., an equol non-producing bacterium isolated from human faeces” International Journal of Systematic and Evolutional MIcrobiology 71, 005121, 202112, doi: 10.1099/ijsem.0.005121

Sa’fdiyah W, Hashimoto A, Okada G, Ohkuma M. “Notes on Some Interesting Sporocarp-Inhabiting Fungi Isolated from Xylarialean Fungi in Japan” Diversity 13, 574, 202111, doi: 10.3390/d13110574

Kobayashi H, Tanizawa Y, Yagura M, Sakamoto M, Ohkuma M, Tohno M. “Clostridium zeae sp. nov., isolated from corn silage” International Journal of Systematic and Evolutional MIcrobiology 71, 005088, 202111, doi: 10.1099/ijsem.0.005088

Gile GH, Taerum SJ, Jasso-Selles DE, Sillam-Dussès D, Ohkuma M, Kitade O, Noda S. “Molecular Phylogenetic Position of Microjoenia (Parabasalia: Spirotrichonymphea) from Reticulitermes and Hodotermopsis Termite Hosts” Protist 172, 125836, 202110, doi: 10.1016/j.protis.2021.125836

Iino T, Shono N, Ito K, Nakamura R, Sueoka K, Harayama S, Ohkuma M. “Nitrite as a causal factor for nitrate-dependent anaerobic corrosion of metallic iron induced by Prolixibacter strains” MicrobiologyOpen 10, e1225, 202108, doi: 10.1002/mbo3.1225

Chen Y, Nishihara A, Iino T, Ohkuma M, Haruta S. “Caldicellulosiruptor diazotrophicus sp. nov., a thermophilic, nitrogen-fixing fermentative bacterium isolated from a terrestrial hot spring in Japan” International Journal of Systematic and Evolutional MIcrobiology 71, 005014, 202109, doi: 10.1099/ijsem.0.005014

Kato S, Ohkuma M. “A Single Bacterium Capable of Oxidation and Reduction of Iron at Circumneutral pH” Microbiol. Spectr. 9, e0016121, 202109, doi: 10.1128/Spectrum.00161-21

Kobayashi H, Tanizawa Y, Sakamoto M, Ohkuma M, Tohno M. “Taxonomic status of the species Clostridium methoxybenzovorans Mechichi et al. 1999″ International Journal of Systematic and Evolutional MIcrobiology 71, 004951, 202108, doi: 10.1099/ijsem.0.004951

Saeng-in P, Kanchanasin P, Yuki M, Kudo T, Ohkuma M, Phongsopitanun W, Tanasupawat S. “Actinoplanes lichenicola sp. nov., and Actinoplanes ovalisporus sp. nov., isolated from lichen in Thailand” International Journal of Systematic and Evolutional MIcrobiology 71, 004921, 202107, doi: 10.1099/ijsem.0.004921

Tohno M, Tanizawa Y, Kojima Y, Sakamoto M, Ohkuma M, Kobayashi H. “Lactobacillus corticis sp. nov., isolated from hardwood bark” International Journal of Systematic and Evolutional MIcrobiology 71, 004882, 202108, doi: 10.1099/ijsem.0.004882

Ogata Y, Sakamoto M, Ohkuma M, Hattori M, Suda W. “Complete genome sequence of Longicatena caecimuris strain 3BBH23 isolated from healthy Japanese feces” Microbiology Resource Announcements 10, e00282-21, 202105, doi: 10.1128/MRA.00282-21

Sakamoto M, Nao Ikeyama N, Toyoda A, Murakami T, Mori H, Iino T, Ohkuma M. “Coprobacter secundus subsp. similis subsp. nov. and Solibaculum mannosilyticum gen. nov., sp. nov., isolated from human faeces” Microbiol Immunol. 65, 245-256, 202106, doi: 10.1111/1348-0421.12886

Iino T, Oshima K, Hattori M, Ohkuma M, Amachi S. “Iodidimonas gelatinilytica sp. nov., aerobic iodide-oxidizing bacteria isolated from brine water and surface seawater” Antonie Van Leeuwenhoek 114, 625-631, 202105, doi: 10.1007/s10482-021-01546-2

Ikeyama N, Sakamoto, Ohkuma M, Hiramoto S, Wang J, Tone S, Shiiba K. “Fecal Microbiota Perspective for Evaluation of Prebiotic Potential of Bamboo Hemicellulose Hydrolysate in Mice: A Preliminary Study” Microorganisms 9, 888, 202104, doi: 10.3390/microorganisms9050888

Suzuki-Hashido N, Tsuchida S, Sakamoto M, Hayakawa T, Azumano A, Seino S, Matsuda I, Ohkuma M, Ushida K. “Lactobacillus nasalidis sp. nov., isolated from the forestomach of a captive proboscis monkey (Nasalis larvatus)” International Journal of Systematic and Evolutional MIcrobiology 71, 004787, 202104, doi: 10.1099/ijsem.0.004787

Tourlousse DM, Narita K, Miura T, Sakamoto M, Ohashi A, Shiina K, Matsuda M, Miura D, Shimamura M, Ohyama Y, Yamazoe A, Uchino Y, Kameyama K, Arioka S, Kataoka J, Hisada T, Fujii K, Takahashi S, Kuroiwa M, Rokushima M, Nishiyama M, Tanaka Y, Fuchikami T, Aoki H, Kira S, Koyanagi R, Naito T, Nishiwaki M, Kumagai H, Konda M, Kasahara K, Ohkuma M, Kawasaki H, Sekiguchi Y, Terauchi J. “Validation and standardization of DNA extraction and library construction methods for metagenomics-based human fecal microbiome measurements” Microbiome 9, 95, 202104, doi: 10.1186/s40168-021-01048-3

Endoh R, Horiyama M, Ohkuma M. “D-Fructose Assimilation and Fermentation by Yeasts Belonging to Saccharomycetes: Rediscovery of Universal Phenotypes and Elucidation of Fructophilic Behaviors in Ambrosiozyma platypodis and Cyberlindnera americana” Microorganisms 9, 758, 202104, doi: 10.3390/microorganisms9040758

大熊盛也 “環境と健康の分野に有用な微生物の研究材料の整備” 生物の科学　遺伝 75, 560-565, 202111

 

公募班

Shimamori Y, Pramono AK, Kitao T, Suzuki T, Aizawa SI, Kubori T, Nagai H, Takeda S, Ando H “Isolation and Characterization of a Novel Phage SaGU1 that Infects Staphylococcus aureus Clinical Isolates from Patients with Atopic Dermatitis” Current Microbiology 78, 1267-1276, 2021.04,  doi: 10.1007/s00284-021-02395-y

Miho Hirai, Yoshihiro Takaki, Fumie Kondo, Masayuki Horie, Syun-ichi Urayama, Takuro Nunoura “RNA viral metagenome analysis from subnanogram dsRNA using fragmented and primer ligated dsRNA sequencing (FLDS)” Microbes and Environments 36, ME20152, 202105, doi: 10.1264/jsme2.ME20152

S. Hirano, S Ihara, S. Wakai, Y. Dotsuta, K. Otani, T. Kitagaki, F.Ueno, A.Okamoto “Novel Methanobacterium Strain Induces Severe Corrosion by Retrieving Electrons from Fe0 under a Freshwater Environment” Microorganisms 10, 10020270, 202201, doi: 10.3390/microorganisms10020270

W.Miran, X Long, W Huang, A Okamoto “Current Production Capability of Drug-Resistant Pathogen Enables Its Rapid Label-Free Detection Applicable to Wastewater-Based Epidemiology” Microorganisms 10, 10020472, 202202, doi: 10.3390/microorganisms10020472

Watanabe M, Igarashi K, Kato S, Kamagata Y, Kitagawa W “Complete Genome Sequence of Alphaproteobacteria bacterium Strain SO-S41, Isolated from Forest Soil” Microbiology Resource Announcements 10, e00536-21, 202107, doi: 10.1128/MRA.00536-21

Tomoe Kitao, Kohei Arasaki, Hiroki Nagai, and Tomoko Kubori. “Protocol for imaging proteins associated with Legionella-containing vacuoles in host cells” STAR Protocols 2, 100410, 202106, doi: 10.1016/j.xpro.2021.100410

北尾 公英，久堀 智子，永井 宏樹 “病原細菌レジオネラによるユビキチンを介した宿主小胞輸送システムの操作” 生化学 93, 835-839, 202106, doi: 10.14952/SEIKAGAKU.2021.930835

Takekawa N, Kubori T, Iwai T, Nagai H, Imada K “Structural basis of ubiquitin recognition by a bacterial OTU deubiquitinase LotA” Journal of Bacteriology 204, , 202201, doi: 10.1128/JB.00376-21

Kitao T, Kubori T, /u>Nagai H “Recent advances in structural studies of the Legionella pneumophila Dot/Icm type IV secretion system” Microbiology and Immunology 66, 67-74, 202201, doi: 10.1111/1348-0421.12951

Murata M, Kanamori R, Kitao T, Kubori T, Nagai H, Tagaya M, Arasaki K. “Requirement of phosphatidic acid binding for distribution of the bacterial protein Lpg1137 targeting syntaxin 17” Journal of Cell Science 135, , 202203, doi: 10.1242/jcs.259538

Takashima Y., Degawa Y., Nishizawa T., Ohta H., Narisawa K. “Aposymbiosis of a Burkholderiaceae-Related Endobacterium Impacts on Sexual Reproduction of Its Fungal Host” Microbes and Environments 35, , 202004, doi: 10.1264/jsme2.ME19167

Afri Herlambang, Yong Guo, Yusuke Takashima, Kazuhiko Narisawa, Hiroyuki Ohta, Tomoyasu Nishizawa ” Whole-genome sequence of Entomortierella parvispora E1425, a Mucoromycotan fungus associated with Burkholderiaceae-related endosymbiotic bacteria” Microbiology Resource Announcements 11, , 202201, doi: 10.1128/mra.01101-21

Tomoya Maeda, Hazuki Kotani, Chikara Furusawa “Morphological change of coiled bacterium Spirosoma linguale with acquisition of β-lactam resistance” Scientific Reports 11, 13278, 202106, doi: 10.1038/s41598-021-92787-8

Tomoya Maeda, Atsushi Shibai, Naomi Yokoi, Yumeko Tarusawa, Masako Kawada, Hazuki Kotani, Chikara Furusawa “Mutational property of newly identified mutagen L-glutamic acid γ-hydrazide in Escherichia coli” Mutation Research/Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis 823, 11759, 202107, doi: 10.1016/j.mrfmmm.2021.111759

Tomoya Maeda, Masako Kawada, Natsue Sakata, Hazuki Kotani, Chikara Furusawa “Laboratory evolution of Mycobacterium on agar plates for analysis of resistance acquisition and drug sensitivity profiles” Scientific Reports 11, 15136, 202107, doi: 10.1038/s41598-021-94645-z

Ryutaro Kawai, Yoshihiro Toya, Kenta Miyoshi, Manami Murakami, Teppei Niide, Takaaki Horinouchi, Tomoya Maeda, Atsushi Shibai, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu “Acceleration of target production in co‐culture by enhancing intermediate consumption through adaptive laboratory evolution” Biotechnology Bioengineering 119, 936-945, 202203, doi: 10.1002/bit.28007

Chiba Y, Oiki S, Zhao Y, Nagano Y, Urayama S, Hagiwara D* “Splitting of RNA-dependent RNA Polymerase is Common in Narnaviridae: Identification of a type II Divided-RdRp from Deep-Sea Fungal Isolates” Virus Evolution 7, veab095, 202111, doi: 10.1093/ve/veab095

Hirai, M. Takaki, Y. Kondo, F. Horie, M. Urayama, S. Nunoura, T. “RNA Viral Metagenome Analysis of Subnanogram dsRNA Using Fragmented and Primer Ligated dsRNA Sequencing (FLDS)” Microbes and Environments 36, ME20152, 202105, doi: 10.1264/jsme2.ME20152

Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada. “Umibato: estimation of time-varying microbial interaction using continuous-time regression hidden Markov model” Bioinformatics 37, i16-i24, 202107, doi: 10.1093/bioinformatics/btab287

Hitoshi Iuchi, Taro Matsutani, Keisuke Yamada, Shunsuke Sumi, Shion Hosoda, Shitao Zhao, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada “Representation learning applications in biological sequence analysis” Computational and Structural Biotechnology Journal 19, 3198-3208, 202105, doi: 10.1016/j.csbj.2021.05.039

Ma’ruf, I. F., Sasaki, Y., Kerbs, A., Nie?er, J., Sato, Y., Taniguchi, H., Okano, K., Kitani, S., Restiawaty, E., Akhmaloka, Honda, K. “Heterologous gene expression and characterization of two serine hydroxymethyltransferases from Thermoplasma acidophilum” Extremophiles 25, 393-402, 202107, doi: 10.1007/s00792-021-01238-9

Masuda S., Yaeno T.*, Shibata H., Yorozu S., Yamamoto S., Shirasu K “High-quality genome sequence resource of the taro pathogen Phytophthora colocasiae” Resource announcement 35, , 202202, doi: 10.1094/MPMI-05-21-0120-A

Matsui H., Nishimura T., Asai S., Masuda S., Shirasu K., Yamamoto M., Noutoshi Y., Toyoda K., and Ichinose Y. “Complete genome sequence of Pseudomonas amygdali pv. tabaci strain 6605, a causal agent of tobacco wildfire disease” Microbiology Resource Announcements 15, , 202107, doi: 10.1128/MRA.00405-21

Yazaki W., Shimasaki T., Aoki Y., Masuda S., Shibata A., Suda W., Shirasu K., Yazaki K., Sugiyama A. “Nitrogen deficiency-induced bacterial community shifts in soybean roots” Microbes and Environments 36, ME21004, 202107, doi: 10.1264/jsme2.ME21004

Shimasaki T., Masuda S., Oter R. G., Kawasaki T., Aoki Y., Shibata A., Suda W., Shirasu K., Yazaki K., Nakano R. T., Sugiyama A. “Tobacco root endophytic Arthrobacter harbors genomic features enabling the catabolism of host-specific plant specialized metabolites” mBio 12, , 202105, doi: 10.1128/mBio.00846-21

Gan P., Hiroyama R., Tsushima A., Masuda S., Shibata A., Ueno A., Kumakura N., Narusaka M., Hoat T., X., Narusawa Y., Takano Y., and Shirasu K. “Telomeres and a repeat-rich chromosome encode effector gene clusters in plant pathogenic Colletotrichum fungi” Environmental Microbiology 23, 6004-6018, 202103, doi: 10.1111/1462-2920.15490

Invited Talks

A01班

Shinsuke Shigeto, Nanako Kanno, Shingo Kato, Motomu Matsui, Metabolite analysis and machine learning-assisted discrimination of archaea and bacteria using minimally invasive single-cell Raman microspectroscopy, Japan Geoscience Union Meeting 2021 (日本地球惑星科学連合) 20210603, オンライン

菅野菜々子, 顕微ラマン分光を用いた１細胞分子情報解析による非破壊微生物識別法, 新学術領域研究「ポストコッホ生態」シンポジウム「もっと知りたい！ポストコッホ技術」 (新学術領域研究「ポストコッホ生態」) 20210702, オンライン

菅野菜々子, ラマン分光を用いた生体分子情報解析による微生物種識別, 2021年日本バイオインフォマティクス学会年会 (日本バイオインフォマティクス学会) 20210929, オンライン

重藤真介, ラマン分光で挑む新しい微生物学, 2021年度日本分光学会年次講演会 (日本分光学会) 20211015, オンライン

重藤真介, 微生物の種と機能を観るラマン顕微鏡：機械学習・マイクロ流体デバイスとの融合, 日本分光学会生細胞分光部会オンライン研究会 (日本分光学会生細胞分光部会) 20220315, オンライン

野村暢彦, 見えてきた微生物の集団性と不均一性?21世紀の微生物制御を目指して?, 理研BRC20周年記念シンポジウム「植物・微生物・共生セッション」 () ,

野村暢彦, バイオフィルムの理解と制御に向けて, 日本歯科保存学会2021年度秋季学術大会（第155回） () ,

豊福雅典, 細菌が放つ細胞外膜小胞, 大隈基礎科学財団　微生物コンソーシアム () ,

野村暢彦, バイオフィルムは細胞不均一性・自然突然変異株を生む場である, 第50回 薬剤耐性菌研究会 () ,

野村暢彦, メンブレンベシクルを介した新奇細菌間コミュニケーション, 第94回日本生化学会大会　セッション：1S06a [細胞外膜小胞による細胞応答　~微生物からヒトまで~］ () ,

豊福雅典, Applying single cell imaging to understand bacterial membrane vesicle transport, 日本農芸化学会2022年度大会 () ,

玉木秀幸, 未知の微生物を培養して新たな生命機能を探る, ACT-X「環境とバイオテクノロジー」領域－新学術領域「ポストコッホ生態」 合同シンポジウム (ACT-X「環境とバイオテクノロジー」領域
新学術領域「ポストコッホ生態」) 20210901, オンライン

玉木秀幸, 未知の腸内微生物を”培養”して新たな生物機能を探る -腸内マイクロバイオーム制御の実現に向けて- , 第44回日本分子生物学会 (日本分子生物学会) 20211202, パシフィコ横浜

玉木秀幸, Cultivation Renaissance: 未知の微生物を培養して新たな生命機能を探る, 第69会日本放線菌学会学術講演会 (日本放線菌学会学術講演会) 20220311, オンライン

中井亮佑、草田裕之、玉木秀幸, 培養アプローチで迫る未知・未培養微生物たちの実体, シンポジウム「もっと知りたい！ポストコッホ技術」 (新学術領域「ポストコッホ生態」) 20210702, オンライン

中井亮佑, 今こそ注目！すごい微生物たちの世界, The 59th Scienc-ome (ASG-Keio 慶應反分野的サイエンス会) 20210707, オンライン

中井亮佑, 植物マイクロバイオーム -マリモとコケ坊主の巨大化の謎解きから-, 生物多様性資源保全研究推進室セミナー (国立環境研究所) 20211207, オンライン

中井亮佑, 南極バクテリアの生態学, 南極生態学講義 (慶應義塾大学) 20210611, オンライン

稲橋佑起, 希少放線菌の分離、分類、二次代謝産物探索, 公益財団法人日本農芸化学中部支部第191回例会 (日本農芸化学会中部支部) 20201120, 静岡（日本語）

 

A02班

新谷政己, シングルセルレベルの解析技術を用いたプラスミドの動態解明 シングルセルレベルの解析技術を用いたプラスミドの動態解明, 日本農芸化学会2022年度大会 (日本農芸化学会), 20220317, オンライン

德田真穂，鈴木治夫，雪真弘，大熊盛也，金原和秀，新谷政己, 同一不和合性群に属するプラスミドの宿主域比較 同一不和合性群に属するプラスミドの宿主域比較, 第95回日本細菌学会総会 (日本細菌学会), 20220329, オンライン

新谷政己, シングルセルレベルの解析技術を用いたプラスミドの動態解明 シングルセルレベルの解析技術を用いたプラスミドの動態解明, 第95回日本細菌学会総会 (日本細菌学会), 20220329, オンライン

野尻 秀昭, 新しい技術で環境汚染物質分解微生物群集を探索する 新しい技術で環境汚染物質分解微生物群集を探索する, 日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会第五回講演会　～大規模データとインフォマティクスが拓く未培養微生物研究～ (日本生物工学会), 20220307, オンライン

沼館 美法，佐々 文洋，土肥 裕希，桝尾 俊介，竹下 典男，高谷 直樹, マイクロデバイスを用いた新たな微生物の分離培養法の構築 マイクロデバイスを用いた新たな微生物の分離培養法の構築, 2021年日本バイオインフォマティクス学会・第10回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2021） (日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)・日本オミックス医学会), 20210927, オンライン

高谷 直樹, まだまだ広がる微生物の世界 まだまだ広がる微生物の世界, 日本農芸化学会 2022年度大会 (日本農芸化学会), 20220315, オンライン

岩崎渉, データサイエンス化する生物学と海洋研究への展開 データサイエンス化する生物学と海洋研究への展開, 第16回東京大学の海研究シンポジウム　データ主導型海洋研究の可能性 ?国連海洋科学の10年の目標達成に向けて- (東京大学海洋アライアンス連携研究機構), 20211014, オンライン

岩崎渉, バイオインフォマティクス人材育成の現状と課題 バイオインフォマティクス人材育成の現状と課題, バイオインフォマティクス人材の最新潮流～ L×T bridge ニューフロンティア 編 vol.5 (一般社団法人ライフサイエンス・イノベーション・ネットワーク・ジャパン), 20210913, オンライン

岩崎渉, バイオインフォマティクスからみたオープンサイエンス バイオインフォマティクスからみたオープンサイエンス, ジャパン・オープンサイエンス・サミット2021 (国立情報学研究所), 20210618, オンライン

松井求, 未培養微生物研究におけるバイオインフォマティクスの役割 未培養微生物研究におけるバイオインフォマティクスの役割, 日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会第五回講演会 (日本生物工学会), 20220307, オンライン

Motomu Matsui, Revisiting Standard Methods for Phylogenetic Tree Inference Revisiting Standard Methods for Phylogenetic Tree Inference, RIKEN iTHEMS Biology Seminar (RIKEN iTHEMS), 20211216, オンライン

松井求, バイオインフォマティクスが駆動する微生物機能の探究 バイオインフォマティクスが駆動する微生物機能の探究, 大隅基礎科学創成財団第2回全体会 (大隅基礎科学創成財団), 20210727, オンライン

松井求, 微生物×生態×進化：”古い問題”に”新しい手法”で挑む 微生物×生態×進化：”古い問題”に”新しい手法”で挑む, 宇都宮大学C-Bioセミナー (宇都宮大学), 20210519, オンライン

松井求, バイオインフォマティクスが解き明かすポストコッホ生態系 バイオインフォマティクスが解き明かすポストコッホ生態系, IIBMP2021 (日本バイオインフォマティクス学会), 20210929, オンライン

松井求, アラインメントで問い直す系統樹推定の常識：GS法とNJ法 アラインメントで問い直す系統樹推定の常識：GS法とNJ法, 日本進化学会第23回大会 (日本進化学会), 20210818, オンライン

松井求、岩崎渉, 機能インフォマティクスが解き明かすポストコッホ生態系 機能インフォマティクスが解き明かすポストコッホ生態系, 新学術領域「ポストコッホ生態」第3回領域会議 (新学術領域「ポストコッホ生態」), 20210527, オンライン

伊藤 隆, アーキア研究とカルチャーコレクション アーキア研究とカルチャーコレクション, 日本Archaea研究会第33回講演会 (日本Archaea研究会), 20210717, オンライン

加藤 真悟, シングルセルソーティングの威力～鉄サイクルを駆動する微生物生態の新展開～ シングルセルソーティングの威力?鉄サイクルを駆動する微生物生態の新展開?, ポストコッホシンポジウム (ポストコッホ新学術領域), 20210716, オンライン

Shingo Kato, Research and Resource Development of Diverse Microorganisms in RIKEN-JCM Research and Resource Development of Diverse Microorganisms in RIKEN-JCM, Tsukuba Conference 2021 (筑波会議), 20210921, オンライン

橋本 陽, “Uncultured fungus”との死闘　－eDNA の実体を捉える－ “Uncultured fungus”との死闘　－eDNA の実体を捉える－, 日本菌学会第65回大会 (日本菌学会), 20210823, オンライン

 

公募班

青井 議輝,Jung Dawoon, 町田光史、中尾洋一, 難培養性微生物とは何か？どうしたら培養できるのか？, 日本生物工学会第73回大会 (日本生物工学会), 20211029, 沖縄（オンライン）

岡本　章玄, 電気細菌サイエンスの裾野を広げる電極培養の技術革新, 第21回マリンバイオテクノロジー学会大会 , 20210515,

岡本　章玄, ナノモル濃度添加剤によって微?物発電の?桁加速が進む細胞外電子移動メカニズム, 第82回応用物理学会秋季学術講演会 , 20210910,

岡本　章玄, 電気細菌の基礎と応用（環境・医療）をやる研究室, 微生物生態学会第34回大会 https://www2.aeplan.co.jp/jsme2021/index.html , 20211030,

岡本　章玄, レッドクス膜小胞による電気細胞機能の伝播, 第94回日本生化学大会 , 20211103,

岡本　章玄, 微量添加剤で加速する微生物電子移動プロセス, 環境発電関連技術の最先端 , 20211122,

岡本　章玄, 独自性。独自性。。研究の独自性とは？, 【JST/ACT-X】 「環境とバイオテクノロジー」領域 第２回領域会議 , 20211223,

加藤　節, 時空間的な環境制御が解き明かす細菌細胞の新たな性質, 日本農芸化学会2022年度京都大会 (日本農芸化学会), 20220316, オンライン

永井宏樹, Identification of novel microbes using cocultivation with Acanthamoeba, 日本農芸化学会2022年度大会 (日本農芸化学会), 20220317, 京都（オンライン）

永井宏樹, Identification of novel microbes using cocultivation with Acanthamoeba, 日本細菌学会第95回総会 (日本細菌学会), 20220329, 東京（オンライン）

成澤才彦, エンドファイト － 土着細菌共生系が作物生産を変える？, 日本植物病理学会第１６回 バイオコントロール研究会 (日本植物病理学会), 20220329, オンライン

野田尚宏, Water-in-oil ドロップレットを用いた微生物培養技術の開発, GIC2021年度　第71回研修セミナー (グリーンプロセスインキュベーションコンソーシアム(GIC)), 20210715, オンライン

野田尚宏, Water-in-oil (w/o)ドロップレットを活用した微生物培養技術の利用～微生物の相互作用の解析を見据えて～, 大隈基礎科学創生財団　微生物機能探求コンソーシアム定例会 (大隈基礎科学創生財団　微生物機能探求コンソーシアム), 20210915, オンライン

野田尚宏, w/oドロップレット培養技術を用いたナノスケール培養技術の開発・利用, もっと知りたい！ポストコッホ技術 (新学術領域「ポストコッホ生態」), 20210702, オンライン

前田　智也、古澤　力, 異種間相互作用による薬剤耐性進化ダイナミクスへの影響, 第15 回細菌学若手コロッセウム (細菌学若手コロッセウム), 20210830, オンライン

前田　智也、岩澤　諄一郎、古澤　力, 実験室進化による薬剤耐性進化ダイナミクスの解析, 2021年度第一回オンライン若手シンポジウム (日本生物工学会北日本支部会), 20210826, オンライン

前田　智也、古澤　力, マイクロバイオームの大規模継代培養実験による共生関係の解明, 第16回日本ゲノム微生物学会年会 (日本ゲノム微生物学会), 20220304, オンライン

 

International meetings

A01班

Shiyi Zhang, Joseph Wang, Kenshi Hayashi, Fumihiro Sassa, A Robotic Electrochemical Biosensor Based on Kinetic Electronics Technique, 2021 IEEE Sensors (IEEE) 202110, online

Arata Sawada, Fumihiro Sassa, Kenshi Hayashi, Estimation of Distributed Concentration of Mixed Gases Using Au/Ag Core-Shell 2D LSPR Gas Sensor, 2021 IEEE Sensors (IEEE) 202110, online

Xiao Ye, Tianshu Jiang, Lingpu Ge,?Fumihiro Sassa, Chuanjun Liu,?Kenshi Hayashi, Paper-based Chemiresistive Gas Sensor Using Molecularly Imprinted Sol-Gels for Volatile Organic Acids Detection, 2021 IEEE Sensors (IEEE) 202110, online

Lin Chen, Hao Guo,?Fumihiro Sassa, Bin Chen,?Kenshi Hayashi, Sers gas sensors based on multiple polymer films with high design flexibility for gas recognition, 2021 IEEE Sensors (IEEE) 202110, online

Shinsuke Shigeto, Nanako Kanno, Shingo Kato, Motomu Matsui, Machine learning-assisted single-cell Raman microspectroscopy for in situ prokaryotic classification in complex microbial populations, 11th International Conference on Advanced Vibrational Spectroscopy (ICAVS11) 20210825, オンライン

Toyofuku M, Bacterial communication through MVs, EMBO workshop () ,

Kikuchi Y, Toyofuku M,Obana N, Nomura N, Taoka A, High-speed AFM phase imaging visualized physical behavior of bacterial membrane vesicles in living bacterial cell surface, EMBO Workshop Bacterial membrane vesicles: Biogenesis, functions and medical applications () ,

玉木秀幸, Cultivation Renaissance in the Post-Metagenomics Era: Combining the New and Old, 2021 NeLLi-Symposium on New Lineages of Life (DOE-JGI (Joint Genome Institute, Department of Energy, USA), Berkeley, CA(Online), USA) 20211007, オンライン

Yohei Katsuyama, Biosynthesis of diazo group-containing natural products in actinobacteria, 4th European Conference on Natural Products (DECHEMA) 20210906, オンライン

Yohei Katsuyama, Analysis of the catalytic mechanism of geranyl pyrophosphate C-6 methyltransferase, BezA, The 6th A3 foresight online symposium on “Chemical and Synthetic Biology of Natural Products” () 20211204, オンライン

Yohei Katsuyama, Understanding the biosynthetic machineries utilizing thiotemplate system, Pacifichem 2021 (Pacifichem, Inc) 20211219, オンライン

 

A02班

Maho Tokuda, Haruo Suzuki, Masahiro Yuki, Moriya Ohkuma, Kazuhide Kimbara, Masaki Shintani, Plasmids in different subgroups of PromA group showed different host ranges, Plasmids Around the Globe 2021 (International Society for Plasmid Biology), 20210608, オンライン

Ifat Ara,Naoto Ogawa,Kazuhide Kimbara,Ryota Moriuchi,Hideo Dohra,Masaki Shintani, Isolation and characterization of 3-chlorobenzoate degrading bacteria from soil in Shizuoka, 12th ISAJ Annual hybrid Symposium-27Nov,2021 (Indian Scientist Association in Japan), 20211127, オンライン

Singh Shweta, Nakamichi Koichiro, Hiroyuki Futamata, Kazuhide Kimbara, Masaki Shintani, Host range of the IncN plasmid with antibiotic resistance genes captured from environmental samples , 12th ISAJ Annual hybrid Symposium-27Nov,2021 (Indian Scientist Association in Japan), 20211127, オンライン

Maho Tokuda, Haruo Suzuki, Masahiro Yuki, Moriya Ohkuma, Kazuhide Kimbara, Masaki Shintani, Comparison of host range of plasmids with different nucleotide compositions belonging to the same incompatibility group, 8th International Symposium toward the Future of Advanced Researches in Shizuoka University (静岡大学), 20220221, オンライン

Kosuke Kuno, Kazuhide Kimbara, Masaki Shintani, Oxygen causes higher transconjugant frequency of plasmids, 8th International Symposium toward the Future of Advanced Researches in Shizuoka University (ISFAR-SU2022) (静岡大学), 20220221, オンライン

Honoka Umeki, Maho Tokuda, Masahiro Yuki, Moriya Ohkuma, Kazuhide Kimbara, Masaki Shintani, Characterization of novel IncP-1 plasmids to understand their behaviors in nature, 8th International Symposium toward the Future of Advanced Researches in Shizuoka University (ISFAR-SU2022) (静岡大学), 20220221, オンライン

Ifat Ara, Naoto Ogawa, Kazuhide Kimbara, Ryota Moriuchi, Hideo Dohra, Masaki Shintani, Isolation and characterization of 3-chlorobenzoate(3-CB) degrading bacteria from soils in Shizuoka, 8th International Symposium toward the Future of Advanced Researches in Shizuoka University (ISFAR-SU2022) (静岡大学), 20220221, オンライン

Singh Shweta, Nakamichi Koichiro, Hiroyuki Futamata, Kazuhide Kimbara, Masaki Shintani, Host range of the IncN plasmid with antibiotic resistance genes captured from environmental samples, 8th International Symposium toward the Future of Advanced Researches in Shizuoka University (ISFAR-SU2022) (静岡大学), 20220221, オンライン

Aya Takashima, Huiting Zhang, Hibiki Kawano, Chiho Suzuki-Minakuchi, Kazunori Okada, Hideaki Nojiri, Adaptation process of host to plasmid carriage revealed by transcriptome analysis, Plasmids Around the Globe 2021 (International Society for Plasmid Biology), 20210608, オンライン

C. Suzuki-Minakuchi, N. Yamamoto, S. Takahira, M. Yamaguchi, Y. Takeda, K. Okada, S. Shigeto, H. Nojiri, Transcriptional Fluctuation of Catabolic Genes of a Plasmid Results in the Variation of Catabolic Activities at Single-Cell Level in Host Bacterial Population, World Microbe Forum (American Society for Microbiology, Federation of European Microbiological Societies), 2021620-24, オンライン

M. Honjo, K. Suzuki, K. Amano, Y. Saito, K. Takeda, M. Kimura, H. Ishizawa, Y. Tashiro, H. Futamata, Fluctuation of Bacterial Interactions Enables Coexistence of Different Bacterial Strains in Chemostat Conditions, World Microbe Forum (American Society for Microbiology, Federation of European Microbiological Societies), 2021620-24, オンライン

A. Mohd Din, K. Suzuki, K. Amano, M. Kimura, H. Ishizawa, Y. Tashiro, H. Futamata, Collapse of Phenol-utilizing Bacterium Comamonas testosteroni Strain R2 Under a Chemostat Condition Supplied with Phenol as Sole Carbon Source, World Microbe Forum (American Society for Microbiology, Federation of European Microbiological Societies), 2021620-24, オンライン

Gayan Abeysinghe, Meng Wu, Shunsuke Masuo, Naoki Takaya, Norio Takeshita, Exploring the Divergence of Interactions between Fungi and Bacteria, 31st Fungal genetics conference (Genetics Society of America), 20220315, オンライン

Hisayoshi HAYASHI, Agruculture Promote Human Wellbeing and Supports the Preservation of Life Culture, The 7th International Conference on Agricultural and Biological Sciences (Macao Convention and Exhibition Association), 20210809, オンライン

Wataru Iwasaki, Impact of AlphaFold2 on orthology inference, The 6.5th Quest for Orthologs Meeting (QUEST FOR ORTHOLOGS), 20210802, オンライン

Moriya Ohkuma, Sustainable development of JCM and contribution to microbial research community, WFCC and WDCM Global Catalogue of Microorganisms Online Workshop (World Federation of Culture Collections and World Data Center of Microorganisms), 20211216, オンライン

Rikiya Endoh, Sayaka Ban, Masahiro Hayashi, Kaori Tanaka, Takashi Yaguchi, Moriya Ohkuma, Development of MALDI-TOF MS data that enables rapid identification of various microbes, ANRRC 2021 Conference (The Asian Network of Research Resource Centers), 20211026, タイ（オンライン）

Moriya Ohkuma, Sustainable development of JCM as a microbial resource center over the pandemic era, ANRRC 2021 Conference (The Asian Network of Research Resource Centers), 20211026, タイ（オンライン）

 

公募班

Shingo Sadahiro, Atsushi Tamura, Chiho Murakami, Setsu Kato, Yutaka Nakashimada, Tomonori Kindaichi, Akiyoshi ohashi, Yoshiteru Aoi, Linking uncultivability of Nitrospira to their environmental adaptation, International Conference on Nitrification 2021 – ICoN7 (国際硝化会議), 20210719, オンライン

岡本　章玄, Electron uptake mechanism via iron sulfide nanoparticle in sulfate-reducing bacteria, The 2021 Symposium on Geomicrobiology　(SGM2021) (), 20210528,

岡本　章玄, Extracellular electron transport mechanism in new electrogenic microbes: Iron corrosion bacteria and pathogen, SGM2021(the 2021 symposium on Geomicrobiology) (), 20210702,

岡本　章玄, Activation of microbial metabolism in periodontal pathogens by redox-active membrane vesicle, The 2021 IADR/AADR/CADR General Session https://www.iadr.org/2021iags (), 20210721,

岡本　章玄, UNDERSTANDING VIRAL LYSIS AND LYSOGENY IN THE DEEP-SEA, the 10th Annual Joint Academic Microbiology Symposium (), 20210823,

岡本　章玄, MIC-research: are we barking up the right trees?, IBBS 18 (International Biodeterioration & Biodegradation Symposium) (), 20210906,

岡本　章玄, Quick and low-cost Electrochemical Sensor Targeting the Activity of Specific Metabolism in Microbiome, Healthy Longevity Global Innovator Summit (Day1) (), 20210913,

岡本　章玄, Extracellular Electron Transport Mechanisms in Iron Corrosion Bacteria, MATERIALS RESEARCH MEETING 2021 (MRM2021) (), 20211213,

岡本　章玄, Outer membrane vesicle released from electrogenic pathogen, Virtual Pacifichem 2021: A Creative Vision for the Future https://pacifichem.digitellinc.com/pacifichem. (), 20211216,

A01班

佐々文洋, 化学／生物学分析の為のBioMEMSと応用ロボット研究, 文部科学大臣表彰　若手科学者賞, 202104, 文部科学省, 日本

菅野菜々子, 顕微ラマン分光法と機械学習による1細胞レベル?破壊微?物種識別法の開発, 山田晴河記念賞, 202112, 関西学院大学理工学研究科, 日本

豊福雅典, , 第20回 日本農学進歩賞, 202111, 日本農学進歩賞選考委員会,

豊福雅典, , 弟31回 つくば奨励賞, 202103, 茨城県科学技術振興財団,

永久保利紀、浅水俊平、山本達也、豊福雅典、野村暢彦、尾仲宏康, , 日本農芸化学会2021年度大会 トピックス賞, 202203, 日本農芸化学会,

道盛裕太, 超好熱性アーキアにおけるアーキア型光呼吸経路の全容解明と、関連する代謝経路の探索, 工学研究科馬詰研究奨励賞, 202107, 京都大学大学院工学研究科, 日本

 

A02班 

德田真穂，鈴木治夫，雪真弘，大熊盛也，金原和秀，新谷政己, 同一不和合性群に属する塩基組成の異なるプラスミドの宿主域比較, ASM Best Poster Award, 202108, American Society for Microbiology, 日本

山本雪絵，陶山哲志，髙木妙子，大田悠里，野田尚宏，金原和秀，新谷政己, 湖底泥試料からPromA群プラスミドの「オリジナル宿主」を同定する, 優秀ポスター発表賞（学部・修士課程学生の部）, 202111, 日本微生物生態学会第34回大会, 日本

Ifat Ara, Naoto Ogawa, Kazuhide Kimbara, Ryota Moriuchi, Hideo Dohra, Masaki Shintani, Isolation and characterization of 3-chlorobenzoate degrading bacteria from soil in Shizuoka, Best Presentation Award, 202111, 12th ISAJ Symposium, 日本

Kentaro Ochi, Maho Tokuda, Kosuke Yanagiya, Chiho Suzuki-Minakuchi, Hideaki Nojiri, Masahiro Yuki, Moriya Ohkuma, Kazuhide Kimbara, Masaki Shintani, Oxygen concentration affects frequency and range of transconjugants for the incompatibility (Inc) P-1 and P-7 plasmids pBP136 and pCAR1, B.B.B.論文賞, 202202, 日本農芸化学会, 日本

岸上 佳保里、楊 重陽、大田 悠里、森田 雅宗、松倉 智子、陶山 哲志、水口 千穂、岡田 憲典、野田 尚宏、野尻 秀昭, Water-in-oilドロップレット培養の多環芳香族炭化水素分解菌群取得への応用, トピックス賞, 202109, 環境バイオテクノロジー学会, 日本

鈴木研志, 上原悠太郎, 栗栖太, 野尻秀昭, 基質競合下における代謝ネットワークの進化と微生物共存, 大会トピックス選出, 202110, 日本生物工学会, 日本

前田 典歩（前田 典歩，土肥 裕希，高谷 直樹）, 細菌によるルマジン分解機構の解明, 若手優秀発表賞, 202108, 日本農芸化学会 関東支部, 日本

高橋一樹、桑原宏和、堀川雄太郎、伊澤和輝、雪真弘、大熊盛也、本郷裕一, 細胞内寄生性Clostridiales目細菌の生存戦略と進化プロセス, 若手優秀発表賞, 202111, 日本共生生物学会, 日本

Rikiya Endoh, Sayaka Ban, Masahiro Hayashi, Kaori Tanaka, Takashi Yaguchi, Moriya Ohkuma, Development of MALDI-TOF MS data that enables rapid identification of various microbes, Best Poster Award, 202110, The Asian Network of Research Resource Centers, タイ（online 開催）

加藤真吾、大熊盛也, 淡水性環境中の鉄サイクルを駆動する新規鉄酸化・還元細菌の探索, 優秀発表賞, 202107, 日本微生物資源学会, 日本

遠藤力也（理研BRC微生物材料開発室）, 新規酵母類リソースの開発と品質管理を通じた微生物リソースの高付加価値化, 日本微生物資源学会奨励賞, 202106, 日本微生物資源学会, 日本

押田祐美（理研BRC微生物材料開発室）, 理研BRC-JCMにおける好気性細菌のリソース整備, 日本微生物資源学会技術賞, 202106, 日本微生物資源学会, 日本

 

公募班 

高島 勇介, クサレケカビ属菌における菌類ー細菌共生体に関する研究, 日本菌学会奨励賞, 202108, 一般社団法人日本菌学会, 日本

Yusuke Takashima, Yousuke Degawa, Tomoyasu Nishizawa, Hiroyuki Ohta, and Kazuhiko Narisawa, Aposymbiosis of a Burkholderiaceae-Related Endobacterium Impacts on Sexual Reproduction of Its Fungal Host, 選考委員会特別賞, 202111, 日本微生物生態学会, 日本

黒木美沙, マイコウイルスが Aspergillus flavus の表現型に与える影響の普遍性を解明する, 企業特別賞（キッコーマン特別賞）, 202111, キッコーマン株式会社,

A01班

中井 亮佑 「遺伝学の百科事典 – 継承と多様性の源」 環境ゲノミクス, 358-359, 丸善出版, 分担, 日本語

 

A02班

新谷政己 【微生物リソースの利用者から】「環境中におけるプラスミドの伝播現象の解明－微生物カルチャーコレクション（JCM株）を用いた試み－」 遺伝：生物の科学 特集-11,75(6), 566-573, NTS出版, 共著, 日本語

 

公募班

成澤才彦 「見えてきた？菌類と細菌の協働作業」生物工学会誌 100(2), 86, 公益社団法人日本生物工学会 , 単著, 日本語

本郷裕一 「遺伝学の百科事典」 腸内細菌の進化と多様性, 556-557, 丸善出版, 分担, 日本語

A01班

SASSA Fumihiro, TAKEI Osamu, MOGI Hajime 「MANIPULATION APPARATUS AND MANIPULATION METHOD」 公開番号: US 20210388299 A1 (US Patent)

 

公募班

岡本 章玄 「ウェルプレート密閉用の蓋、及び、ウェルプレートセット」 出願番号: 2021-070816 出願人: 国立研究開発法人物質・材料研究機構

岡本 章玄 「マルチウェルプレート、ウェルプレートキット、及び、タンパク質の結晶化方法」 出願番号: 2021-099814 出願人: 国立研究開発法人物質・材料研究機構

岡本 章玄、ナラダス ディビア 「インプラント周囲炎治療装置、及び、バイオフィルムの活性調整方法」 出願番号: 2021-099813 出願人: 国立研究開発法人物質・材料研究機構

岡本 章玄、ミラン ワヒード 「バイオフィルムの活性調整方法」 出願番号: 2021-099812 出願人: 国立研究開発法人物質・材料研究機構

トウ ギョウ、岡本章玄 「監視対象物の劣化診断方法」 出願番号: 2021-099811 出願人: 国立研究開発法人物質・材料研究機構

岡本 章玄、ミラン ワヒード 「歯周病の体外診断方法、及び、Ｐｇ菌検出方法」 出願番号: 2021-107163 出願人: 国立研究開発法人物質・材料研究機構

岡本 章玄 「ウィルス核酸の測定方法、ウィルス核酸測定装置、プログラム、センサ、積層電極、及び、電極付き基板」 出願番号: PCT/JP2021/031778 出願人: 国立研究開発法人物質・材料研究機構

岡本 章玄、高野 壮太朗 「膜小胞の検出方法、バイオマーカー配列の探索方法、膜小胞検出装置、バイオマーカー配列探索装置、プログラム、及び、コンピュータ」 出願番号: 2021-151385 出願人: 国立研究開発法人物質・材料研究機構

岡本 章玄、下川 航平 「マルチウェルプレート、電気化学測定方法、測定装置、自動測定システム、及び、製造方法」 出願番号: 2021-163257 出願人: 国立研究開発法人物質・材料研究機構

岡本 章玄 「ゲノム解析方法」 出願番号: PCT/JP2021/045487 出願人: 国立研究開発法人物質・材料研究機構

A01班

佐々文洋, 「微細加工技術であそぼう！」 公開講座　九州大学 大学院システム情報科学研究院　中学生の科学実験教室 （主催：九州大学 大学院システム情報科学研究院） 202108, 九州大学伊都キャンパス （日本語）

重藤真介, 「ラマン分光がもたらす 微生物研究の新展開」 大隅基礎科学創成財団微生物コンソーシア定例会 （主催：大隅基礎科学創成財団） 20211215, オンライン （日本語）

Haruyuki Atomi, 「The Extremes of Life: Microbes and Their Diversity」 edX Courses （主催：edX） 随時, オンライン （英語）

大西 康夫, 「希少放線菌の胞子嚢を構成する新規生体成分およびその合成と分解に関わる酵素に関する研究」 公益財団法人長瀬科学技術振興財団 2020年度 長瀬研究振興賞受賞者 研究成果発表会 （主催：公益財団法人長瀬科学技術振興財団） 20210423, オンライン （日本語）

大西 康夫, 「なぜ放線菌という生き物を研究しているのか」 加藤記念バイオサイエンス振興財団 第33回研究助成贈呈式・特別講演会 （主催：加藤記念バイオサイエンス振興財団） 20220304, オンライン （日本語）

 

A02班

野尻秀昭, 「微生物間の相互作用～環境を浄化する微生物“群”の重要性」 東京都立新宿高校大学訪問 （主催：新宿高校） 20210729, 東京大学 （日本語）

野尻秀昭, 「微生物間の相互作用～環境を浄化する微生物“群”の重要性」 埼玉県立熊谷女子高校大学訪問 （主催：熊谷女子高校） 20211115, 東京大学 （日本語）

野尻秀昭, 「環境の微生物学」 富山県立富山高校第2学年研修 （主催：富山高校） 20210819, リモート （日本語）

Hideaki Nojiri, 「Environmental Microbiology 2022」 The International Postgraduate Program in Hazardous Substance and Environmental Management （主催：Chularongkorn University (Bangkok, Thailand)） 20220212-20220224, リモート （英語）

大津 厳生, 「硫黄研究の可能性～ようこそサルファーワールドへ～」 フードビジネス研究会 （主催：フードビジネス研究会） 20211215, 東京 （日本語）

大津 厳生，河野 祐介，鈴木 健吾, 「サルファーインダストリーの創出」 超異分野学会東京大会2022 （主催：株式会社リバネス） 20220304, 東京 （日本語）

松井求, 「データサイエンスとしての生物学」 最先端バイオ研究室探訪シリーズ （主催：慶應義塾大学先端生命科学研究所） 20220227, オンライン （日本語）

 

公募班

青井議輝, 「未知微生物という広大なフロンティアを開拓する」 出張講義 （主催：広島市立中等教育学校） 20210909, オンライン（広島市） （日本語）

野田尚宏, 「Water-in-oil ドロップレットを用いた微生物培養技術の開発」 GIC2021年度　第71回研修セミナー （主催：グリーンプロセスインキュベーションコンソーシアム(GIC)） 20210715, オンライン （日本語）

野田尚宏, 「Water-in-oil (w/o)ドロップレットを活用した微生物培養技術の利用～微生物の相互作用の解析を見据えて?」 大隈基礎科学創生財団　微生物機能探求コンソーシアム定例会 （主催：大隈基礎科学創生財団　微生物機能探求コンソーシアム） 20210915, オンライン （日本語）

野田尚宏, 「w/oドロップレット培養技術を用いたナノスケール培養技術の開発・利用」 もっと知りたい！ポストコッホ技術 （主催：新学術領域「ポストコッホ生態」） 20210702, オンライン （日本語）

本郷裕一, 「シロアリはなぜ木だけを食べて生きられるのか？」 市民講座「地球の多様性を支える仕組み」 （主催：大隅基礎科学創成財団） 20200828, オンライン （日本語）

本郷裕一, 「シロアリはなぜ木だけを食べて生きられるのか」 JT生命誌研究館研究員セミナー （主催：JT生命誌研究館） 20220219, YouTube配信 （日本語）

 

～その他～

重藤真介 「AIで微生物の種を見分ける―“細胞の指紋”に基づく高精度・迅速識別法」 月刊『化学』vol. 76, 72-73, 202110 （日本語）

佐藤喬章 「若手研究者からのメッセージ」 日本化学会バイオテクノロジー部会 NEWS LETTER 25(1) 14-18, 202108 （日本語）

佐藤喬章 「アーキアとは何ぞや？」 生物工学会誌、続・生物工学基礎講座－バイオよもやま話－ 99(11), 592-595 , 202111 （日本語）

大津厳生 「宇宙滞在が招く酸化ストレス　健康な宇宙生活のてがかりに」 筑波大学新聞 第368号, 202201 （日本語）

黒澤亮，杉本良太，今井裕恵，阿閉耕平，山田康嗣，河野祐介，大津厳生，鈴木健吾 「宇宙飛行は生物の抗酸化能を低下させる～宇宙で健康的に活動するための重要な手掛かりに～」 筑波大学プレス発表, 202111 （日本語）

黒澤亮，杉本良太，今井裕恵，阿閉耕平，山田康嗣，河野祐介，大津厳生，鈴木健吾 「当社が参加した、JAXA2019年度選定「きぼう」利用マウスサンプルシェアテーマ「含硫代謝物および遺伝子発現を指標にした無重力が酸化還元状態に及ぼす影響の解明」の組織解析の成果が論文掲載されました」 株式会社ユーグレナプレス発表, 202111 （日本語）

黒澤亮，杉本良太，今井裕恵，阿閉耕平，山田康嗣，河野祐介，大津厳生，鈴木健吾 「2019年度選定「きぼう」利用マウスサンプルシェアテーマ「含硫代謝物および遺伝子発現を指標にした無重力が酸化還元状態に及ぼす影響の解明」の組織解析の成果が論文掲載されました」 JAXAプレス発表, 202111 （日本語）

W. Miran, D. Naradasu, A. Okamoto 「Pathogens electrogenicity as a tool for in-situ metabolic activity monitoring and drug assessment in biofilms」 iScience 24(2), 102068, 202101 （英語）

岡本章玄 「Focus　科学者の探求心にせまる　電気を流す“電気細菌”を研究！メカニズム解明やその利用法の開発に挑む」 ミルシル 14(5), 18-21, 202109 （日本語）

岡本章玄 「電気細菌が産生する膜小胞の機能と電気共生」 実験科学増刊EVｓ細胞外小胞の生物学 39 (20), 132-138, 202112 （日本語）

X. Deng, D. Luo, A. Okamoto 「Defined and unknown roles of conductive nanoparticles for the enhancement of microbial current generation: A review」 Bioresource Technology, 126844, 202202 （英語）

Research articles/Reviews 　International meetings/Invited talks 

Awards 　Books　Patents 　Outreach activities

A01班
L. Ge, X. Ye, B. Chen, C. Liu, H. Guo, F. Sassa, K. Hayashi “Chemiresistor sensor matrix prepared by full-printing processes” Flexible and Printed Electronics, 6(1) 15013, 2021.03, doi: 10.1088/2058-8585/abec19

Mitsuru Yasuda, Norio Takeshita, and Shinsuke Shigeto, “Deuterium-labeled Raman tracking of glucose accumulation and protein metabolic dynamics in Aspergillus nidulans hyphal tips” Scientific Reports, 11(-) 1279, 2021.01, doi: 10.1038/s41598-020-80270-9

Hiroto Horiue, Mai Sasaki, Yuki Yoshikawa, Masanori Toyofuku, and Shinsuke Shigeto “Raman spectroscopic signatures of carotenoids and polyenes enable label-free visualization of microbial distributions within pink biofilms” Scientific Reports, 10(-) 7704, 2020.05, doi: 10.1038/s41598-020-64737-3

Shogo Toda, Naoya Yanagita, Efat Jokar, Eric Wei-Guang Diau, and Shinsuke Shigeto “Inter- and Intragrain Inhomogeneity in 2D Perovskite Thin Films Revealed by Relative Grain Orientation Imaging Using Low-Frequency Polarized Raman Microspectroscopy” The Journal of Physical Chemistry Letters, 11(10) 3871-3876, 2020.05, doi: 10.1021/acs.jpclett.0c00992

Takayuki Hiraoka and Shinsuke Shigeto “Interactions of water confined in a metal-organic framework as studied by a combined approach of Raman, FTIR, and IR electroabsorption spectroscopies and multivariate curve resolution analysis” Physical Chemistry Chemical Physics, 22(32) 17798-17806, 2020.08, doi: 10.1039/D0CP02958K

Yuki Yoshikawa and Shinsuke Shigeto “A Simple Calibration Method of Anti-Stokes-Stokes Raman Intensity Ratios Using the Water Spectrum for Intracellular Temperature Measurements” Applied Spectroscopy, 74(10) 1295-1300, 2020.10, doi: 10.1177/0003702820933908

重藤真介 「微生物1細胞および集団のラマン分光イメージング」生物工学, 98(7) 353-356, 2020.07, pdf

Nagakubo, T., Tahara YO, Miyata M, Nomura N, Toyofuku M “Mycolic acid-containing bacteria trigger distinct types of membrane vesicles through different route” iScience, 24(1) 102015, 2021.01, doi: 10.1016/j.isci.2020.102015

Komaba K, Nomura N, Goto H “Electrochemical polymerization in a biological communication material” International Journal of Polymeric Materials and Polymeric Biomaterials, -(-) -, 2020.09, doi: 10.1080/00914037.2020.1809408

Morinaga, K., Nagakubo, T., Nomura, N., Toyofuku, M. “Involvement of membrane vesicles in long-chain-AHL delivery in Paracoccus species” Environmental Microbiology Reports, 12(3) 355-360, 2020.04, doi: 10.1111/1758-2229.12843

Inaba T, Obana, N., Habe, H., and Nomura, N. “Biofilm Formation by Streptococcus mutans is Enhanced by Indole via the Quorum Sensing Pathway” Microbes and Environments, 35(2) ME19164 ,2020.04, doi: 10.1264/jsme2.ME19164

Tomohiro Hirayama, Kyosuke Takabe, Tatsunori Kiyokawa, Nobuhiko Nomura, and Yutaka Yawata “Reconstruction of Single-Cell Innate Fluorescence Signature by Confocal Microscopy” Journal of Visualised Experiments, 159(-) e61120, 2020.05, doi: 10.3791/61120

Nguyen, B.V.G., Nagakubo, T., Toyofuku, M., Nomura, N., and Utada, A.S. “Synergy between Sophorolipid Biosurfactant and SDS Increases the Efficiency of P. aeruginosa Biofilm Disruption” Langmuir, 36(23) 6411-6420, 2020.06, doi: 10.1021/acs.langmuir.0c00643

Yang, J., Yang, Y., Ishii, M., Nagata, M., Aw, W., Obana, N., Tomita, M., Nomura, N., and Fukuda, S. “Does the Gut Microbiota Modulate Host Physiology through Polymicrobial Biofilms?” Microbes and Environments, 35(3) ME20037, 2020.06, doi: 10.1264/jsme2.ME20037

Obana, N., Nakamura, K., and Nomura, N. “Temperature-regulated heterogeneous extracellular matrix gene expression defines biofilm morphology in Clostridium perfringens” NPJ Biofilms and Microbiomes, 6(1) 29, 2020.07, doi: 10.1038/s41522-020-00139-7

Nagasawa, R., Sato, T., Nomura, N., Nakamura, T., and Senpuku, H. “Potential risk to spread resistant genes within the extracellular DNA-dependent biofilm of Streptococcus mutans in response to cell envelope stress induced by sub-MIC of bacitracin” Applied and Environmental Microbiology, 86(16) e00770-20, 2020.08, doi: 10.1128/AEM.00770-20

Abeysinghe, G., Kuchira, M., Kudo, G., Masuo, S., Ninomiya, A., Takahashi, K., Utada, A.S., Hagiwara, D., Nomura, N., Takaya, N., Obana, N., and Takeshita, N. “Fungal mycelia and bacterial thiamine establish a mutualistic growth mechanism” Life Science Alliance, 3(12) e202000878, 2020.09, doi: 10.26508/lsa.202000878

Nagasawa, R., Yamamoto, T., Utada, A.S., Nomura, N., and Obana, N. “Competence-stimulating-peptide-dependent localized cell death and extracellular DNA production in Streptococcus mutans biofilms” Applied and Environmental Microbiology, 86(23) AEM02080-20, 2020.11, doi: 10.1128/AEM.02080-20

Sakamoto, S., Nobu, M.K., Mayumi, D., Tamazawa, S., Kusada, H., Yonebayashi, H., Iwama, H., Ikarashi, M., Wakayama, T., Maeda, H., Sakata, S., Tamura, T., Nomura, N., Kamagata, Y., and Tamaki, H. “Koleobacter methoxysyntrophicus gen. nov., sp. nov., a novel anaerobic bacterium isolated from deep subsurface oil field and proposal of Koleobacteraceae fam. nov. and Koleobacterales ord. nov. within the class Clostridia of the phylum Firmicutes” Systematic Applied Microbiology, 44(1) 126154, 2021.01, doi: 10.1016/j.syapm.2020.126154

Vitale, A., Paszti, S., Takahashi, K., Toyofuku, M., Pessi ,G., and Eberl, L. “Mapping of the Denitrification Pathway in Burkholderia thailandensis by Genome-Wide Mutant Profiling” Journal of Bacteriology, 202(23) e00304-20, 2020.11, doi: 10.1128/JB.00304-20

Yamamoto K, Kusada H, Kamagata Y, Tamaki H “Parallel evolution of enhanced biofilm formation and phage-resistance in Pseudomonas aeruginosa during adaptation process in spatially heterogeneous environments” Microorganisms, 9(3) 569, 2021.03, doi: 10.3390/microorganisms9030569

Tomoki Iwashita, *Yasuhiro Tanaka, Hideyuki Tamaki, Yasuko Yoneda, Ayaka Makino, Yuka Tateno, Yan Li, Tadashi Toyama, Yoichi Kamagata, Kazuhiro Mori “Comparative Analysis of Microbial Communities in Fronds and Roots of Three Duckweed Species: Spirodela polyrhiza, Lemna minor, and Lemna aequinoctialis” Microbes and Environments, 35(3) ME20081, 2020.07, doi: 10.1264/jsme2.ME20081

Tomoki Iwashita, Yasuhiro Tanaka, Hideyuki Tamaki, Ryosuke Nakai, Yasuko Yoneda, Ayaka Makino, Tadashi Toyama, Yoichi Kamagata, Masaaki Morikawa, Kazuhiro Mori “Isolation and Characterization of Novel Plant Growth-Promoting Bacteria from the Fronds of Duckweed” Jpn J. Water Treat. Biol., 57(1) 1-9, 2021.01, doi: 10.2521/jswtb.57.1

Yu Nakajima, Keiichi Kojima, Yuichiro Kashiyama, Satoko Doi, Ryosuke Nakai, Yuki Sudo, Kazuhiro Kogure, Susumu Yoshizawa “Bacterium lacking a known gene for retinal biosynthesis constructs functional rhodopsins” Microbes and Environments, 35(4) ME20085, 2020.12, doi: 10.1264/jsme2.ME20085

David W Waite, Maria Chuvochina, Claus Pelikan, Donovan H Parks, Pelin Yilmaz, Michael Wagner, Alexander Loy, Takeshi Naganuma, Ryosuke Nakai, William B Whitman, Martin W Hahn, Jan Kuever, Philip Hugenholtz “Proposal to reclassify the proteobacterial classes Deltaproteobacteria and Oligoflexia, and the phylum Thermodesulfobacteria into four phyla reflecting major functional capabilities” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 70(11) 5972-6016, 2020.12, doi: 10.1099/ijsem.0.004213

Sho Shimada*, Ryosuke Nakai*, Kotaro Aoki, Norifumi Shimoeda, Giichiro Ohno, Yasunari Miyazaki, Sakae Kudoh, Satoshi Imura, Kentaro Watanabe, Yoshikazu Ishii, and Kazuhiro Tateda (*equal contribution) “Complete genome sequence of novel psychrotolerant Legionella strain TUM19329, isolated from Antarctic lake sediment” Microbiology Resource Announcements, 9(16) e00253-20,,2020.04, doi: 10.1128/MRA.00253-20

Ryosuke Nakai  “Size Matters: Ultra-small and Filterable Microorganisms in the Environment” Microbes and Environments, 35(2) ME20025, 2020.06, doi: 10.1264/jsme2.ME20025

Ryosuke Nakai, Takeshi Naganuma, Nozomi Tazato, Sho Morohoshi, and Tomomi Koide “Cell Plasticity and Genomic Structure of a Novel Filterable Rhizobiales Bacterium that Belongs to a Widely Distributed Lineage” Microorganisms, 8(9) 1373, 2020.09, doi: 10.3390/microorganisms8091373

Shunsuke Tomita, Hiroyuki Kusada, Naoshi Kojima, Sayaka Ishihara, Koyomi Miyazaki, Hideyuki Tamaki, and Ryoji Kurita “Polymer-based chemical nose systems for optical pattern recognition of gut microbiota” ChemRxiv, 2020.07, doi: 10.26434/chemrxiv.12649826.v1

Ren-Chao Zheng, Xia-Feng Lu, Hiroya Tomita, Shin-Ichi Hachisuka, Yu-Guo Zheng, Haruyuki Atomi “TK1211 encodes an amino acid racemase towards leucine and methionine in the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis” Journal of Bacteriology, 203(7) e00617-20, 2021.03, doi: 10.1128/JB.00617-20

Gabriel V Pereira, Ahmed M Abdel-Hamid, Soumajit Dutta, Corina N D’Alessandro-Gabazza, Daniel Wefers, Jacob A Farris, Shiv Bajaj, Zdzislaw Wawrzak, Haruyuki Atomi, Roderick I Mackie, Esteban C Gabazza, Diwakar Shukla, Nicole M Koropatkin, Isaac Cann “Degradation of complex arabinoxylans by human colonic Bacteroidetes” Nature Communications, 12(1) 459, 2021.01, doi: 10.1038/s41467-020-20737-5

Jian-Qiang Jin, Shin-Ichi Hachisuka, Takaaki Sato, Tsuyoshi Fujiwara, Haruyuki Atomi “Identification of a structurally novel lipoyl synthase in the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis” Applied and Environmental Microbiology, 86(23) e01359-20, 2020.11, doi: 10.1128/AEM.01359-20

Isaac Cann, Gabriel V. Pereira, Ahmed M. Abdel-Hamid, Heejin Kim, Daniel Wefers, Boniface B. Kayang, Tamotsu Kanai, Takaaki Sato, Rafael C. Bernardi, Haruyuki Atomi, and Roderick I. Mackie “Thermophilic degradation of hemicellulose, a critical feedstock in the production of bioenergy and other value-added products” Applied and Environmental Microbiology, 86(7) e02296-19, 2020.03, doi: 10.1128/AEM.02296-19 (Review article)

Takaaki Sato, Daisuke Takada, Takashi Itoh, Moriya Ohkuma, and Haruyuki Atomi “Integration of large heterologous DNA fragments into the genome of Thermococcus kodakarensis” Extremophiles, 24(3) 339-353, 2020.05, doi: 10.1007/s00792-020-01159-z（A02-4班との共同）

Hugo Maruyama, Eloise I Prieto, Takayuki Nambu, Chiho Mashimo, Kosuke Kashiwagi, Toshinori Okinaga, Haruyuki Atomi, and Kunio Takeyasu “Different proteins mediate step-wise chromosome architectures in Thermoplasma acidophilum and Pyrobaculum calidifontis” Frontiers in Microbiology, 11(-) 1247, 2020.06, doi: 10.3389/fmicb.2020.01247

Alison E. Murray, John Freudenstein, Simonetta Gribaldo, Roland Hatzenpichler, Philip Hugenholtz, Peter Kämpfer, Konstantinos T. Konstantinidis, Christopher E. Lane, R. Thane Papke, Donovan H. Parks, Ramon Rossello-Mora, Matthew B. Stott, Iain C. Sutcliffe, J. Cameron Thrash, Stephanus N. Venter, William B. Whitman, Silvia G. Acinas, Rudolf I. Amann, Karthik Anantharaman, Jean Armengaud, Brett J. Baker, Roman A. Barco, Helge B. Bode, Eric S. Boyd, Carrie L. Brady, Paul Carini, Patrick S. G Chain, Daniel R. Colman, Kristen M. DeAngelis, Maria Asuncion de Los Rios, Paulina Estrada-de Los Santos, Christopher A. Dunlap, Jonathan A. Eisen, David Emerson, Thijs J. G. Ettema, Damien Eveillard, Peter R. Girguis, Ute Hentschel, James T. Hollibaugh, Laura A. Hug, William P. Inskeep, Elena P. Ivanova, Hans-Peter Klenk, Wen-Jun Li, Karen G. Lloyd, Frank E Löffler, Thulani P. Makhalanyane, Duane P. Moser, Takuro Nunoura, Marike Palmer, Victor Parro, Carlos Pedrós-Alió, Alexander J. Probst, Theo H. M. Smits, Andrew D. Steen, Emma T. Steenkamp, Anja Spang, Frank J. Stewart, James M. Tiedje, Peter Vandamme, Michael Wagner, Feng-Ping Wang, Brian P. Hedlund, and Anna-Louise Reysenbach “Roadmap for naming uncultivated Archaea and Bacteria” Nature Microbiology, 5(8) 987-994, 2020.08, doi: 10.1038/s41564-020-0733-x (Consensus Statement)

布浦拓郎、力石嘉人、跡見晴幸「マルチオミクス解析による好熱性水素酸化細菌からの可逆的TCA 回路の発見」低温科学, 79 31-36, 2021.03, pdf

島村繁、澄田智美、布浦拓郎「オービトラップ質量分析計を用いたアミノ酸解析の可能性」低温科学, 79 37-42, 2021.03, pdf

澄田智美、島村繁、布浦拓郎「Orbitrap Fusionを用いたCE-MSと四重極GC-MSでのアミノ酸分析の比較」低温科学, 79 43-49, 2021.03, pdf

Yuichiro Hashiguchi, Takeaki Tezuka, Yoshihiro Mouri, Kenji Konishi, Azusa Fujita, Aiko Hirata, and Yasuo Ohnishi “Regulation of Sporangium Formation, Spore Dormancy, and Sporangium Dehiscence by a Hybrid Sensor Histidine Kinase in Actinoplanes missouriensis: Relationship with the Global Transcriptional Regulator TcrA” Journal of Bacteriology, 202(21) e00228-20, 2020.11, doi: 10.1128/JB.00228-20

Yuichiro Hashiguchi, Takeaki Tezuka, Yasuo Ohnishi “Involvement of three FliA-family sigma factors in the sporangium formation, spore dormancy and sporangium dehiscence in Actinoplanes missouriensis” Molecular Microbiology, 113(6) 1170-1188, 2020.06, doi: 10.1111/mmi.14485

Ratchanee Mingma, Yuki Inahashi, Atsuko Matsumoto, Yoko Takahashi, and Kannika Duangmal “Amycolatopsis pithecelloba sp. nov., a novel actinomycete isolated from roots of Pithecellobium dulce in Thailand” Journal of Antibiotics, 73(4) 230-235, 2020.04, doi: 10.1038/s41429-019-0271-z

Nattaporn Klykleung, Masahiro Yuki, Takuji Kudo, Moriya Ohkuma, Wongsakorn Phongsopitanun, Yuki Inahashi, Atsuko Matsumoto, and Somboon Tanasupawat “Streptomyces mimosae sp. nov., an endophytic actinomycete isolated from the root of Mimosa pudica in Thailand” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 70(5) 3316-3322, 2020.05, doi: 10.1099/ijsem.0.004170（A02-4班との共同）

A02班

Ochi K, Tokuda M, Yanagiya K, Suzuki-Minakuchi C, Nojiri H, Yuki M, Ohkuma M, Kimbara K, Shintani M “Oxygen concentration affects frequency and range of transconjugants for the incompatibility (Inc) P-1 and P-7 plasmids pBP136 and pCAR1” Bioscience Biotechnology and Biochemistry, 85(4) 1005-1015, 2021.03, doi: 10.1093/bbb/zbaa118 （A02-4班との共同）

Tokuda, M., Suzuki, H., Yanagiya, K., Yuki, M., Inoue, K., Ohkuma, M., Kimbara, K., and Shintani, M. “Determination of plasmid pSN1216-29 host range and the similarity in oligonucleotide composition between plasmid and host chromosomes” Frontiers in Microbiology, 11(-) 1187, 2020.06, doi: 10.3389/fmicb.2020.01187（A02-4班との共同）

Shintani, M., Nour, E., Elsayed, T.S.R., Blau, K., Wall, I., Jechalke, S., Spröer, C., Bunk, B., Overmann, J., and Smalla, K. “Plant species-dependent increased abundance and diversity of IncP-1 plasmids in the rhizosphere -new insights into their role and ecology” Frontiers in Microbiology, 11(-) 590776, 2020.11, doi: 10.3389/fmicb.2020.590776

Nakamura, T., Suzuki-Minakuchi, C., Kawano, H., Kanesaki, Y., Kawasaki, S., Okada, and K., Nojiri, H. “H-NS family proteins drastically change their targets in response to the horizontal transfer of the catabolic plasmid pCAR1” Frontiers in Microbiology, 11(-) 1099, 2020.05, doi: 10.3389/fmicb.2020.01099

Kawano, H., Suzuki-Minakuchi, C., Sugiyama, D., Watanabe, N., Takahashi, Y., Okada, K., and Nojiri, H. “A novel small RNA on the Pseudomonas putida KT2440 chromosome is involved in the fitness cost imposed by IncP-1 plasmid RP4” Frontiers in Microbiology, 11(-) 1328, 2020.06, doi: 10.3389/fmicb.2020.01328

Sayumi Fukuda, Riho Yamamoto, Naoki Yanagisawa, Naoki Takaya, Yoshikatsu Sato, Meritxell Riquelme, Norio Takeshita “Trade-off between Plasticity and Velocity in Mycelial Growth” mBio, 12(2) e03196-20, 2021.03, doi: 10.1128/mBio.03196-20

Mizuki Yasui, Ken Oda, Shunsuke Masuo, Shuji Hosoda, Takuya Katayama, Jun-Ichi Maruyama, Naoki Takaya, Norio Takeshita “Invasive growth of Aspergillus oryzae in rice koji and increase of nuclear number” Fungal Biology and Biotechnology, 7(-) 8, 2020.06, doi: 10.1186/s40694-020-00099-9

Hiroshi Kanazawa, Sayoko Ozaki, Yuki Doi, Shunsuke Masuo, Naoki Takaya “Symbiotic riboflavin degradation by Microbacterium and Nocardioides bacteria” Bioscience Biotechnology and Biochemistry, 84(5) 1056-1061, 2020.05, doi: 10.1080/09168451.2020.1715783

Aniruddha Nag, Mohammad Asif Ali, Hideo Kawaguchi, Shun Saito, Yukie Kawasaki, Shoko Miyazaki, Hirotoshi Kawamoto, Deddy Triyono Nugroho Adi, Kumiko Yoshihara, Shunsuke Masuo, Yohei Katsuyama, Akihiko Kondo, Chiaki Ogino, Naoki Takaya, Tatsuo Kaneko, Yasuo Ohnishi “Ultrahigh Thermoresistant Lightweight Bioplastics Developed from Fermentation Products of Cellulosic Feedstock” Advanced Sustainable Systems, 5(1), 2000193, 2020.05, doi: 10.1002/adsu.202000193

Susumu Morigasaki, Akinori Umeyama, Yusuke Kawano, Yasushi Aizawa, and Iwao Ohtsu “Defect of RNA pyrophosphohydrolase RppH enhances fermentative production of L-cysteine in Escherichia coli” Journal of General and Applied Microbiology, 66(6) 307-314, 2020.08, doi: 10.2323/jgam.2019.12.004

Tomoyuki Kamide, Shun Takusagawa, Naoyuki Tanaka, Yasushi Ogasawara, Yusuke Kawano, Iwao Ohtsu, Yasuharu Satoh, Tohru Dairi “High production of ergothioneine in Escherichia coli using the sulfoxide synthase from Methylobacterium strains” Journal of Agricultural and Food Chemistry, 68(23) 6390-6394, 2020.07, doi: 10.1021/acs.jafc.0c01846

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Ogata Y, Sakamoto M, Ohkuma M, Hattori M, Suda W “Complete Genome Sequence of Adlercreutzia sp. strain 8CFCBH1, a Potent Producer of Equol, Isolated from Healthy Japanese Feces “Microbiology Resource Announcements, 9(49) e01240-20, 2020.12, doi: 10.1128/MRA.01240-20

Takashima M, Manabe R, Ohkuma M “Draft Genome Sequence of Oleaginous Yeast Saitozyma sp. JCM 24511 Isolated from Soil on Iriomote Island, Okinawa, Japan “Microbiology Resource Announcements, 9(48) e00196-20, 2020.11, doi: 10.1128/MRA.00196-20

Kanchanasin P, Yuki M, Kudo T, Ohkuma M, Phongsopitanun W, Tanasupawat S “Nocardia aurantiaca sp. nov., isolated from soil in Thailand” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 70(10) 5432-5438, 2020.10, doi: 10.1099/ijsem.0.004432

Ikeyama N, Murakami T, Toyoda A, Mori H, Iino T, Ohkuma M, Sakamoto M “Microbial interaction between the succinate‐utilizing bacterium Phascolarctobacterium faecium and the gut commensal Bacteroides thetaiotaomicron” MicrobiologyOpen, 9(10) e1111, 2020.10, doi: 10.1002/m+Q12bo3.1111

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Liou, J.S., Huang, C.H., Ikeyama, N., Lee, A.Y., Chen, I.C., Blom, J., Chen, C.C., Chen, C.H., Lin, Y.C., Hsieh, S.Y., Huang, L., Ohkuma. M., Watanabe, K., Sakamoto, M. “Prevotella hominis sp. nov., isolated from human faeces” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 70(8) 4767-4773, 2020.08, doi: 10.1099/ijsem.0.004342

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Dekio, I., Sakamoto, M., Suzuki, T., Yuki, M., Kinoshita, S., Murakami, Y., and Ohkuma, M. “Cutibacterium modestum sp. nov., isolated from meibum of human meibomian glands, and emended descriptions of Cutibacterium granulosum and Cutibacterium namnetense” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 70(4) 2457-2462, 2020.04, doi: 10.1099/ijsem.0.004058

Tourlousse, D.M., Sakamoto, M., Miura, T., Narita, K., Ohashi, A., Uchino, Y., Yamazoe, A., Kameyama, K., Terauchi, J., Ohkuma, M., Kawasaki, H., and Sekiguchi, Y. “Complete Genome Sequence of Blautia producta JCM 1471T” Microbiology Resource Announcements, 9(17) e00141-20, 2020.04, doi: 10.1128/MRA.00141-20

Tourlousse, D.M., Sakamoto, M., Miura, T., Narita, K., Ohashi, A., Uchino, Y., Yamazoe, A., Kameyama, K., Terauchi, J., Ohkuma, M., Kawasaki, H., and Sekiguchi, Y. “Complete Genome Sequence of Flavonifractor plautii JCM 32125T” Microbiology Resource Announcements, 9(17) e00135-20, 2020.04, doi: 10.1128/MRA.00135-20

Tourlousse, D.M., Sakamoto, M., Miura, T., Narita, K., Ohashi, A., Uchino, Y., Yamazoe, A., Kameyama, K., Terauchi, J., Ohkuma, M., Kawasaki, H., and Sekiguchi, Y. “Complete genome sequence of Megamonas funiformis JCM 14723T” Microbiology Resource Announcements, 9(16) e00142-20, 2020.04, doi: 10.1128/MRA.00142-20

Tourlousse, D.M., Sakamoto, M., Miura, T., Narita, K., Ohashi, A., Uchino, Y., Yamazoe, A., Kameyama, K., Terauchi, J., Ohkuma, M., Kawasaki, H., and Sekiguchi, Y. “Complete genome sequence of Collinsella aerofaciens JCM 10188T” Microbiology Resource Announcements, 9(16) e00134-20, 2020.04, doi: 10.1128/MRA.00134-20

Kato, S., Itoh, T., and Ohkuma, M. “Complete Genome Sequence of Athalassotoga saccharophila Strain NAS-01, a Deep-Branching Thermophilic Lineage in the Phylum Thermotogae” Microbiology Resource Announcements, 9(16) e00322-20, 2020.04, doi: 10.1128/MRA.00322-20

“Itoh, T., Miura, T., Sakai, H., Kato, S., Ohkuma, M., and Takashina, T. “Sulfuracidifex tepidarius gen. nov., sp. nov. and transfer of Sulfolobus metallicus Huber and Stetter 1992 to the genus Sulfuracidifex as Sulfuracidifex metallicus comb. nov.” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 70(3) 1117-1121, 2020.03, doi: 10.1099/ijsem.0.003981

公募班
Yong Guo, Yusuke Takashima, Yoshinori Sato, Kazuhiko Narisawa, Hiroyuki Ohta, Tomoyasu Nishizawa “Mycoavidus sp. Strain B2-EB: Comparative genomics reveals minimal genomic features required by a cultivable Burkholderiaceae-related endofungal bacterium” Applied Environmental Microbiology, 86(18) e01018-20, 2020.09, doi: 10.1128/AEM.01018-20

Takashima, Y., Degawa, Y., Nishizawa, T., Ohta, H., and Narisawa, K. “Aposymbiosis of a Burkholderiaceae-Related Endobacterium Impacts on Sexual Reproduction of Its Fungal Host” Microbes and Environments, 35(2) ME19167, 2020.04, doi: 10.1264/jsme2.ME19167

Shimamori Y, Mitsunaka S, Yamashita H, Suzuki T, Kitao T, Kubori T, Nagai H, Takeda S, Ando H “Staphylococcal Phage in Combination with Staphylococcus epidermidis as a Potential Treatment for Staphylococcus aureus-Associated Atopic Dermatitis and Suppressor of Phage-Resistant Mutants” Viruses, 13(1) 7, 2020.12, doi: 10.3390/v13010007

Kawabata M, Matsuo H, Koito T, Murata M, Kubori T, Nagai H, Tagaya M, Arasaki K “Legionella hijacks the host Golgi-to-ER retrograde pathway for the association of Legionella-Containing vacuole with the ER” PLoS Pathogens, 17(3) e1009437, 2021.03, doi: 10.1371/journal.ppat.1009437

Hyunmin Kim, Tomoko Kubori, Kohei Yamazaki, Mi-Jeong Kwak, Suk-Youl Park, Hiroki Nagai, Joseph P Vogel, and Byung-Ha Oh “Structural Basis for Effector Protein Recognition by the Dot/Icm Type IVB Coupling Protein Complex” Nature Communications, 11(1) 2623, 2020.05, doi: 10.1038/s41467-020-16397-0

Tomoe Kitao, Hiroki Nagai, and Tomoko Kubori “Reversing Conventional and Unconventional Ubiquitination” Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 10(-) 448, 2020.08, doi: 10.3389/fcimb.2020.00448 (Review)

Tomoe Kitao, Kyoichiro Taguchi, Shintaro Seto, Kohei Arasaki, Hiroki Ando, Hiroki Nagai, and Tomoko Kubori “Legionella Manipulates Non-canonical SNARE Pairing Using a Bacterial Deubiquitinase” Cell Reports, 32(10) 108107, 2020.09, doi: 10.1016/j.celrep.2020.108107

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Tomoya Maeda, Junichiro Iwasawa, Hazuki Kotani, Natsue Sakata, Masako Kawada, Takaaki Horinouchi, Aki Sakai, Kumi Tanabe, Chikara Furusawa “High-throughput laboratory evolution reveals evolutionary constraints in Escherichia coli” Nature Communications, 11(-) 5970, 2020.11, doi: 10.1038/s41467-020-19713-w

 Yuto Chiba, Sayoko Oiki, Takashi Yaguchi, Syun-ichi Urayama, Daisuke Hagiwara “Discovery of divided RdRp sequences and a hitherto unknown genomic complexity in fungal viruses” Virus Evolution, 7(1) veaa101, 2021.01, doi: 10.1093/ve/veaa101

Syun-ichi Urayama, Nobutaka Doi, Fumie Kondo, Yuto Chiba, Yoshihiro Takaki, Miho Hirai, Yasutaka Minegishi, Daisuke Hagiwara, Takuro Nunoura “Diverged and active partitiviruses in lichen” Frontiers in Microbiology, 11(-) 561344, 2020.09, doi: 10.3389/fmicb.2020.561344

Daigo Nomoto, Tatsuhiko Tsunoda, Hideyuki Shigemori “Effects of clovamide and its related compounds on the aggregations of amyloid polypeptides” Journal of Natural Medicines, 75(2) 299-307, 2021.01, doi: 10.1007/s11418-020-01467-w

Chol Gyu Lee, Yasunori Baba, Ryoki Asano, Yasuhiro Fukuda, Chika Tada, Yutaka Nakai “Identification of bacteria involved in decomposition of lignocellulosic biomass treated with cow rumen fluid by metagenomic analysis” Journal of Bioscience and Bioengineering, 130(2) 137-141, 2020.04, doi: 10.1016/j.jbiosc.2020.03.010

Chol Gyu Lee, Toshiya Iida, Eriko Kunitomo, Kazuhiro Nakaho, Moriya Ohkuma “Soil prokaryotes associated with changing of pathogen density during anaerobic soil disinfestation” Applied Soil Ecology, 155(-) 103632, 2020.11, doi: 10.1016/j.apsoil.2020.103632

李哲揆「土壌中の有機物由来の炭素循環と、有機物施用による植物病害の抑止に関する微生物の研究」日本土壌肥料学会誌 Japanese journal of Soil Science and Plant Nutrition, 91(5) 335-336, 2020.10, doi: 10.20710/dojo.91.5_335

Invited Talks

A01班
佐々文洋，超ハイスループットな微生物の単離を可能とするマイクロデバイス，日本農芸学会2021年度全国大会シンポジウム，20210320，オンライン

重藤真介，ポストコッホ・ラマン技術で見る微生物の種と生態，新学術領域研究「ポストコッホ生態」第１回公開シンポジウム，20201218，オンライン

野村暢彦，細菌集団における細胞不均一性と多様性，日本生物工学会　生物工学Webシンポジウム2020，20200900，オンライン

野村暢彦，教育講演3　21世紀の重要な微生物研究課題「バイオフィルムの理解と制御」，第68回日本化学療法学会総会，20200900，オンライン

野村暢彦，ポストコロナ戦略シリーズ3 「微生物の「会話」から読み解く集団の制御とコロナに負けない健康生活」，バイオインダストリー協会　ポストコロナ戦略シリーズ，20200800,東京

野村暢彦，新奇細菌コミュニケーションシステムの発見と地球生態系における細菌の位置づけ，2020年度山口大学中高温微生物研究センター 環境微生物部門シンポジウム，202012

野村暢彦，デバイスを用いた微生物の動きの見える化技術を未病の見える化に応用できるのか，日本学術振興会　食と未病マーカー委員会，202012，オンライン

野村暢彦，界面活性剤の相乗効果を利用した革新的バイオフィルム制御の開発，電子情報通信学会システムナノ技術に関する特別研究専門委員会主催　 第1回研究会「科学技術イノベーションを創成する先進システムナノ技術」，202101，オンライン

野村暢彦，凝集から考える微生物生態，2020年度界面動電現象研究会，202103，オンライン

野村暢彦，集団微生物学としてのバイオフィルム研究 Biofilm and microbial community，第94回日本細菌学会総会　シンポジウム集団微生物学と細菌バイオフィルム研究の前線，202103，オンライン

野村暢彦，豊福雅典，尾花望，集団微生物学としてのバイオフィルム研究，第94回日本細菌学会総会　シンポジウム集団微生物学と細菌バイオフィルム研究の前線，202103，オンライン

永沢亮，Andrew S. Utada，野村暢彦，尾花望，Streptococcus mutansバイオフィルム形成における細胞死と細胞外DNA産生，第94回日本細菌学会総会　シンポジウム集団微生物学と細菌バイオフィルム研究の前線，202103

豊福雅典，細菌における多様なMV形成機構，第93回日本生化学会大会，20200914-16，オンライン

豊福雅典，膜小胞を介した細菌間コミュニケーションの研究，日本微生物連盟　野本賞受賞講演，202101，オンライン

豊福雅典，Bacterial Trafficking of Biomolecules Through Membrane Vesicles，Annual meeting of electrokinetic society Japan，202103，オンライン

豊福雅典，メンブレンベシクル形成機構の多様性と普遍性，日本農芸化学会2021年度大会，202103，オンライン

中井亮佑, 草田裕之, 玉木秀幸，培養アプローチで迫る稀少微生物たちの実体，日本農芸化学会2021年度仙台大会，20210321，オンライン

中井 亮佑，とっても小さい放線菌等の実体と新機能，第67回日本放線菌学会学術講演会，20210309，オンライン

中井 亮佑，極地微生物ハンティングのこれまでとこれから，極限環境生物学会 第21回年会・シンポジウム，20201101，オンライン

跡見晴幸，アーキア機能未知遺伝子の機能解明，日本農芸化学会2020年度大会，20210327，オンライン

跡見晴幸，超好熱性アーキアの特異な代謝，バイオインダストリー協会 発酵と代謝研究会 講演会，202103，オンライン

大西 康夫，放線菌研究から細胞の休眠と覚醒のメカニズムに迫る，第60回生命科学夏の学校　ワークショップ，20200829，オンライン

大西 康夫，放線菌の形態分化制御と二次代謝産物生合成に関する研究，日本放線菌学会　大村賞受賞講演，20200910，オンライン

 

A02班

水口 千穂、野尻 秀昭，細菌は接合伝達で獲得したプラスミドにどのように「順応」するのか？，日本農芸化学会2021年度大会，20210319，オンライン

野尻 秀昭，接合伝達は細胞に何を起こすのか，（公財）大隅基礎科学創成財団 微生物コンソーシアム第1回全体会，20210316，，オンライン

新谷政己，様々な微生物間におけるプラスミドの伝播現象に影響を及ぼす因子の探索，日本進化学会第22回オンライン大会，20200907，オンライン

新谷政己，どのプラスミドが，どのようなときに，どこからどこに移るのだろうか，2021年度日本農芸化学会大会，20210319，オンライン

桝尾 俊介，高谷 直樹，アミノ酸の新たな利用の可能性～有用ピラジン化合物の生合成と代謝工学～，日本農芸化学会2021年度大会，20210328，オンライン

大津厳生，微生物の硫黄代謝研究から生まれサルファーインデックスについて，第17回高付加価値食品開発のためのフォーラム　日本食品・機械研究会，20190927-0928，帝人アカデミー富士（静岡県裾野市）

松井求，ウイルスの初期進化と高速進化を解き明かす，第43回日本分子生物学会，20201203，オンライン

Shingo Kato，Takashi Itoh，Moriya Ohkuma，Research and resource development of archaea/extremophiles in RIKEN-JCM，生物工学Webシンポジウム2020，20200903，オンライン

 

公募班

青井議輝，分離培養手法の革新に向けて：さみしがり屋だけど人込みは嫌い，日本農芸化学会2021年度仙台大会，20210319，オンライン

加藤節，栄養飢餓による微生物細胞の死，日本農芸化学会2021年度仙台大会，20210320，オンライン

加藤節，1細胞レベルでみる微生物細胞の生死，第93回日本生化学会大会，20200916，オンライン

岡本　章玄，環境や人体に棲むブラック電気細菌，日本農芸化学会2021年度仙台大会，20210321，オンライン

岡本　章玄，ハイスループット電極微生物培養は電気細菌の普遍性を示せるか？，日本農芸化学会2021年度仙台大会，20210320，オンライン

Akihiro Okamoto，Mechanobiological Control of Electron Flow via Transmembrane Electric Wire in Living Bacteria ，MANA，20210302-20210303，茨城県つくば市

岡本　章玄， 「生体における微粒子の機能と制御」多様な細胞外微粒子の生体機能を探る，第58回 日本生物物理学会年会，20200916-18，群馬Gメッセ群馬

前田 智也，岩澤 諄一郎，古澤 力，大規模進化実験で解き明かす大腸菌の薬剤耐性進化における制約，第94回日本細菌学会総会，20210323，オンライン

加藤創一郎，培養困難な微生物たちとそれらを培養したい研究者たち，第67 回日本放線菌学会学術講演会，20210309，オンライン

浦山俊一、二宮章洋、千葉悠斗、池田彩乃、趙彦杰、老木紗予子、萩原大祐，真菌細胞内で“家畜化”されたウイルス，第94回日本細菌学会総会，20210323，オンライン

 

International meetings

A01班

Kohei Semasa, Fumihiro Sassa, Kenshi Hayashi “2D LSPR GAS SENSOR WITH AU/AG CORE-SHELL STRUCTURE COATED BY FLUORESCENT DYES” IEEE SENSORS2020, 20201025-28, Rotterdam, Nederland

Yasuhiro Kusuda, Zhongyuan Yang, Kohei Semasa, Fumihiro Sassa, Kenshi Hayashi “ODOR SOURCE DETECTION WITH HIGH SPEED MULTI GAS SENSING ROBOT SYSTEM USING AUNPS-FLUORESCENT MOLECULAR COUPLING OPT-CHEMICAL LSPR SENSOR” IEEE SENSORS2020, 20201025-28, Rotterdam, Nederland

Lin Chen, Noriko Shiramatsu, Bin Chen, Fumihiro Sassa, Shoichi Sameshima, Tatsuya Seki, Kenshi Hayashi “ULTRA-HIGH SENSITIVE SERS GAS SENSOR TO DETECT GEOSMIN” IEEE SENSORS2020, 20201025-28, Rotterdam, Nederland

Haruyuki Atomi “Studies on coenzyme biosynthesis ~a new lipoyl synthase~” Molecular Biology of Archaea 7 (Zoom symposium), 20201008, Zoom center @Frankfurt, Germany

Haruyuki Atomi “The unique metabolism in Archaea” 2019 International Congress on Metabolic Sciences (ICMS2019), 20191119, Shanghai

Haruyuki Atomi “Studies on coenzyme biosynthesis ~a new lipoyl synthase~” Molecular Biology of Archaea 7 (Zoom symposium), 20201008, Zoom center @Frankfurt, Germany

Tamotsu Kanai, Mehwish Aslam, Ayumi Horiuchi, Jan-Robert Simons, Savyasachee Jha, Haruyuki Atomi “Engineering of the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis for chitin-dependent hydrogen production” Marine Biotechnology Conference 2019, 20190912, Shimizu

Haruyuki Atomi “Elucidation of the entire CoA biosynthesis pathway in Archaea” 1st Japan-Germany-Switzerland Workshop, 20190911, Tateyama

Haruyuki Atomi “Unique metabolism of the Archaea” 10th International Symposium of Advanced Energy Science, 20190904, Uji

Tamotsu Kanai, Masahiro Yamada, Natsuki Nakada, Mehwish Aslam, Ayumi Horiuchi, Haruyuki Atomi “Genetic characterization of multiple chitinases of the hyperthermophilic archaeon, Pyrococcus chitonophagus” 15th International Congress on Thermomophiles (Thermophiles2019), 20190903, Fukuoka

Takahiro Shimosaka, Kira S Makarova, Eugene V Koonin and Haruyuki Atomi “Identification and Characterization of A Novel Archaeal Dephospho-CoA Kinase in Thermococcus kodakarensis” 15th International Congress on Thermomophiles (Thermophiles2019), 20190902, Fukuoka

 

 

A02班

Masaki Shintani “New insights of broad host range plasmids belonging to the IncP and PromA groups” Special lecture in Chulalongkorn University, 20210203

F. Vejarano, C. Suzuki-Minakuchi, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, K. Okada, H. Nojiri “Diversity and Recruitment History of Catabolic Genes among Nine Carbazole-degrading Bacteria” ASM Microbe online, 20200618, online

Allan DEVANADERA, Chiho SUZUKI-MINAKUCHI, Yuki KASAI, Yoh TAKAHATA, Kazunori OKADA, Hideaki NOJIRI “The Benzene-degrading Nitrate-reducing Azoarcus sp. DN11 Employs Hydroxylation Route as Initial Reaction in Anaerobic Benzene Degradation Pathway”  ASM Microbe online, 20200618, online

Mori M, Nara S, Su’etsugu, M, Kimbara K, Shintani M., Novel plasmids were isolated from natural environmental samples using Replication-Cycle Reaction (RCR), FEMS 2020 Online Conference, 20201029, online

Tokuda M, Suzuki H, Yuki M, Ohkuma M, Kimbara K, Shintani M. “Plasmids with different nucleotide compositions showed different host ranges” FEMS 2020 Online Conference, 20201029, online

Yamamoto Y, Hayakawa M, Moriuchi R, Dora H, Kimbara K, Shintani M., “Broad host range IncPromA group plasmids were widely distributed around different environments” FEMS 2020 Online Conference, 20201029, online

Hiroshi Kanazawa, Sayoko Ozaki, Shunsuke Masuo, Naoki Takaya “Degradation of riboflavin and lumichrome by actinobacteria consortium” IUMS, 202010, Degyeon

Yungmi You, Norifumi Maeda, Yuki Doi, Naoki Takaya “Degradation Mechanisms for Degrading Folic Acid by Environmental Bacteria” IUMS, 202010, Degyeon

Hisayoshi Hayashi “Field Research Challenging for the Sustainable Development in the 21st Century”  6th International Conference on Agricultural and Biological Sciences (ABS 2020), 20200824-26, online

 

公募班

Akihiro OKAMOTO, Extracellular Electron Transport Mechanisms by Sulfate-reducing Bacteria, Korean Society for Biotechnology and Bioengineering, 20201021-23, Korea

A01班

平山智弘、八幡志央美、芹田龍郎、風間春香、森浩二、高久洋暁、野村暢彦、八幡穣, 2021年度大会 トッピクス賞, 202103, 日本農芸化学会, 日本

張譯云、高部響介、下段千尋、野村暢彦、八幡穣, 2021年度大会 トッピクス賞, 202103, 日本農芸化学会, 日本

豊福雅典, 膜小胞を介した細菌間コミュニケーションの研究, 日本微生物学連盟 第1回野本賞, 202006, 日本微生物学連盟, 日本

道盛 裕太、三輪 有哉、下坂 天洋、濱北 宗太郎、井崎 力久、跡見 晴幸, 超好熱性アーキアにおける原始的光呼吸経路の同定, 極限環境生物学会発表賞, 202011, 極限環境生物学会, 日本

佐藤喬章、蜂須賀真一、跡見 晴幸, 超好熱性アーキアにおけるリポ酸生合成遺伝子の同定, 2020年度大会優秀発表賞, 202003, 日本農芸化学会, 日本

大西康夫, 放線菌の形態分化制御と二次代謝産物生合成に関する研究, 大村賞（学会賞）, 202009, 日本放線菌学会, 日本

 

A02班

三浦 隆匡、島村 麻美子、内野 佳仁、山副 敦司、坂本 光央、関口 勇地、成田 興司、亀山 恵司、久田 貴義、笠原 堅、寺内 淳、川﨑 浩子, ヒトマイクロバイオーム解析のためのMock Communityの開発 “Development of mock community for human microbiome research”, トピックス賞, 202003, 日本農芸化学会, 日本

竹内 真理子、桑原 宏和、村上 匠、梶谷 嶺、豊田 敦、伊藤 武彦、大熊 盛也、本郷 裕一, 独立にゲノム縮小したシロアリ腸内原生生物細胞表面共生 Desulfovibrio 属細菌の適応進化, 若手発表賞, 201911, 日本共生生物学会第3回大会, 日本

 

公募班

岡本章玄, 全米医学アカデミー（NAM）「Healthy Longevity Grand Challenge（HLGC）」The Catalyst Awards, 202010, 全米医学アカデミー(NAM）, USA

李哲揆, 土壌中の有機物由来の炭素循環と、有機物施用による植物病害の抑止に関する微生物の研究, 第38回土壌肥料学会奨励賞, 202009, 日本土壌肥料学会, 日本

久能 樹, 高橋晃平, 野村暢彦, Andrew S. Utada「耐性菌の発生を防ぎつつバイオフィルムを効率的に除去する 界面活性剤組成物の開発」最近の技術やニュースの照会, 日本バイオフィルム学会 ニュースレター, 共著, 日本語

野村暢彦「「支配されているのはどっち？」の問いかけに対するコメント」令和2年冬号第13号 ブナの森新聞, ブナの森調剤薬局, 単著, 日本語

久保武、五十嵐亮二、山本達也、久能樹、野村暢彦「新規バイオフィルムコントロール剤　バイオフィルムに対する作用メカニズムとROモジュールでの評価」月刊「クリーンテクノロジー」3月号 56-59, 日本工業出版, 共著, 日本語

高橋晃平、久能 樹、野村暢彦、Andrew S. Utada「バイオサーファクタントによるバイオフィルム除去および形成抑制」バイオサイエンスとインダストリー 79(2) 90-93, JBA, 共著, 日本語

野暢彦「特集 ERATO野村集団微生物制御プロジェクトについて～細菌の集団形成と社会性の創発～（前編）
「特集によせて」」　生物工学会誌 98(6) 292-313, 単著, 日本語

野村暢彦「特集 ERATO野村集団微生物制御プロジェクトについて～細菌の集団形成と社会性の創発～（後編）
「特集によせて」」　生物工学会誌 98(7) 346-367, 単著, 日本語

久能 樹、山本達也、Andrew S. Utada、野村暢彦「Leptothrix属細菌の分泌ナノ繊維を介した生存戦略」　バイオサイエンスとインダストリー 78(4) 329-331, 共著, 日本語

田伏義彦、尾花望、野村暢彦「クオラムセンシングによるバイオフィルムの不均一性と形態制御」 BACTERIAL ADHERENCE & BIOFILM, 共著, 日本語

野村暢彦　醸造の事典, 北本勝ひこ編（代表）, 分担執筆, 日本語

草田裕之、玉木秀幸「微生物間相互作用の遮断と抗生物質耐性を紐付ける未知微生物群ならびに両機能性酵素の発見」　日本生物工学誌, 4, 共著, 日本語

玉木秀幸「未知の微生物を””培養””して新たな生物機能を探る」　バイオサイエンスとインダストリー, 2, 共著, 日本語

大津厳生「第2章第３節硫黄でマイクロバイオームを知る：腸内・口腔内フローラ診断に役立つツール」ヒトマイクロバイオーム Vol. 2 解析技術の進展とデータ駆動型・ターゲット機能型研究最前線, 株式会社エヌ・ティー・エス, 共著, 日本語

高野淑識、加藤真悟「海底下の試料（地球深部の堆積物および岩石）」ぶんせき, 314-319, 日本語

坂本 光央「第4章 常在菌の分離培養・分類」，第1編 マイクロバイオームにおける解析技術とデータ分析，ヒトマイクロバイオーム Vol.2 ～解析技術の進展とデータ駆動型・ターゲット機能型研究最前線～, 103-109, 分担執筆, 日本語

X. Deng, A. Okamoto, “Exrtacellular Electron Uptake Mechanisms in Sulfate-Reducing Bacteria”, Electron-based Bioscience and Biotechnology, 43-59, 共著, 英語

A01班

佐々 文洋, 武居 修, 茂木 一「操作装置及び操作方法」出願番号：特願2020-102019（20200612出願）
野村暢彦、久能 樹、Utada AS、山本達也、杉本真也、小野絵理香、金城雄樹「フィラメントの製造方法及びフィラメント」出願番号：特願2020-092630（20200527出願）
野村暢彦、（ウタダ、アンドリュー、シンイチ）、（ダウイン、バク、ヴ、ヤン）、川口敦史、リ　シャウジェ「消毒組成物、洗浄組成物、防汚組成物、ウイルス不活性化組成物および非殺菌性組成物並びにバイオフィルムの除去および形成抑制用組成物」出願番号：PCT/JP2020/ 37661（20201002出願）
豊福雅典、野村暢彦、臼倉雄紀「対象物質が封入された膜小胞の製造方法」出願番号：特願2020-188606（20201112出願） 出願人：国立大学法人筑波大学
八幡穣、八幡志央美、岡野千草、野村暢彦「補正パラメータ設定方法及びデータ補正方法」出願番号：特願2021-019344（20210209出願） 出願人：国立大学法人筑波大学
八幡穣、八幡志央美、平山智弘、野村暢彦、森浩二、芹田龍郎、高久洋暁「細胞の表現型と自家蛍光の対応データ作成方法及びデータ使用方法」出願番号：特願2021-029169（20210225出願） 出願人：国立大学法人筑波大学、独立行政法人製品評価技術基盤機構
草田裕之、玉木秀幸、有田正規「耐熱性胆汁酸塩加水分解酵素および経口組成物」特願2020-143314（20200827出願）出願人：国立研究開発法人　産業技術総合研究所,National Institute of Advanced Industrial Science and Technology

公募班

岡本章玄「プローブ分子探索装置、及び、プローブ分子の探索方法」出願番号：2020-096780（20200603出願）, 出願人：国立研究開発法人物質・材料研究機構
岡本章玄「検出装置、及び、データ収集方法」出願番号：PCT/JP2020/19026（20200512出願）出願人：国立研究開発法人物質・材料研究機構
岡本章玄「診断装置、及び、プログラム」出願番号：2020-070820（20200410出願）出願人：国立研究開発法人物質・材料研究機構
岡本章玄、グイヨネ アレクシ、ナラダス ディビア「薬剤感受性測定方法、及び、薬剤感受性測定装置」出願番号：PCT/JP2020/015037（20200401出願）出願人：国立研究開発法人物質・材料研究機構
岡本章玄「測定装置、測定方法、プログラム、及び、バイオセンサ」出願番号：PCT/JP2020/12673（20200401出願）出願人：国立研究開発法人物質・材料研究機構
岡本章玄「ゲノム解析方法」出願番号：2020-20826（20201226出願）出願人：国立研究開発法人物質・材料研究機構
岡本章玄「細胞で産生された膜小胞に由来する塩基配列を解析する方法、その装置、及び、そのプログラム」出願番号：2020-187670（20201111出願）出願人：国立研究開発法人物質・材料研究機構
岡本章玄「ウィルス核酸の測定方法、ウィルス核酸測定装置、プログラム、センサ、積層電極、及び、電極付き基板」出願番号：2020-172265（20201013出願）出願人：国立研究開発法人物質・材料研究機構
岡本章玄「感受性測定装置、及び、感受性測定方法」出願番号：2020-127100（20200728出願）出願人：国立研究開発法人物質・材料研究機構
岡本章玄、李 偉鵬「電気細菌回収用の複合粒子、電気細菌回収用の複合粒子の製造方法、及び、電気細菌の回収方法」出願番号：2020-127101（20200728出願）出願人：国立研究開発法人物質・材料研究機構
出口茂、布浦拓郎、浦山俊一「二本鎖RNAの断片化方法およびその利用」出願番号：15/767832　登録番号10894981 登録日20210119（US patent）

中井亮佑, 長沼毅, 微生物の世界に新しい「門」が誕生！砂漠で見つけた超すごいやつ （講談社ブルーバックス・ウェブサイト）

跡見晴幸, The Extremes of Life: Microbes and Their Diversity,The Extremes of Life: Microbes and Their Diversity, 随時開催, 英語, EdX Online Course, ネット配信
布浦拓郎, 生物学の常識（教科書）に挑む(極限)環境生物研究, 関東理科研究発表会神奈川大会, 20191122, 日本語
新谷政己, 遺伝子組換えとゲノム編集の基礎と応用　～微生物の研究から～, 夢・化学-21　化学への招待　高校生のための化学講座　「ゲノム編集」　〜遺伝情報を思いのままに書き換える画期的な技術〜, 20201212オンライン開催（日本化学会東海支部主催）

松井求, 進化学に生きる, 最先端科学プログラム, 20210307オンライン開催, （早稲田塾主催）

加藤真悟, 環境微生物学概論　〜古地磁気と微生物って関係あるの？〜, 地磁気・古地磁気・岩石磁気 夏の学校, 20200907オンライン開催
増田幸子, Long-read Metagenomics of the Plant Microbiome using the PacBio Sequel（植物共生微生物のロングリードメタゲノム解析）,　PacBio Webinar series, 20200909, Tomy digital biology company, Pacific Biosciences, 英語, 横浜

青井議輝, 環境中に膨大に存在する未知なる微生物の可能性, 20201207, 広島県立尾道北高校（出張授業）

繁森英幸, 生物の不思議『なんでだろう？』を化学する, 20201117オンライン開催, 筑波大学附属坂戸高等学校（出張授業）

繁森英幸, 生物の不思議『なんでだろう？』を化学する, 20201220オンライン開催, 兵庫県立洲本高等学校（出張授業）

繁森英幸, コーヒーを飲めば認知機能はOK！？, Coffee Break, 98, 32-33, 202009

浦山俊一, 天然のウイルスを使った微生物の”調和的”な活性化（生物工学会誌）

Research articles/Reviews 　International meetings/Invited talks 

Awards 　Books　Patents 　Outreach activities

A01班

Fumihiro Sassa, Gokul Chandra Biswas, and Hiroaki Suzuki “Microfabricated electrochemical sensing devices” Lab on a Chip, 20(8) 1358-1389, 2020.02, doi: 10.1039/C9L01112A

Mitsuru Yasuda, Norio Takeshita, and Shinsuke Shigeto “Inhomogeneous Molecular Distributions and Cytochrome Types and Redox States in Fungal Cells Revealed by Raman Hyperspectral Imaging Using Multivariate Curve Resolution-Alternating Least Squares” Analytical Chemistry, 91(19) 12501-12508, 2019.10, doi: 10.1021/acs.analchem.9b03261

Ami Matsuda, Naoko Sakaguchi, and Shinsuke Shigeto “Can cells maintain their bioactivity in ionic liquids? A novel single‐cell assessment by Raman microspectroscopy” Journal of Raman Spectroscopy, 50(-) 768-777, 2019.06, doi: 10.1002/jrs.5579

Yutaka Yawata, Tatsunori Kiyokawa, Yuhki Kawamura, Tomohiro Hirayama, Kyosuke Takabe, Nobuhiko Nomura “Intra- and Interspecies Variability of Single-Cell Innate Fluorescence Signature of Microbial Cell” Applied and Environmental Microbiology, 85(18)  e00608-19, 2019.09, doi: 10.1128/AEM.00608-19

Tatsuki Kunoh, Kana Morinaga, Shinya Sugimoto, Shun Miyazaki, Masanori Toyofuku, Kenji Iwasaki, Nobuhiko Nomura, Andrew S. Utada “Polyfunctional nanofibril appendages mediate attachment, filamentation, and filament adaptability in Leptothrix cholodnii” ACS Nano,  14(5) 5288-5297, 2019.12, doi: 10.1021/acsnano.9b04663

Yousuke Kikuchi, Nozomu Obana, Masanori Toyofuku, Noriyuki Kodera, Takamitsu Soma, Toshio Ando, Yoshihiro Fukumori, Nobuhiko Nomura, Azuma Taoka “Diversity of physical properties of bacterial extracellular membrane vesicles revealed through atomic force microscopy phase imaging” Nanoscale, 12(14) 7950-7959, doi: 10.1039/C9NR10850E

Hideyuki Tamaki “Cultivation Renaissance in the Post-Metagenomics Era: Combining the New and Old” Microbes and Environments, 34(2) 117-120, 2019.06, doi: 10.1264/jsme2.ME3402rh

Kyota Mitsuyama, Takeaki Tezuka, Yasuo Ohnishi “Identification and Characterization of a Cell Wall Hydrolase for Sporangiospore Maturation in Actinoplanes missouriensis” Journal of Bacteriology, 201(24) e00519-19, 2019.09, doi: 10.1128/JB.00519-19

Takeaki Tezuka, Daisuke Nakane, Tomohiro Kimura, Yasuo Ohnishi “Preparation of Actinoplanes missouriensis Zoospores and Assay for Their Adherence to Solid Surfaces” Bio-protocol, 9(24) e3458, 2019.12, doi: 10.21769/BioProtoc.3458

Yuichiro Hashiguchi, Takeaki Tezuka, Yasuo Ohnishi “Involvement of three FliA-family sigma factors in the sporangium formation, spore dormancy and sporangium dehiscence in Actinoplanes missouriensis” Molecular Microbiology, 113(6) 1170-1188, 2020.02, doi: 10.1111/mmi.14485

Bungonsiri Intra, Watanalai Panbangred, Yuki Inahashi, Akira Také, Mihoko Mori, Satoshi Ōmura, Atsuko Matsumoto “Micromonospora pelagivivens sp. nov., a new species of the genus Micromonospora isolated from deep-sea sediment in Japan” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 70(5) 3069-3075, 2020.03, doi: 10.1099/ijsem.0.004136

A02班

Felipe Vejarano, Chiho Suzuki-Minakuchi, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda, Kazunori Okada, Hideaki Nojiri “Complete genome sequence of Thalassococcus sp. strain S3, a marine Roseobacter clade member capable of degrading carbazole” Microbiology Resource Announcements, 8(28) e00231-19, 2019.07, doi: 10.1128/MRA.00231-19

Enock Mpofu, Joydeep Chakraborty, Chiho Suzuki-Minakuchi, Kazunori Okada, Toshiaki Kimura, Hideaki Nojiri “Biotransformation of monocyclic phenolic compounds by Bacillus licheniformis TAB7″ Microorganisms, 8(1) E26, 2019.12, doi: 10.3390/microorganisms8010026

Yuna Miyoshi,Jo Okada, Tmotaka Urata, Masaki Shintani, Kazuhide Kimbara “A rotational slurry bioreactor accelerates biodegradation of A-fuel in oil-contaminated soil even under low temperature conditions” Microorganisms, 8(2) E291, 2020.02, doi: 10.3390/microorganisms8020291

Shunsuke Masuo, Yusuke Tsuda, Tomohito Namai, Hajime Minakawa, Ryosuke Shigemoto, Naoki Takaya “Enzymatic Cascade in Pseudomonas that Produces Pyrazine from α-Amino Acids” ChemBioChem, 21(3) 353-359, 2019.11, doi: 10.1002/cbic.201900448

Hiroshi Kanazawa, Sayoko Ozaki, Yuki Doi, Shunsuke Masuo, Naoki Takaya “Symbiotic riboflavin degradation by Microbacterium and Nocardioides bacteria” Bioscience Biotechnology and Biochemistry, 84(5) 1056-1061, 2020.01, doi: 10.1080/09168451.2020.1715783

Motomu Matsui and Wataru Iwasaki “Graph Splitting: A Graph-Based Approach for Superfamily-Scale Phylogenetic Tree Reconstruction” Systematic Biology, 69(2) 265-279, 2019.08, doi: 10.1093/sysbio/syz049

Nattakorn Kuncharoen, Takuji Kudo, Masahiro Yuki, Moriya Ohkuma, Auttaporn Booncharoen, Somboon Tanasupawat “Micromonospora musae sp. nov., an endophytic actinomycete isolated from roots of Musa species” Systematic and Applied Microbiology, 42(6) 126060, 2019.11, doi: 10.1016/j.syapm.2019.126020

Nattaporn Klykleung, Masahiro Yuki, Takuji Kudo, Moriya Ohkuma, Wongsakorn Phongsopitanun, Pattama Pittayakhajonwut, Somboon Tanasupawat “Nonomuraea phyllanthi sp. nov., an endophytic actinomycete isolated from the leaf of Phyllanthus amarus” Archives of Microbiology, 202(1) 55-61, 2020.01, doi: 10.1007/s00203-019-01717-w

Pawina Kanchanasin, Masahiro Yuki, Takuji Kudo, Moriya Ohkuma, Nattakorn Kuncharoen, Wongsakorn Phongsopitanun, Somboon Tanasupawat “Streptomyces bauhiniae sp. nov., isolated from tree bark of Bauhinia variegata Linn. in Thailand” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 70(1) 228-233, 2020.01, doi: 10.1099/ijsem.0.003743

Mitsuo Sakamoto, Nao Ikeyama, Yusuke Ogata, Wataru Suda, Takao Iino, Masahira Hattori, ​Moriya Ohkuma “Alistipes communis sp. nov., Alistipes dispar sp. nov. and Alistipes onderdonkii subsp. vulgaris subsp. nov., isolated from human faeces, and creation of Alistipes onderdonkii subsp. onderdonkii subsp. nov.” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 70(1) 473-480, 2020.01, doi: 10.1099/ijsem.0.003778

Mitsuo Sakamoto, Nao Ikeyama, Atsushi Toyoda, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Takao Iino, Moriya Ohkuma “Dialister hominis sp. nov., isolated from human faeces” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 70(1) 589-596, 2020.01, doi: 10.1099/ijsem.0.003797

Yoshiaki Maejima, Takao Iino, Yusuke Muraguchi, Kohei Fukuda, Moriya Ohkuma, Tomohiro Suzuki, Ryota Moriuchi, Hideo Dohra, Kazuhide Kimbara, Masaki Shintani “Chryseotalea sanarue gen. nov., sp. nov., a member of the family Cytophagaceae, isolated from a brackish lake in Hamamatsu Japan” Current Microbiology, 77(2) 306-312, 2020.02, doi: 10.1007/s00284-019-01823-4

Nattaporn Klykleung, Masahiro Yuki, Takuji Kudo,  Moriya Ohkuma, Wongsakorn Phongsopitanun, Pattama Pittayakhajonwut, Somboon Tanasupawat “Microbispora catharanthi sp. nov., a novel endophytic actinomycete isolated from the root of Catharanthus roseus” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 70(2) 964-970, 2020.02, doi: 10.1099/ijsem.0.003858

Takao Iino, Shigeru Kawai, Masahiro Yuki, Itaru Dekio, Moriya Ohkuma, Shin Haruta “Thermaurantimonas aggregans gen. nov., sp. nov., a moderately thermophilic heterotrophic aggregating bacterium isolated from microbial mats at a terrestrial hot spring” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 70(2) 1117-1121, 2020.02, doi: 10.1099/ijsem.0.003888

Yusuke Ogata, Mitsuo Sakamoto, Moriya Ohkuma, Masahira Hattori, Wataru Suda “Complete Genome Sequence of Akkermansia muciniphila JCM 30893, Isolated from Feces of a Healthy Japanese Male” Microbiology Resource Announcements, 9(7) e01543-19, 2020.02, doi: 10.1128/MRA.01543-19

Shingo Kato, Miho Hirai, Moriya Ohkuma, Katsuhiko Suzuki “Microbial metabolisms in an abyssal ferromanganese crust from the Takuyo-Daigo Seamount as revealed by metagenomics” PLoS ONE, 14(11) e0224888, 2019.11, doi: 10.1371/journal.pone.0224888

Shingo Kato, Takashi Itoh, Masahiro Yuki, Mai Nagamori, Masafumi Ohnishi, Katsuyuki Uematsu, Katsuhiko Suzuki, Tomonori Takashina, Moriya Ohkuma “Isolation and characterization of a thermophilic sulfur- and iron-reducing thaumarchaeote from a terrestrial acidic hot spring” The ISME Journal, 13(10) 2465-2474, 2019.10, doi: 10.1038/s41396-019-0447-3

Nattakorn Kuncharoen, Takuji Kudo, Masahiro Yuki, Moriya Ohkuma, Pattama Pittayakhajonwut, Somboon Tanasupawat “Micromonospora radicis sp. nov., isolated from roots of VAzadirachta indica var. siamensis Valenton, and reclassification of Jishengella zingiberis as Micromonospora zingiberis comb. nov.” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 69(9) 2884-2891, 2019.09, doi: 10.1099/ijsem.0.003574

Sineenath Kunthiphun, Thippawan Wattanagonniyom, Rikiya Endoh, Masako Takashima, Moriya Ohkuma, Somboon Tanasupawat, Ancharida Savarajara “Heterocephalacria mucosa sp. nov., a new basidiomycetous yeast species isolated from a mangrove forest in Thailand, International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 69(9) 2823-2827, 2019.09, doi: 10.1099/ijsem.0.003562

Akira S. Hirao, Ryosuke Imai, Rikiya Endoh, Moriya Ohkuma, Yousuke Degawa “Draft Genome Sequence of Novel Metschnikowia sp. Strain JCM 33374, a Nectar Yeast Isolated from a Bumblebee” Microbiology Resource Announcements, 8(37) e00704-19, 2019.09, doi: 10.1128/MRA.00704-19

Shingo Kato, Shinsaku Nakano, Mariko Kouduka, Miho Hirai, Katsuhiko Suzuki, Takashi Itoh, Moriya Ohkuma, Yohey Suzuki “Metabolic Potential of As-yet-uncultured Archaeal Lineages of Candidatus Hydrothermarchaeota Thriving in Deep-sea Metal Sulfide Deposits” Microbes and Environments, 34(3) 293-303, 2019.09, doi: 10.1264/jsme2.ME19021

Invited talks

A01班

佐々文洋，超ハイスループットな微生物の単離を可能とするマイクロデバイス，日本農芸化学会2020年度大会，20200328，福岡

重藤真介，微生物中の分子からの手紙―ラマンスペクトル―を読み解く，日本農芸化学会2020年度大会，20200328，福岡

重藤真介，ポストコッホ時代の微生物を観る、採る，新学術領域「ポストコッホ生態」キックオフシンポジウム，20190926，つくば

重藤真介，ラマンデータ解析と微生物研究への展開，第13回バイオ関連化学シンポジウム，20190905，仙台

重藤真介，微生物のラマン分光で見えるもの：細胞内代謝物から細胞外微粒子まで，微生物ウィーク，20190727，東京

徳納吉秀、野村 暢彦、豊福 雅典，鉄還元細菌由来メンブレンベシクルを介した緑膿菌の細胞外電子移動，日本農芸化学会2020年度大会，20200300，福岡

野村暢彦，多様性を基盤にした微生物研究の最前線, 日本農芸化学会2020年度大会，20200300，福岡

Besuyaku, S., Katou, S., Takebayashi, Y., Sakakibara, H., Nomura, N., Fukuda, H.，PCP Award: Salicylic Acid and Jasmonic Acid Pathways are Activated in Spatially Different Domains Around the Infection Site During Effector-Triggered Immunity in Arabidopsis thaliana，第61回日本植物生理学会（受賞講演），20200300，国内

豊福雅典，Bacterial membrane vesicle formation through cell death，日本農芸化学会2020年度大会，20200300，福岡

豊福雅典，微生物が放出する多様なベシクル，高分子と水・分離に関する研究会および2019年度界面動電現象研究会，20200300，国内

兼松周作、豊福雅典、野村暢彦，緑膿菌の細胞集団内に出現するスフェロプラスト状細胞の解析，第５４回緑膿菌感染症研究会，20200200，国内

菊池 洋輔、市中 佑樹、豊福 雅典、尾花 望、野村 暢彦、田岡 東，高速AFMの位相モードを用いた細菌表面物性の生細胞イメージング，第93回日本細菌学会総会，20200200，名古屋

兼松周作、豊福雅典、野村暢彦，細胞集団中に出現するペプチドグリカンの分解された細胞の解析，第93回日本細菌学会総会，20200200，名古屋

豊福雅典，MV形成機構におけるパラダイムシフトとその応用，第93回日本細菌学会総会，20200200，名古屋

野村暢彦，細胞が放つ細胞外膜粒子（メンブレンべシクル(MV))，JST CREST「細胞外微粒子に起因する生命現象の解明とその制御に向けた基盤技術の創出」2019年度領域会議，20200100，国内

野村暢彦，健康・食・環境に関わる微生物制御技術の新展開，第36回JBDAバイオベンチャーフォーラム，20191200，国内

野村暢彦，課題創造学，筑波大学STEAMリーダーシッププログラム講座，20191200，国内

豊福雅典，細菌の生き様を捉える，生化学若い研究者の会，20191109，新潟

Ito N, Obana N, Watanabe H,  Inaba. T, Miyano Y, Nomura N，Metal corrosion by a marine isolated bacterium in response to environmental changes，EAST ASIA & PASIFIC AREA CONFERENCE，20191100，国内

野村暢彦，食・健康・環境にかかわる微生物の制御を目指して ~微生物も群れて会話する~，広島醗酵会・日本技術士会，20191100，国内

野村暢彦，微生物がつくる膜粒子(MV)　〜MVの形成機構と機能〜，日本油化学会オレオマテリアル部会　第三回オレオマテリアル交流会，20191100，国内

野村暢彦，サステイナブルな社会へ向けた微生物の役割と可能性，住友重機械工業 基調講演，20191100，国内

野村暢彦，一細胞～集団における生体機能の可視化の最前線—バイオフィルムから生命科学分野まで—，花王株式会社講演，20191100，国内

Yutaka Yawata, Kyosuke Takabe, Nobuhiko Nomura，Single-Cell Innate Fluorescence Analysis by Confocal Microspectroscopy，日本顕微鏡学会第62回シンポジウム，20191100，

豊福雅典，細菌のメンブレンベシクル形成機構と機能，第10回愛媛微生物学ネットワーク（NAME），20191019, 国内, 愛媛

野村暢彦，微生物も群れて会話する〜単細胞と不均一性〜，関東非線形非平衡バイオソフトマターセミナー，20190700，国内

野村暢彦，生体内小分子はどのように細胞間を移動しているのだろうか？～微生物間コミュニケーションの新たな展開～，微生物ウィーク2019，20190701，東京

豊福雅典，ベシクルを介した細菌の化学コミュニケーション，第14回化学生態研究会，20190628-29， 北海道

中井亮佑、玉木秀幸，単離培養から紐解く稀少微生物たちの実態と多様性，日本農芸化学会2020年度大会，20200328，福岡

中井亮佑，稀少微生物たちの実態と新機能を探る，第14回 札幌微生物勉強会，20190906，札幌

玉木秀幸，未知の微生物を”培養”して新たな生物機能を探る，BioJapan2019 バイオインダストリー大賞・奨励賞受賞講演会，20191009，横浜

跡見晴幸，アーキア機能未知遺伝子の機能解明，日本農芸化学会2020年度大会，20200327，福岡

A02班

新谷政己，プラスミドによる複合微生物系の制御を目指して ～複合微生物系におけるプラスミドの動態～ 第71回日本生物工学会大会，20190917，岡山

新谷政己，環境中を真に伝播しているプラスミドの同定とその伝播経路の解明に向けて，2019年度（令和元年度）国立遺伝学研究所 研究会，20190820，国立遺伝学研究所講堂，静岡

新谷政己, 環境中の微生物群集内における プラスミド伝播の実態の解明に向けて, 微生物ウイーク2019　企画シンポジウム, 20190726, 国内会議 , 東京

野尻秀昭，接合伝達性プラスミドの二面性～遺伝情報の保存装置と進化駆動装置～，2019年度（令和元年度）国立遺伝学研究所 研究会，20190819，国立遺伝学研究所講堂，静岡

尾崎紗代子、金澤拓史、土肥裕希、桝尾俊介、高谷直樹，土壌微生物によるリボフラビンの生分解機構の解明，日本農芸化学会2020年度大会，20200326，福岡

高谷直樹，ポストコッホ生態が目指すところ，日本農芸化学会2020年度大会，20200328，福岡

高谷直樹，ポストコッホ生態が目指すところ，新学術領域「ポストコッホ生態」キックオフシンポジウム，20190926，つくば

松井求、岩崎渉，微生物の機能で生態系を現わす新たな情報学の手法，日本農芸化学会2020年度大会，20200328，福岡

松井求、岩崎渉，Graph Splitting法が解き明かす初期進化と高速進化，日本ゲノム微生物学会第14回年会，20200307，名古屋

山内駿、薄井光生、山口尚人、<u”>岩崎渉，新規有用遺伝子はどのように獲得されるのか？放線菌における「別リーディングフレーム」のゲノム進化解析，第42回日本分子生物学会年会，20191206，福岡

松井求, 微生物情報が描く生態系への挑戦, 新学術領域「ポストコッホ生態」キックオフシンポジウム, 20190926, つくば

松井求、岩崎渉，グラフに基づく新たな系統解析手法で隠れた遠距離進化を発掘する，日本進化学会第21回大会，20190808，札幌

加藤 真悟，極限環境下の「鉄」にまつわる微生物生態学，極限環境生物学会2019年度（第20回）年会，20191117，京都

雪 真弘、大熊 盛也，難培養微生物のシングルセルゲノム解析，第52回日本原生生物学会大会，20191027，水戸

加藤真悟，深海底の熱水性硫化鉱物を「食べる」化学合成生態系，日本地球化学会第66回年会，20190919，東京

雪 真弘、大熊 盛也，シロアリ腸内原生生物と細胞内・表面共生細菌間の相互作用，日本微生物生態学会第33回大会，20190913，甲府

加藤 真悟、小笠原 綾香、伊藤 隆、 酒井 博之、雪 真弘、高品 知典、大熊 盛也，好熱好酸性ナノアーキアの共培養系から探るアーキア間相互作用，日本微生物生態学会第33回大会，20190913，甲府

 

International meetings

A01班

Tsung-Han Liu, Ken-ichi Yuyama, Takato Hiramatsu, Naoki Yamamoto, Eri Chatani, Hiroshi Miyasaka, Teruki Sugiyama, and Hiroshi Masuhara, Promotion of amyloid fibrillation by femtosecond laser irradiation, The 29th International Conference on Photochemistry, 20190725, Colorado, USA

Shinsuke Shigeto and Shogo Toda, Infrared electroabsorption spectroscopy of nanoconfined water, 10th International Conference on Advanced Vibrational Spectroscopy, 20190712, Auckland, New Zealand

Takabe K, Nomura N, Yawata Y, Construction of Single-cell analysis method for autofluorescence signatures in biofilm, The 31st Annual Meeting of the Thai Society for Biotechnology and International Conference, 20191100, 国際会議

Iwamoto M, Masuo S, Nomura N, Betsuyaku S, Functional analysis of the phytoalexin synthetic enzyme gene PAD3 in Arabidopsis thaliana, The 31st Annual Meeting of the Thai Society for Biotechnology and International Conference, 20191100, 国際会議

Soma T, Yamamoto T, Obana N,  Nomura N, Toyofuku M, DNA transfer via membrane vesicles in Bacillus subtilis, The 31st Annual Meeting of the Thai Society for Biotechnology and International Conference, 20191100, 国際会議

Kunoh T, Morinaga K, Sugimoto S, Toyofuku M, Nomura N,  Utada AS., Leptothrix nanofibril appendages mediate attachment, filamentation, and filament adaptability, The 31st Annual Meeting of the Thai Society for Biotechnology and International Conference, 20191100, 国際会議

Nobuhiko Nomura, Microbial Control Ver.3.0, The 31st Annual Meeting of the Thai Society for Biotechnology and International Conference, 20191100, 国際会議

Nobuhiko Nomura, Biofilmｓ and membrane vesicles, ASBA Asian association of synthetic biology, 20191000, 国際会議

Masanori Toyofuku, How do bacteria “really” communicate?, Marine Biotechnology Conference 2019, 20190709-13, Shizuoka, JAPAN

Haruyuki Atomi “Elucidation of the entire CoA biosynthesis pathway in Archaea” 1st Japan-Germany-Switzerland Workshop for Enzyme Technology and Bioprocess Development, 20190911, Tateyama, JAPAN

Haruyuki Atomi “The unique metabolism in Archaea” 2019 International Congress on Metabolic Sciences (ICMS2019), 20191119, Shanghai, CHINA

A02班

Hibiki Kawano, Tomomi Ueda, Chiho Suzuki-Minakuchi, Kazunori Okada, Pseudomonas resinovorans CA10dm4 shows the novel trait “plasmid-insensitivity”, ASM Microbe 2019, 20190623, San Francisco, USA

Hideaki Nojiri, Pseudomonas resinovorans CA10dm4 shows insensitivity to various plasmids: Its role in the host genome evolution, International Congress of the Malaysian Society for Microbiology 2019, 20190000,

Moriya Ohkuma, Single-cell genomics of termite-gut symbionts, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University (OIST) Mini-Symposium “Ecology and Evolution of Termite Gut Microbes”, 20191200, Onna-son, JAPAN

Moriya Ohkuma, Cultured microbial resources and single-cell genomics of yet-uncultured for integrated symbiology, RIKEN-Japan Society of Symbiosis Joint Symposium – Toward applied symbiosis biology, 20191100, Yokohama, JAPAN

Shingo Kato, Microbial ecology of hydrothermally-inactive sulfide deposits in deep-sea hydrothermal fields, 4th InterRidge Theoretical Institute, 20191120, Banyuls-sur-Mer, FRANCE

Moriya Ohkuma, Recent Activities of RIKEN BRC-JCM, Asian Network of Research Resource Centers, the 11th International Meeting, 20191017, Laguna, PHILIPPINS

Shingo Kato, Takashi Itoh, Masahiro Yuki, Masafumi Ohnishi, Nagamori Mai, Tomonori Takashina, Moriya Ohkuma, Isolation of a Sulfur- and Iron-reducing Thermoacidophilic Thaumarchaeote, 15th International Congress on Thermophiles, 20190905, Fukuoka, JAPAN

Hiroyuki D. Sakai, Naswandi Nur, Antonius Suwanto, Takashi Itoh, Moriya Ohkuma, Norio Kurosawa, Experimental Evidence of Symbiotic Lifestyle of a Thermophilic ARMAN Related Archaeon (‘Candidatus Micrarchaeota’) on Various Sulfolobales species, 15th International Congress on Thermophiles, 20190905, Fukuoka, JAPAN

Takashi Itoh, Shigo Kato, Moriya Ohkuma, Japan Collection of Microorganisms Is Homes to a Diverse Groups of Thermophilic Archaea and Bacteria, 15th International Congress on Thermophiles, 20190905, Fukuoka, JAPAN

A01班

Shun Kobayashi, Daisuke Hira, Keitaro Yoshida, Masanori Toyofuku, Yosuke Shida, Wataru Ogasawara, Takashi Yamaguchi, Nobuo Araki, Mamoru Oshiki, Nitric Oxide Production from Nitrite Reduction and Hydroxylamine Oxidation by Copper-containing Dissimilatory Nitrite Reductase (NirK) from the Aerobic Ammonia-oxidizing Archaeon, Nitrososphaera viennensis，2018年度 M&E論文賞，2019年09月，日本微生物生態学会，日本

山本達也、野村暢彦、豊福雅典，細菌が放出するベシクルの新奇形成機構の発見，第18回オレオサイエンス賞，2019年09月，日本油化学会，日本

玉木秀幸, 未知の微生物を”培養”して新たな生物機能を探る, 第３回バイオインダストリー奨励賞, 2019年10月, 一般財団法人バイオインダストリー協会, 日本

手塚武揚, 胞子嚢を形成する希少放線菌の形態分化に関する分子遺伝学的研究, 浜田賞（研究奨励賞）, 2019年09月, 日本放線菌学会, 日本

A02班

中村泰輔、河野響、兼崎友、川崎信治、水口千穂、岡田憲典、野尻秀昭，H-NSファミリータンパク質のレギュロンはプラスミド保持に伴い劇的に変化する，優秀発表賞，2020年03月，日本農芸化学会，日本

河野 響、水口 千穂、岡田 憲典、野尻 秀昭，細菌にプラスミドへの非感受性を与える転写制御ネットワークの解明，優秀発表賞，2020年03月，日本農芸化学会，日本

德田真穂、千葉怜碧、井上謙吾、雪真弘、大熊盛也、水口千穂、野尻秀昭、金原和秀、新谷政己，同一不和合性群に属するプラスミドであってもその宿主域は異なる，優秀発表賞，2020年03月，日本農芸化学会，日本

河野 響、水口 千穂、岡田 憲典、野尻 秀昭，細菌にプラスミドへの非感受性を与える転写制御ネットワークの解明，トピックス賞，2020年03月，日本農芸化学会，日本

宮崎つぐみ、高谷直樹，フミン酸添加培養モデルが解明する土壌中での糸状菌の代謝制御，トピックス賞，2020年03月，日本農芸化学会，日本

加藤真悟，極限環境下の「鉄」にまつわる微生物生態学，研究奨励賞，2019年11月，極限環境生物学会，日本

山本達也、野村暢彦、豊福雅典「第18 回日本油化学会オレオサイエンス賞受賞に寄せて」オレオサイエンス 19 (8) 339，共著，日本語

Toyofuku, M.”Bacterial communication through membrane vesicles” Biosci Biotechnol Biochem 83(9):1599-1606，単著，英語

Nagakubo, T.,  Nomura, N., Toyofuku, M. “Cracking Open Bacterial Membrane Vesicles” Frontiers in Microbiology 10:3026，共著，英語

Morinaga, K, Yoshida, K, Takahashi, K, Nomura, N, Toyofuku, M. “Peculiarities of biofilm formation by Paracoccus denitrificans and associated factors” Applied Microbiology and Biotechnology, 104(6):2427-2433，共著，英語

Abe, K, Nomura, N, Suzuki, S. “Biofilms: Hot spots of horizontal gene transfer (HGT) in aquatic environments, with a focus on a new HGT mechanism” FEMS Microbiology Ecology  doi: 10.1093/femsec/fiaa031，共著，英語

Toyofuku, M, Tashiro, Y, Nomura, N, Eberl, L. “Function of MVs in inter-bacterial communication” In: Kaparakis-Liaskos M., Kufer T. (eds) Bacterial Membrane Vesicles. Springer, Cham，共著，英語

田伏義彦、尾花望、野村暢彦「クオラムセンシングによるバイオフィルムの不均一性と形態制御」BACTERIAL ADHERENCE & BIOFILM，単著，日本語

野村暢彦、ウタダ アンドリュー シンイチ、ダウイン バク ヴ ヤン「洗浄および防汚組成物並びにバイオフィルムの除去および形成抑制用組成物」出願番号：2019-184173 (2019/10/04出願)　出願人：国立大学法人筑波大学

A01班

重藤真介，ポストコッホ微生物学のすすめ，2019年10月24日，日本語，関西学院高等部 主催，西宮

重藤真介，ポストコッホ時代の微生物を観る、採る，新学術領域「ポストコッホ生態」キックオフシンポジウム，2019年09月26日，つくば

野村暢彦，集団微生物学と革新的微生物制御－サイエンスとテクノロジーの双輪－，シンポジウム「微生物の個・集団・共生が支える持続可能な社会」，2020年02月10日，つくば

野村暢彦，微生物の個・集団・共生が支える持続可能な社会，TSB-JST Nomura ERATO-SBJ  joint  session，2019年11月11-12日，英語，TSB, JST Nomura ERATO, SBJ  共催，Phuket, Thailand

野村暢彦，集団微生物制御への展開そしてポストERATOを見据えて, JST ERATO深津共生進化機構プロジェクト　キックオフシンポジウム ，2019年10月30日，日本語，JST-ERATO 主催，産総研つくば

跡見晴幸，極限環境下の生命：微生物とその多様性，The Extremes of Life: Microbes and Their Diversity，20191001開講-20200805終了，英語，edX 主催，ネット配信

跡見晴幸，新学術領域「超地球生命体を解き明かすポストコッホ機能生態学」ポスター展示，第14回日本ゲノム微生物学会年会，2020年3月06-07日，日本語, 日本ゲノム微生物学会年会 主催，名古屋

跡見晴幸，新学術領域「超地球生命体を解き明かすポストコッホ機能生態学」ポスター展示，第20回極限環境生物学会年会，2019年11月16-17日, 日本語，極限環境生物学会 主催，京都大学桂キャンパス

大西康夫，醗酵学研究室　研究紹介，醗酵学研究室　研究室見学及び模擬授業（大阪府立天王寺高校），2019年08月03日，日本語，東京

大西康夫，醗酵学研究室　研究紹介，醗酵学研究室　研究室見学及び模擬授業（静岡県立藤枝東高校），2019年08月03日，日本語，東京

大西康夫，醗酵学研究室　研究紹介，醗酵学研究室　研究室見学及び研究解説（神奈川県立湘南高校）, 2019年08月09日，日本語，東京

大西康夫，醗酵学研究室　研究紹介，醗酵学研究室　研究室見学及び研究解説（私立フェリス女学院高校）, 2019年08月09日，日本語，東京

A02班

新谷政己，環境は持続可能か？ ～微生物による環境浄化の開発～ ,，創立70周年記念 静岡大学・読売新聞連続市民講座 2019　令和を生きる～新時代への展望～ ，2019年09月07日，日本語，静岡大学・読売新聞連続市民講座, 静岡 あざれあ大ホール，市民講座

野尻秀昭，環境の微生物研究への招待，2019年08月06日，日本語，東京大学生物生産工学研究センター，東京，高校生向けの模擬講義

野尻秀昭，環境の微生物科学への誘い，2019年07月10日, 日本語，東京大学生物生産工学研究センター，東京, 高校生向けの模擬講義

野尻秀昭，大学の教員は何をする職業なのか？，富山県立富山高等学校第1学年進路講演会，2019年07月04日，日本語，富山県立富山高等学校，富山，高校生向けの模擬講義進路講演会で研究を紹介

高谷直樹，ポストコッホ微生物～この微生物の可能性，シンポジウム「微生物の個・集団・共生が支える持続可能な社会」，2020年02月10日，つくば

高谷直樹，研究室訪問，2020年02月06日，筑波大学，つくば

森ヶ崎進，新学術領域「ポストコッホ生態」の紹介，令和元年度（２０１９年度）遺伝研研究会「微生物における大規模ゲノム・代謝改変技術とその利用」，2019年11月22日，日本語，国立遺伝学研究所，静岡，ライトニングトークで領域研究を紹介

高谷直樹，ポストコッホ生態が目指すところ，新学術領域「ポストコッホ生態」キックオフシンポジウム，2019年09月26日，つくば